105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2842 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2842  2',5' RNA ligase  100 
 
 		 180 aa  360  4e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1635  2'-5' RNA ligase  42.35 
 
 		 170 aa  132  3.9999999999999996e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.44124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1946  2',5' RNA ligase  34.97 
 
 		 166 aa  94  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  33.77 
 
 		 195 aa  85.1  4e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1005  2',5' RNA ligase  37.28 
 
 		 183 aa  82.4  0.000000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0968272  normal  0.0378462 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1286  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 188 aa  78.2  0.00000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.757621  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0923  2',5' RNA ligase  35.26 
 
 		 177 aa  73.9  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3075  2'-5' RNA ligase  37.59 
 
 		 181 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  38.82 
 
 		 186 aa  71.2  0.000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27110  2'-5' RNA ligase  39.86 
 
 		 182 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  35.58 
 
 		 190 aa  68.6  0.00000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  34.32 
 
 		 174 aa  67.8  0.00000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2563  2'-5' RNA ligase  37.4 
 
 		 181 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043811  hitchhiker  0.0000000000000955583 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2424  2'-5' RNA ligase  36.71 
 
 		 181 aa  64.3  0.0000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3271  2'-5' RNA ligase  36.08 
 
 		 181 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23030  2-5 RNA ligase protein  34.71 
 
 		 176 aa  62.8  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1939  2'-5' RNA ligase  32.58 
 
 		 181 aa  62.8  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.33767  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2064  2'-5' RNA ligase  34.81 
 
 		 181 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  32.93 
 
 		 189 aa  59.3  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1975  2',5' RNA ligase  30.11 
 
 		 193 aa  58.9  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0687  2'-5' RNA ligase  31.43 
 
 		 184 aa  58.5  0.00000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  normal  0.60336 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3983  2'-5' RNA ligase  33.57 
 
 		 180 aa  58.2  0.00000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000701591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00469  2,5 RNA ligase  35.35 
 
 		 217 aa  57  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3745  2'-5' RNA ligase  32.59 
 
 		 181 aa  55.5  0.0000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.877647  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  39.78 
 
 		 183 aa  53.1  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0512  2'-5' RNA ligase  35.36 
 
 		 182 aa  52.8  0.000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504657 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3688  2'-5' RNA ligase  31.11 
 
 		 181 aa  52.4  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  35.64 
 
 		 178 aa  51.2  0.000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  29.85 
 
 		 189 aa  50.8  0.00001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2817  2'-5' RNA ligase  29.59 
 
 		 176 aa  50.4  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.433451  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  34 
 
 		 184 aa  49.7  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0326  2'-5' RNA ligase  32.31 
 
 		 182 aa  49.3  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2337  Phosphoesterase HXTX  33.33 
 
 		 201 aa  49.3  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.714494 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1034  2'-5' RNA ligase  33.12 
 
 		 177 aa  48.9  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.427005  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00146  2'-5' RNA ligase  29.14 
 
 		 176 aa  48.5  0.00004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00154345  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0847  2'-5' RNA ligase  28.48 
 
 		 173 aa  48.9  0.00004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0724174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  35.64 
 
 		 178 aa  48.9  0.00004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0580  2'-5' RNA ligase  31.85 
 
 		 181 aa  48.9  0.00004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0158  2'-5' RNA ligase  30.11 
 
 		 176 aa  48.9  0.00004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0758236  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0138  2'-5' RNA ligase  30.11 
 
 		 176 aa  48.5  0.00004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0169609  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00145  hypothetical protein  29.14 
 
 		 176 aa  48.5  0.00004  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00128631  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3455  2'-5' RNA ligase  30.11 
 
 		 176 aa  48.5  0.00005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00917798  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0150  2'-5' RNA ligase  30.11 
 
 		 176 aa  48.5  0.00005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000345552  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0151  2'-5' RNA ligase  30.11 
 
 		 176 aa  48.5  0.00005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000646366  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1166  2'-5' RNA ligase  33.81 
 
 		 176 aa  48.5  0.00005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.280308  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0814  2',5' RNA ligase  33.33 
 
 		 204 aa  48.1  0.00006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429947  hitchhiker  0.00104301 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0994  2'-5' RNA ligase  25.38 
 
 		 174 aa  48.5  0.00006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.657287  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0220  2'-5' RNA ligase  30.12 
 
 		 176 aa  48.5  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0222  2'-5' RNA ligase  30.12 
 
 		 176 aa  48.5  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.367161  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3512  2'-5' RNA ligase  28.98 
 
 		 176 aa  48.1  0.00007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0807667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0184  2',5' RNA ligase  27.56 
 
 		 185 aa  47.8  0.00009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0205  2'-5' RNA ligase  30.12 
 
 		 176 aa  47.8  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0156  2'-5' RNA ligase  30.86 
 
 		 176 aa  47.8  0.00009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.177994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0216  2'-5' RNA ligase  30.12 
 
 		 176 aa  47  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  35.14 
 
 		 184 aa  47.4  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0204  2'-5' RNA ligase  30.12 
 
 		 176 aa  47.4  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8791  2'-5' RNA ligase  37.37 
 
 		 215 aa  47  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.825967 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0487  2'-5' RNA ligase  32.35 
 
 		 176 aa  46.2  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  34.38 
 
 		 186 aa  46.2  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3871  2'-5' RNA ligase  29.63 
 
 		 181 aa  47  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0606151  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  32.69 
 
 		 177 aa  46.2  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3112  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 176 aa  46.6  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2732  hypothetical protein  31.58 
 
 		 186 aa  45.8  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3712  2'-5' RNA ligase  31.58 
 
 		 186 aa  45.8  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3219  hypothetical protein  31.58 
 
 		 186 aa  45.8  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1770  hypothetical protein  31.58 
 
 		 186 aa  45.8  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3686  2'-5' RNA ligase  31.58 
 
 		 186 aa  45.8  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3743  2'-5' RNA ligase  31.58 
 
 		 186 aa  45.8  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2784  2'-5' RNA ligase  31.58 
 
 		 186 aa  45.8  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2482  2'-5' RNA ligase  29.94 
 
 		 189 aa  46.2  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.097083  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19240  2'-5' RNA ligase  28.68 
 
 		 174 aa  45.8  0.0004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0390929 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4176  2'-5' RNA ligase  32.43 
 
 		 196 aa  45.1  0.0005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.15981  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1443  putative ligase protein  29.17 
 
 		 198 aa  45.1  0.0006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  24.64 
 
 		 182 aa  44.7  0.0007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  29.85 
 
 		 178 aa  44.7  0.0008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5472  2'-5' RNA ligase  39.05 
 
 		 180 aa  44.7  0.0008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1785  2'-5' RNA ligase  33.67 
 
 		 180 aa  44.3  0.0009  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  31.37 
 
 		 179 aa  43.9  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  33.07 
 
 		 193 aa  43.9  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2116  2',5' RNA ligase  28.24 
 
 		 179 aa  43.9  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.529013  normal  0.178928 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  33.66 
 
 		 178 aa  44.3  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1760  2'-5' RNA ligase  28.46 
 
 		 174 aa  43.5  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.907021  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0746  2'-5' RNA ligase  31.28 
 
 		 170 aa  43.9  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.836735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2974  putative 2'-5' RNA ligase  27.03 
 
 		 175 aa  43.1  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  26.88 
 
 		 178 aa  43.5  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0390  putative 2'-5' RNA ligase  33.66 
 
 		 179 aa  43.5  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117956  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0335  2'-5' RNA ligase  32.31 
 
 		 182 aa  43.1  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.19642 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4815  putative 2'-5' RNA ligase family protein  26.77 
 
 		 181 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.797227  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  30.38 
 
 		 179 aa  43.5  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0283  2',5' RNA ligase  33.08 
 
 		 188 aa  42.4  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0277228 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  26.67 
 
 		 190 aa  42.7  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3336  2'-5' RNA ligase  30.3 
 
 		 191 aa  42.7  0.003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00058753  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3539  2'-5' RNA ligase  29.63 
 
 		 201 aa  42.4  0.003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.146255 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3466  2'-5' RNA ligase  30.3 
 
 		 191 aa  42.7  0.003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2786  2'-5' RNA ligase  28.82 
 
 		 214 aa  42.7  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  32.69 
 
 		 179 aa  42.7  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  28.16 
 
 		 189 aa  42.7  0.003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1775  2'-5' RNA ligase  36.84 
 
 		 179 aa  42.7  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  27.54 
 
 		 188 aa  42.7  0.003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1002  2'-5' RNA ligase  30.3 
 
 		 191 aa  42.4  0.004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.018778  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>