99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_1946 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_1946  2',5' RNA ligase  100 
 
 		 166 aa  342  2e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1635  2'-5' RNA ligase  39.02 
 
 		 170 aa  112  3e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.44124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2842  2',5' RNA ligase  33.74 
 
 		 180 aa  89  3e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  32.28 
 
 		 190 aa  68.6  0.00000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  26.04 
 
 		 195 aa  66.2  0.0000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1975  2',5' RNA ligase  28.25 
 
 		 193 aa  60.8  0.000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0184  2',5' RNA ligase  28.75 
 
 		 185 aa  59.7  0.00000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  29.52 
 
 		 186 aa  58.9  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1005  2',5' RNA ligase  27.71 
 
 		 183 aa  58.9  0.00000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0968272  normal  0.0378462 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1939  2'-5' RNA ligase  28.24 
 
 		 181 aa  58.9  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.33767  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  31.58 
 
 		 174 aa  58.2  0.00000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  26.89 
 
 		 182 aa  57.8  0.00000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1286  2'-5' RNA ligase  29.7 
 
 		 188 aa  57.4  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.757621  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2064  2'-5' RNA ligase  34.65 
 
 		 181 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2116  2',5' RNA ligase  32.47 
 
 		 179 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.529013  normal  0.178928 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  31.48 
 
 		 179 aa  55.5  0.0000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  30.18 
 
 		 189 aa  55.1  0.0000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  32 
 
 		 184 aa  54.3  0.0000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0857  2'-5' RNA ligase  27.93 
 
 		 172 aa  53.9  0.0000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.358243  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  32.09 
 
 		 184 aa  53.9  0.0000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3075  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 181 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0283  2',5' RNA ligase  32.82 
 
 		 188 aa  52.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0277228 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  27.65 
 
 		 181 aa  53.1  0.000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  31.25 
 
 		 179 aa  52  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0923  2',5' RNA ligase  28.14 
 
 		 177 aa  52  0.000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0814  2',5' RNA ligase  34.09 
 
 		 204 aa  52  0.000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429947  hitchhiker  0.00104301 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3271  2'-5' RNA ligase  36.36 
 
 		 181 aa  51.2  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1647  2'-5' RNA ligase  25.38 
 
 		 183 aa  51.2  0.000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2424  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 181 aa  51.2  0.000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00469  2,5 RNA ligase  29.93 
 
 		 217 aa  50.8  0.000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  31.06 
 
 		 178 aa  50.8  0.000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  31.25 
 
 		 179 aa  50.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  29.69 
 
 		 178 aa  50.4  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  29.55 
 
 		 178 aa  49.7  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  25.15 
 
 		 176 aa  50.1  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0512  2'-5' RNA ligase  29.17 
 
 		 182 aa  49.3  0.00003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504657 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  34.29 
 
 		 183 aa  48.9  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  31.11 
 
 		 183 aa  48.5  0.00004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_004310  BR0084  hypothetical protein  28.67 
 
 		 196 aa  48.5  0.00005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.514694  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3688  2'-5' RNA ligase  25.14 
 
 		 181 aa  47.4  0.00008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  29.71 
 
 		 199 aa  47.4  0.00009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1078  2',5' RNA ligase  30.17 
 
 		 185 aa  47  0.0001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0081  2'-5' RNA ligase  33.64 
 
 		 196 aa  47.4  0.0001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.589946  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  31.43 
 
 		 194 aa  46.6  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 197 aa  47  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 197 aa  46.6  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  28.67 
 
 		 183 aa  46.6  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0832  2'-5' RNA ligase  29.55 
 
 		 177 aa  46.2  0.0002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.658836  normal  0.059604 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2974  putative 2'-5' RNA ligase  27.34 
 
 		 175 aa  46.2  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3745  2'-5' RNA ligase  24.48 
 
 		 181 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.877647  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  29.92 
 
 		 193 aa  46.2  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0390  putative 2'-5' RNA ligase  29.55 
 
 		 179 aa  46.6  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117956  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0746  2'-5' RNA ligase  27.27 
 
 		 170 aa  46.6  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.836735  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1002  2'-5' RNA ligase  26.92 
 
 		 185 aa  45.8  0.0003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1825  2'-5' RNA ligase  26.28 
 
 		 187 aa  45.8  0.0003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5914  2,5 RNA ligase  31.01 
 
 		 188 aa  45.8  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.720477 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0528  2',5' RNA ligase  28.86 
 
 		 178 aa  45.8  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  29.69 
 
 		 178 aa  45.4  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1002  2'-5' RNA ligase  27.03 
 
 		 176 aa  45.8  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000523375  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  29.48 
 
 		 182 aa  45.8  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  31.85 
 
 		 199 aa  45.1  0.0004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  26.44 
 
 		 184 aa  45.4  0.0004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1962  2'-5' RNA ligase  27.61 
 
 		 186 aa  45.1  0.0004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000287299  normal  0.896193 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1775  2'-5' RNA ligase  32.33 
 
 		 179 aa  44.7  0.0005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0231  2'-5' RNA ligase  27.54 
 
 		 185 aa  44.7  0.0006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0580  2'-5' RNA ligase  25.14 
 
 		 181 aa  44.7  0.0007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  28.04 
 
 		 177 aa  44.3  0.0007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  27.59 
 
 		 184 aa  44.7  0.0007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4176  2'-5' RNA ligase  29.17 
 
 		 195 aa  43.9  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0620865  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3871  2'-5' RNA ligase  25.28 
 
 		 181 aa  43.9  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0606151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0322  2'-5' RNA ligase  26.06 
 
 		 179 aa  43.9  0.001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1580  2'-5' RNA ligase  25.71 
 
 		 181 aa  43.5  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1484  2'-5' RNA ligase  27.52 
 
 		 173 aa  43.5  0.001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  26.4 
 
 		 178 aa  43.9  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27110  2'-5' RNA ligase  29.2 
 
 		 182 aa  43.9  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1760  2'-5' RNA ligase  25.58 
 
 		 174 aa  43.5  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.907021  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2786  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 214 aa  42.7  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5848  2'-5' RNA ligase  27.17 
 
 		 176 aa  43.1  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0847  2'-5' RNA ligase  27.71 
 
 		 173 aa  43.1  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0724174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  25.85 
 
 		 179 aa  43.1  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0408  2'-5' RNA ligase  31.58 
 
 		 176 aa  42.7  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.328982  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  31.21 
 
 		 184 aa  43.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1238  2'-5' RNA ligase  26.4 
 
 		 186 aa  43.1  0.002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  30.61 
 
 		 183 aa  42.7  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1634  2'-5' RNA ligase  32.26 
 
 		 174 aa  43.1  0.002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.108546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3716  2'-5' RNA ligase  25.82 
 
 		 200 aa  42  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.784361  hitchhiker  0.00258994 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0172  2'-5' RNA ligase  20.57 
 
 		 182 aa  41.6  0.004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0096  2'-5' RNA ligase  25.33 
 
 		 196 aa  41.6  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  29.63 
 
 		 195 aa  41.6  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0012  2'-5' RNA ligase  28.57 
 
 		 179 aa  41.6  0.005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0833472 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0326  2'-5' RNA ligase  27.86 
 
 		 182 aa  41.2  0.006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  23.67 
 
 		 188 aa  41.2  0.006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  31.75 
 
 		 182 aa  41.6  0.006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  29.71 
 
 		 189 aa  41.6  0.006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2282  2'-5' RNA ligase  26.09 
 
 		 188 aa  41.2  0.006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216572  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3539  2'-5' RNA ligase  28 
 
 		 201 aa  40.8  0.009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.146255 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1327  2'-5' RNA ligase  28.85 
 
 		 171 aa  40.8  0.009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.243857  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3503  2',5' RNA ligase  26.51 
 
 		 192 aa  40.4  0.01  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.968383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1388  2',5' RNA ligase  27.78 
 
 		 183 aa  40.4  0.01  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.482192  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>