221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1002 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1002  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 176 aa  357  4e-98  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000523375  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1939  2'-5' RNA ligase  36.05 
 
 		 181 aa  99.8  2e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.33767  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02479  3'-5' RNA ligase  32.16 
 
 		 173 aa  98.6  4e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  31.25 
 
 		 184 aa  89.4  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  37.88 
 
 		 184 aa  89  3e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  28.91 
 
 		 184 aa  83.6  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2282  2'-5' RNA ligase  28.25 
 
 		 188 aa  80.5  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216572  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  33.57 
 
 		 182 aa  79.3  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  27.17 
 
 		 183 aa  79.7  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  29.92 
 
 		 193 aa  79  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  29.23 
 
 		 184 aa  78.2  0.00000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  29.69 
 
 		 186 aa  76.6  0.0000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  30.23 
 
 		 182 aa  76.3  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  33.08 
 
 		 183 aa  74.7  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1962  2'-5' RNA ligase  31.87 
 
 		 186 aa  74.3  0.0000000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000287299  normal  0.896193 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  27.91 
 
 		 179 aa  73.9  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  30.47 
 
 		 182 aa  72.8  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1327  2'-5' RNA ligase  32.1 
 
 		 171 aa  72  0.000000000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.243857  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  34.85 
 
 		 187 aa  71.6  0.000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  34.85 
 
 		 187 aa  71.6  0.000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1647  2'-5' RNA ligase  27.93 
 
 		 183 aa  71.2  0.000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  27.51 
 
 		 189 aa  69.7  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0528  2',5' RNA ligase  26.35 
 
 		 178 aa  69.7  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  29.78 
 
 		 194 aa  69.7  0.00000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0994  2'-5' RNA ligase  34.71 
 
 		 174 aa  69.3  0.00000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.657287  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  30.71 
 
 		 195 aa  68.9  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1078  2',5' RNA ligase  32.82 
 
 		 185 aa  68.9  0.00000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  32.31 
 
 		 186 aa  68.6  0.00000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 184 aa  68.2  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1975  2',5' RNA ligase  30.64 
 
 		 193 aa  68.2  0.00000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2754  2'-5' RNA ligase  30.57 
 
 		 184 aa  67.8  0.00000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1290  2'-5' RNA ligase  29.51 
 
 		 190 aa  67.4  0.00000000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.189928  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2011  2'-5' RNA ligase  34.35 
 
 		 194 aa  67  0.0000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  30 
 
 		 190 aa  67.4  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19240  2'-5' RNA ligase  26.4 
 
 		 174 aa  67  0.0000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0390929 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 184 aa  67  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  26.24 
 
 		 189 aa  67  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  27.82 
 
 		 188 aa  66.6  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  24.28 
 
 		 183 aa  66.2  0.0000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0488  2'-5' RNA ligase  34.09 
 
 		 195 aa  66.2  0.0000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  31.54 
 
 		 178 aa  66.6  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1634  2'-5' RNA ligase  35.67 
 
 		 174 aa  66.6  0.0000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.108546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0322  2'-5' RNA ligase  28.12 
 
 		 179 aa  65.9  0.0000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4534  2'-5' RNA ligase  28.48 
 
 		 181 aa  65.9  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4176  2'-5' RNA ligase  27.56 
 
 		 195 aa  65.5  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0620865  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0814  2',5' RNA ligase  26.97 
 
 		 204 aa  65.5  0.0000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429947  hitchhiker  0.00104301 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0674  2'-5' RNA ligase  30.53 
 
 		 177 aa  65.1  0.0000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0923  2',5' RNA ligase  29.77 
 
 		 177 aa  64.7  0.0000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  26.22 
 
 		 189 aa  64.3  0.0000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  27.69 
 
 		 177 aa  64.3  0.0000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0280  2'-5' RNA ligase  34.12 
 
 		 174 aa  64.3  0.0000000009  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  29.01 
 
 		 179 aa  63.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  33.7 
 
 		 199 aa  63.9  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0760  2'-5' RNA ligase  29.55 
 
 		 182 aa  63.9  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0231  2'-5' RNA ligase  29.2 
 
 		 185 aa  63.5  0.000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  28.79 
 
 		 181 aa  63.9  0.000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0987  2'-5' RNA ligase  31.29 
 
 		 171 aa  63.5  0.000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0381875  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0084  hypothetical protein  33.7 
 
 		 196 aa  63.2  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.514694  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0081  2'-5' RNA ligase  33.7 
 
 		 196 aa  63.2  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.589946  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0096  2'-5' RNA ligase  33.7 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0080  2'-5' RNA ligase  30.51 
 
 		 202 aa  62.8  0.000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.91428  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1825  2'-5' RNA ligase  27.74 
 
 		 187 aa  62.8  0.000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  27.56 
 
 		 197 aa  62.8  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  27.56 
 
 		 197 aa  62.8  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1157  2'-5' RNA ligase  32.84 
 
 		 189 aa  62.8  0.000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1484  2'-5' RNA ligase  30.12 
 
 		 173 aa  62  0.000000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3040  2'-5' RNA ligase  26.92 
 
 		 189 aa  62  0.000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.308422 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  29.13 
 
 		 178 aa  61.6  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4845  2'-5' RNA ligase  27.61 
 
 		 181 aa  61.2  0.000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0012  2'-5' RNA ligase  23.44 
 
 		 179 aa  61.2  0.000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0833472 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  29.85 
 
 		 193 aa  60.8  0.000000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  27.56 
 
 		 178 aa  60.5  0.00000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0369  2'-5' RNA ligase  29.01 
 
 		 187 aa  60.1  0.00000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.863227  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  28.91 
 
 		 177 aa  60.1  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4453  2'-5' RNA ligase  31.54 
 
 		 181 aa  58.9  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2912  2'-5' RNA ligase  25.2 
 
 		 179 aa  59.3  0.00000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4435  2'-5' RNA ligase  31.54 
 
 		 181 aa  58.9  0.00000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  25.19 
 
 		 199 aa  58.5  0.00000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  26.77 
 
 		 178 aa  58.9  0.00000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1707  2'-5' RNA ligase  27.34 
 
 		 183 aa  58.5  0.00000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.553995  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4815  putative 2'-5' RNA ligase family protein  28.57 
 
 		 181 aa  58.5  0.00000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.797227  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  28.24 
 
 		 186 aa  58.9  0.00000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3055  2',5' RNA ligase  25 
 
 		 180 aa  58.5  0.00000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2529  2'-5' RNA ligase  26.52 
 
 		 190 aa  58.5  0.00000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  26.77 
 
 		 179 aa  58.2  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3366  2'-5' RNA ligase  28.66 
 
 		 184 aa  57.8  0.00000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4598  2'-5' RNA ligase family protein  30.77 
 
 		 181 aa  57.8  0.00000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4955  2'-5' RNA ligase family protein  30.77 
 
 		 181 aa  57.8  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4820  putative 2'-5' RNA ligase family protein  30.77 
 
 		 181 aa  57.8  0.00000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0283  2',5' RNA ligase  26.98 
 
 		 188 aa  57.8  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0277228 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  28.12 
 
 		 190 aa  57.4  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  28.57 
 
 		 195 aa  57  0.0000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0832  2'-5' RNA ligase  28.35 
 
 		 177 aa  57  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.658836  normal  0.059604 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  26.77 
 
 		 178 aa  57.4  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5914  2,5 RNA ligase  25.2 
 
 		 188 aa  57  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.720477 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0273  2'-5' RNA ligase  26.19 
 
 		 188 aa  57  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4364  2'-5' RNA ligase  26.56 
 
 		 188 aa  57  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1166  2'-5' RNA ligase  28.41 
 
 		 184 aa  57  0.0000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0869  2'-5' RNA ligase  28.41 
 
 		 184 aa  57  0.0000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  26.15 
 
 		 194 aa  57.4  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>