230 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0107 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 184 aa  366  1e-100  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  86.96 
 
 		 184 aa  318  1.9999999999999998e-86  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  48.57 
 
 		 182 aa  177  5.999999999999999e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  49.43 
 
 		 179 aa  174  5e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  48.55 
 
 		 184 aa  163  1.0000000000000001e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  45.56 
 
 		 186 aa  148  4e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  46.11 
 
 		 179 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  43.45 
 
 		 184 aa  139  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  44.71 
 
 		 193 aa  133  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  38.29 
 
 		 199 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  39.15 
 
 		 197 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  38.8 
 
 		 195 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4176  2'-5' RNA ligase  39.56 
 
 		 195 aa  126  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0620865  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  39.43 
 
 		 197 aa  125  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  40.37 
 
 		 182 aa  125  4.0000000000000003e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  42.29 
 
 		 199 aa  123  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  38.32 
 
 		 178 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  36 
 
 		 178 aa  117  7e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0283  2',5' RNA ligase  37.72 
 
 		 188 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0277228 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  38.69 
 
 		 179 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0390  putative 2'-5' RNA ligase  36.57 
 
 		 179 aa  115  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117956  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  36.57 
 
 		 178 aa  115  3e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  35.43 
 
 		 178 aa  115  3e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  37.5 
 
 		 187 aa  114  6.9999999999999995e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  37.16 
 
 		 188 aa  114  6.9999999999999995e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  36.93 
 
 		 187 aa  113  1.0000000000000001e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4995  2'-5' RNA ligase  37.79 
 
 		 178 aa  113  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  36.21 
 
 		 189 aa  113  2.0000000000000002e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0832  2'-5' RNA ligase  36 
 
 		 177 aa  112  2.0000000000000002e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.658836  normal  0.059604 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5914  2,5 RNA ligase  40.34 
 
 		 188 aa  111  6e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.720477 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0814  2',5' RNA ligase  38.18 
 
 		 204 aa  111  6e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429947  hitchhiker  0.00104301 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  34.13 
 
 		 183 aa  111  7.000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1775  2'-5' RNA ligase  40.12 
 
 		 179 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  37.93 
 
 		 177 aa  109  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  35.33 
 
 		 177 aa  109  3e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  38.59 
 
 		 190 aa  109  3e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2912  2'-5' RNA ligase  37.34 
 
 		 179 aa  109  3e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2529  2'-5' RNA ligase  38.29 
 
 		 190 aa  109  3e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0674  2'-5' RNA ligase  38.46 
 
 		 177 aa  107  8.000000000000001e-23  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0084  hypothetical protein  38.29 
 
 		 196 aa  106  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.514694  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  31.95 
 
 		 178 aa  106  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0081  2'-5' RNA ligase  38.29 
 
 		 196 aa  106  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.589946  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0096  2'-5' RNA ligase  37.14 
 
 		 196 aa  105  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4476  2'-5' RNA ligase  37.43 
 
 		 191 aa  105  4e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0012  2'-5' RNA ligase  36.99 
 
 		 179 aa  104  9e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0833472 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  40.33 
 
 		 184 aa  104  9e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  39.23 
 
 		 184 aa  102  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0973  2'-5' RNA ligase  37.5 
 
 		 194 aa  103  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15722  hitchhiker  0.0000262624 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4364  2'-5' RNA ligase  41.73 
 
 		 188 aa  102  3e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0408  2'-5' RNA ligase  38.12 
 
 		 176 aa  102  4e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.328982  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  34.48 
 
 		 181 aa  101  5e-21  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  33.87 
 
 		 194 aa  101  8e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2404  2'-5' RNA ligase  36.93 
 
 		 192 aa  100  1e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3995  2'-5' RNA ligase  40.29 
 
 		 188 aa  100  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0173651  normal  0.591095 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1290  2'-5' RNA ligase  34.46 
 
 		 190 aa  99.8  2e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.189928  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  38.73 
 
 		 179 aa  99  3e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1781  2'-5' RNA ligase  31.07 
 
 		 180 aa  98.6  4e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  35.16 
 
 		 193 aa  98.2  6e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  33.53 
 
 		 183 aa  97.8  7e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  37.29 
 
 		 183 aa  97.8  9e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3040  2'-5' RNA ligase  32.04 
 
 		 189 aa  96.7  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.308422 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0322  2'-5' RNA ligase  39.2 
 
 		 179 aa  95.1  5e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1157  2'-5' RNA ligase  32.77 
 
 		 189 aa  95.1  5e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2011  2'-5' RNA ligase  30.86 
 
 		 194 aa  94.7  6e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  36.16 
 
 		 189 aa  94.4  9e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0369  2'-5' RNA ligase  31.79 
 
 		 187 aa  92.8  2e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.863227  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0261  2'-5' RNA ligase  33.73 
 
 		 179 aa  93.6  2e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00684061  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0231  2'-5' RNA ligase  37.31 
 
 		 185 aa  92.8  2e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1327  2'-5' RNA ligase  27.98 
 
 		 171 aa  92.4  3e-18  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.243857  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1266  2'-5' RNA ligase  34.25 
 
 		 193 aa  92  5e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0332104  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1736  2'-5' RNA ligase  31.64 
 
 		 186 aa  91.7  5e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.556008 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5472  2'-5' RNA ligase  35.8 
 
 		 180 aa  91.7  5e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  34.07 
 
 		 193 aa  91.7  6e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2055  2'-5' RNA ligase  31.43 
 
 		 184 aa  91.3  7e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.180735  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0571  2'-5' RNA ligase  31.28 
 
 		 187 aa  91.3  7e-18  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.223285  hitchhiker  0.00111432 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1580  2'-5' RNA ligase  31.61 
 
 		 181 aa  90.9  9e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  31.03 
 
 		 186 aa  89.7  2e-17  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  36.15 
 
 		 182 aa  89.4  3e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1078  2',5' RNA ligase  33.9 
 
 		 185 aa  89.4  3e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  31.32 
 
 		 193 aa  89  3e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  28.49 
 
 		 189 aa  89  4e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1002  2'-5' RNA ligase  37.59 
 
 		 185 aa  88.2  6e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0488  2'-5' RNA ligase  34.64 
 
 		 195 aa  87.4  1e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  36.36 
 
 		 183 aa  87  1e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1741  2'-5' RNA ligase  30.17 
 
 		 187 aa  87  1e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.000285675 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1825  2'-5' RNA ligase  35.82 
 
 		 187 aa  87  1e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3960  2',5' RNA ligase  36.17 
 
 		 194 aa  87  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.250579  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1388  2',5' RNA ligase  30.29 
 
 		 183 aa  86.3  2e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.482192  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1785  2'-5' RNA ligase  32.76 
 
 		 180 aa  86.7  2e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0080  2'-5' RNA ligase  30.94 
 
 		 202 aa  85.9  3e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.91428  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1256  putative integral membrane transport protein  31.21 
 
 		 190 aa  85.5  4e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00112331  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0904  2'-5' RNA ligase  48.51 
 
 		 271 aa  84.7  7e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0022796 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2282  2'-5' RNA ligase  34.35 
 
 		 188 aa  84.3  8e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216572  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1484  2'-5' RNA ligase  30.59 
 
 		 173 aa  84  0.000000000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1002  2'-5' RNA ligase  28.91 
 
 		 176 aa  83.6  0.000000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000523375  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1939  2'-5' RNA ligase  34.88 
 
 		 181 aa  83.2  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.33767  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4103  2'-5' RNA ligase  36.17 
 
 		 194 aa  82.4  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4070  2'-5' RNA ligase  36.17 
 
 		 194 aa  82.8  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1962  2'-5' RNA ligase  32.26 
 
 		 186 aa  82.8  0.000000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000287299  normal  0.896193 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0172  2'-5' RNA ligase  26.97 
 
 		 182 aa  82.4  0.000000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>