210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_02479 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_02479  3'-5' RNA ligase  100 
 
 		 173 aa  357  3e-98  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1939  2'-5' RNA ligase  39.05 
 
 		 181 aa  122  2e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.33767  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1002  2'-5' RNA ligase  32.16 
 
 		 176 aa  98.6  4e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000523375  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  33.52 
 
 		 182 aa  92.8  2e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3366  2'-5' RNA ligase  31.65 
 
 		 184 aa  87.4  9e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  32.31 
 
 		 189 aa  84  9e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  32.76 
 
 		 174 aa  82.8  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4534  2'-5' RNA ligase  30.06 
 
 		 181 aa  80.9  0.000000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  27.37 
 
 		 183 aa  79  0.00000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  31.01 
 
 		 182 aa  77.4  0.00000000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  29.51 
 
 		 187 aa  77  0.0000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  28.07 
 
 		 186 aa  76.3  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  28.96 
 
 		 187 aa  75.5  0.0000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4453  2'-5' RNA ligase  30.06 
 
 		 181 aa  75.1  0.0000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4845  2'-5' RNA ligase  29.61 
 
 		 181 aa  75.1  0.0000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2282  2'-5' RNA ligase  28.11 
 
 		 188 aa  73.2  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216572  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4820  putative 2'-5' RNA ligase family protein  29.48 
 
 		 181 aa  72.8  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4598  2'-5' RNA ligase family protein  29.48 
 
 		 181 aa  72.8  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4435  2'-5' RNA ligase  29.48 
 
 		 181 aa  72.8  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4955  2'-5' RNA ligase family protein  29.48 
 
 		 181 aa  72.8  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4815  putative 2'-5' RNA ligase family protein  30 
 
 		 181 aa  73.2  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.797227  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4838  putative 2'-5' RNA ligase family protein  29.05 
 
 		 181 aa  72.8  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  33.08 
 
 		 184 aa  72  0.000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2404  2'-5' RNA ligase  27.21 
 
 		 192 aa  70.5  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1647  2'-5' RNA ligase  26.67 
 
 		 183 aa  70.5  0.00000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0421  putative 2'-5' RNA ligase family protein  30.68 
 
 		 181 aa  70.5  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0923  2',5' RNA ligase  25.6 
 
 		 177 aa  68.9  0.00000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  28.68 
 
 		 199 aa  68.9  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0814  2',5' RNA ligase  27.43 
 
 		 204 aa  68.6  0.00000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429947  hitchhiker  0.00104301 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  29.12 
 
 		 190 aa  67.8  0.00000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  28.91 
 
 		 183 aa  67.8  0.00000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  28.16 
 
 		 177 aa  67.8  0.00000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1005  2',5' RNA ligase  30.77 
 
 		 183 aa  67.8  0.00000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0968272  normal  0.0378462 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0528  2',5' RNA ligase  28.91 
 
 		 178 aa  67.8  0.00000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  30 
 
 		 190 aa  66.6  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2817  2'-5' RNA ligase  28.31 
 
 		 176 aa  66.6  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.433451  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  28.12 
 
 		 186 aa  66.6  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  28.26 
 
 		 197 aa  65.5  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  28.26 
 
 		 197 aa  65.5  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  28.12 
 
 		 184 aa  65.5  0.0000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1034  2'-5' RNA ligase  27.22 
 
 		 177 aa  64.7  0.0000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.427005  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0487  2'-5' RNA ligase  28.32 
 
 		 176 aa  64.3  0.0000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4176  2'-5' RNA ligase  28.17 
 
 		 195 aa  63.9  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0620865  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  27.33 
 
 		 176 aa  62.8  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  24.34 
 
 		 193 aa  62.8  0.000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0390  putative 2'-5' RNA ligase  29.13 
 
 		 179 aa  62.8  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117956  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1962  2'-5' RNA ligase  26.86 
 
 		 186 aa  62.8  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000287299  normal  0.896193 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1286  2'-5' RNA ligase  30.37 
 
 		 188 aa  62.4  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.757621  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1975  2',5' RNA ligase  31.16 
 
 		 193 aa  62  0.000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5914  2,5 RNA ligase  31.01 
 
 		 188 aa  62  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.720477 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  26.06 
 
 		 199 aa  62  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1256  putative integral membrane transport protein  27.06 
 
 		 190 aa  62  0.000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00112331  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  29.32 
 
 		 182 aa  61.6  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  28.12 
 
 		 184 aa  61.6  0.000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  25.78 
 
 		 183 aa  61.2  0.000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  25.29 
 
 		 178 aa  61.2  0.000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  28.91 
 
 		 179 aa  61.2  0.000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  24.6 
 
 		 193 aa  60.8  0.000000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0488  2'-5' RNA ligase  25.67 
 
 		 195 aa  60.5  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  27.53 
 
 		 194 aa  60.1  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4176  2'-5' RNA ligase  28.24 
 
 		 196 aa  59.7  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.15981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8791  2'-5' RNA ligase  26.8 
 
 		 215 aa  59.7  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.825967 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3055  2',5' RNA ligase  27.12 
 
 		 180 aa  59.7  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  31.65 
 
 		 189 aa  59.7  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00146  2'-5' RNA ligase  29.69 
 
 		 176 aa  58.9  0.00000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00154345  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00145  hypothetical protein  29.69 
 
 		 176 aa  58.9  0.00000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00128631  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  26.92 
 
 		 178 aa  58.2  0.00000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  28.15 
 
 		 189 aa  58.2  0.00000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1002  2'-5' RNA ligase  27.98 
 
 		 191 aa  58.2  0.00000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.018778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2064  2'-5' RNA ligase  30.94 
 
 		 181 aa  58.2  0.00000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1327  2'-5' RNA ligase  29.46 
 
 		 171 aa  58.2  0.00000007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.243857  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  22.99 
 
 		 193 aa  57.8  0.00000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0012  2'-5' RNA ligase  24.22 
 
 		 179 aa  57.4  0.00000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0833472 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0158  2'-5' RNA ligase  30.23 
 
 		 176 aa  57.4  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0758236  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0746  2'-5' RNA ligase  25.86 
 
 		 170 aa  57.4  0.00000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.836735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3716  2'-5' RNA ligase  27.48 
 
 		 200 aa  57.4  0.00000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.784361  hitchhiker  0.00258994 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  25.98 
 
 		 195 aa  57.4  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3455  2'-5' RNA ligase  28.91 
 
 		 176 aa  57  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00917798  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  27.69 
 
 		 178 aa  57.4  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0151  2'-5' RNA ligase  28.91 
 
 		 176 aa  57  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000646366  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3466  2'-5' RNA ligase  27.38 
 
 		 191 aa  57.4  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0150  2'-5' RNA ligase  28.91 
 
 		 176 aa  57  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000345552  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3512  2'-5' RNA ligase  28.91 
 
 		 176 aa  57  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0807667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1636  2'-5' RNA ligase  29.77 
 
 		 195 aa  57.4  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0138  2'-5' RNA ligase  28.91 
 
 		 176 aa  57  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0169609  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3336  2'-5' RNA ligase  27.38 
 
 		 191 aa  57.4  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00058753  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  23.46 
 
 		 188 aa  57  0.0000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0156  2'-5' RNA ligase  29.46 
 
 		 176 aa  57  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.177994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  26.36 
 
 		 184 aa  56.2  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  26.92 
 
 		 178 aa  56.6  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1029  2'-5' RNA ligase  27.68 
 
 		 197 aa  56.2  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3040  2'-5' RNA ligase  27.27 
 
 		 189 aa  56.6  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.308422 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1785  2'-5' RNA ligase  28.36 
 
 		 180 aa  56.2  0.0000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  29.55 
 
 		 195 aa  55.5  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  26.92 
 
 		 178 aa  55.8  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19240  2'-5' RNA ligase  26.47 
 
 		 174 aa  55.8  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0390929 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0679  2'-5' RNA ligase  26.17 
 
 		 192 aa  55.5  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0243  2',5' RNA ligase  27.07 
 
 		 182 aa  55.5  0.0000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.938124  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5904  2'-5' RNA ligase  28.78 
 
 		 298 aa  55.1  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.230551  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0204  2'-5' RNA ligase  24.85 
 
 		 176 aa  55.1  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>