205 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_2404 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_2404  2'-5' RNA ligase  100 
 
 
192 aa  392  1e-108  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2529  2'-5' RNA ligase  34.95 
 
 
190 aa  120  9.999999999999999e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  37.37 
 
 
186 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1078  2',5' RNA ligase  35.03 
 
 
185 aa  105  4e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  32.62 
 
 
194 aa  103  2e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  36.93 
 
 
188 aa  102  3e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  37.93 
 
 
184 aa  102  4e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3716  2'-5' RNA ligase  36.56 
 
 
200 aa  100  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.784361  hitchhiker  0.00258994 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  36.93 
 
 
184 aa  100  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0369  2'-5' RNA ligase  31.89 
 
 
187 aa  100  2e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.863227  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1266  2'-5' RNA ligase  30.68 
 
 
193 aa  99  3e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0332104  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  34.2 
 
 
184 aa  99.4  3e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0571  2'-5' RNA ligase  30 
 
 
187 aa  99  4e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.223285  hitchhiker  0.00111432 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4103  2'-5' RNA ligase  40.37 
 
 
194 aa  98.6  4e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3539  2'-5' RNA ligase  36.96 
 
 
201 aa  99  4e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.146255 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  32.8 
 
 
179 aa  98.2  6e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1781  2'-5' RNA ligase  31.82 
 
 
180 aa  98.2  6e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4070  2'-5' RNA ligase  39.75 
 
 
194 aa  98.2  7e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1785  2'-5' RNA ligase  32.96 
 
 
180 aa  98.2  7e-20  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  32.62 
 
 
184 aa  97.8  9e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3960  2',5' RNA ligase  40.62 
 
 
194 aa  97.1  1e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.250579  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  29.26 
 
 
189 aa  96.3  2e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2011  2'-5' RNA ligase  31.87 
 
 
194 aa  95.5  4e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  32.09 
 
 
199 aa  92.8  3e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0973  2'-5' RNA ligase  34.29 
 
 
194 aa  92.4  3e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15722  hitchhiker  0.0000262624 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  36.36 
 
 
183 aa  92.8  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  34.41 
 
 
189 aa  91.7  5e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1256  putative integral membrane transport protein  33.52 
 
 
190 aa  91.3  7e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00112331  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1580  2'-5' RNA ligase  32.97 
 
 
181 aa  91.3  9e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  31.28 
 
 
193 aa  89.4  3e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  35.83 
 
 
184 aa  89  4e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  30.46 
 
 
181 aa  88.6  5e-17  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1484  2'-5' RNA ligase  29.35 
 
 
173 aa  88.6  6e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0461  2'-5' RNA ligase  34.87 
 
 
195 aa  87.8  8e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  31.49 
 
 
193 aa  87.8  9e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  34.76 
 
 
184 aa  87  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1736  2'-5' RNA ligase  28.88 
 
 
186 aa  87  2e-16  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.556008 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  27.07 
 
 
182 aa  86.7  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  29.51 
 
 
187 aa  85.9  3e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3055  2',5' RNA ligase  39.55 
 
 
180 aa  85.9  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0280  2'-5' RNA ligase  30.05 
 
 
174 aa  85.9  3e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  29.51 
 
 
187 aa  85.5  4e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  30.77 
 
 
193 aa  85.5  5e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0679  2'-5' RNA ligase  30.96 
 
 
192 aa  85.1  5e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1659  2'-5' RNA ligase  30.67 
 
 
192 aa  85.1  6e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000321406  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0012  2'-5' RNA ligase  29.48 
 
 
179 aa  84  0.000000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.0833472 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3040  2'-5' RNA ligase  32.6 
 
 
189 aa  84  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.308422 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  29.53 
 
 
189 aa  83.6  0.000000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0987  2'-5' RNA ligase  28.98 
 
 
171 aa  84  0.000000000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0381875  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2754  2'-5' RNA ligase  27.07 
 
 
184 aa  83.6  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  34.43 
 
 
189 aa  82.4  0.000000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0994  2'-5' RNA ligase  28.96 
 
 
174 aa  82.4  0.000000000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.657287  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1290  2'-5' RNA ligase  27.13 
 
 
190 aa  82  0.000000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.189928  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1634  2'-5' RNA ligase  29.51 
 
 
174 aa  81.6  0.000000000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.108546  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1962  2'-5' RNA ligase  30.94 
 
 
186 aa  81.6  0.000000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000287299  normal  0.896193 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  33.73 
 
 
190 aa  81.6  0.000000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1741  2'-5' RNA ligase  30.89 
 
 
187 aa  80.9  0.00000000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  decreased coverage  0.000285675 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  28.34 
 
 
186 aa  80.9  0.00000000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0080  2'-5' RNA ligase  29.47 
 
 
202 aa  79.3  0.00000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.91428  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0172  2'-5' RNA ligase  23.56 
 
 
182 aa  79.3  0.00000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8886  2'-5' RNA ligase  35.56 
 
 
190 aa  79  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.979447  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0488  2'-5' RNA ligase  30.41 
 
 
195 aa  79  0.00000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3366  2'-5' RNA ligase  32.31 
 
 
184 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4534  2'-5' RNA ligase  26.7 
 
 
181 aa  78.2  0.00000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1157  2'-5' RNA ligase  28.26 
 
 
189 aa  78.2  0.00000000000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  33.33 
 
 
193 aa  77.4  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0528  2',5' RNA ligase  33.52 
 
 
178 aa  77.4  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  27.27 
 
 
182 aa  77.4  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1825  2'-5' RNA ligase  29.95 
 
 
187 aa  76.6  0.0000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1388  2',5' RNA ligase  28.02 
 
 
183 aa  76.3  0.0000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.482192  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1636  2'-5' RNA ligase  30.6 
 
 
195 aa  75.9  0.0000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  27.53 
 
 
194 aa  75.5  0.0000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  28.9 
 
 
183 aa  75.5  0.0000000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2055  2'-5' RNA ligase  31.21 
 
 
184 aa  75.1  0.0000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.180735  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3287  2'-5' RNA ligase  37.29 
 
 
184 aa  74.3  0.0000000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.246816 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4845  2'-5' RNA ligase  28.24 
 
 
181 aa  72.4  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  28.05 
 
 
178 aa  72.8  0.000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  31.21 
 
 
178 aa  72.4  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  29.01 
 
 
178 aa  72.8  0.000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0674  2'-5' RNA ligase  29.14 
 
 
177 aa  72  0.000000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4838  putative 2'-5' RNA ligase family protein  28.24 
 
 
181 aa  71.6  0.000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1327  2'-5' RNA ligase  27.75 
 
 
171 aa  71.6  0.000000000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.243857  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2912  2'-5' RNA ligase  31.22 
 
 
179 aa  71.2  0.000000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02479  3'-5' RNA ligase  27.21 
 
 
173 aa  70.5  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  32.67 
 
 
179 aa  70.5  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19240  2'-5' RNA ligase  32.24 
 
 
174 aa  70.9  0.00000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0390929 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0283  2',5' RNA ligase  29.01 
 
 
188 aa  70.9  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0277228 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2282  2'-5' RNA ligase  32.84 
 
 
188 aa  70.9  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216572  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1002  2'-5' RNA ligase  30.11 
 
 
185 aa  70.5  0.00000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1238  2'-5' RNA ligase  31.05 
 
 
186 aa  70.5  0.00000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0760  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 
182 aa  68.9  0.00000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0904  2'-5' RNA ligase  31.68 
 
 
271 aa  68.9  0.00000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0022796 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  25.14 
 
 
178 aa  68.6  0.00000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  26.99 
 
 
179 aa  68.6  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8791  2'-5' RNA ligase  31.5 
 
 
215 aa  68.2  0.00000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.825967 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0231  2'-5' RNA ligase  30.73 
 
 
185 aa  68.6  0.00000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4453  2'-5' RNA ligase  28.12 
 
 
181 aa  68.2  0.00000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4598  2'-5' RNA ligase family protein  28.12 
 
 
181 aa  67.8  0.00000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4435  2'-5' RNA ligase  28.12 
 
 
181 aa  68.2  0.00000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4955  2'-5' RNA ligase family protein  28.12 
 
 
181 aa  67.8  0.00000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>