185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0487 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0487  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 176 aa  365  1e-100  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00469  2,5 RNA ligase  30.92 
 
 		 217 aa  103  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2817  2'-5' RNA ligase  34.68 
 
 		 176 aa  97.4  9e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.433451  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1034  2'-5' RNA ligase  31.76 
 
 		 177 aa  94.7  6e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.427005  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00146  2'-5' RNA ligase  33.92 
 
 		 176 aa  93.6  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00154345  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00145  hypothetical protein  33.92 
 
 		 176 aa  93.6  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00128631  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3983  2'-5' RNA ligase  32.75 
 
 		 180 aa  93.6  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000701591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3112  2'-5' RNA ligase  33.72 
 
 		 176 aa  92.8  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3271  2'-5' RNA ligase  35.09 
 
 		 181 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3512  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 176 aa  92  4e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0807667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2064  2'-5' RNA ligase  35.67 
 
 		 181 aa  92  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2424  2'-5' RNA ligase  35.09 
 
 		 181 aa  91.3  6e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0923  2',5' RNA ligase  30.59 
 
 		 177 aa  91.3  7e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0138  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 176 aa  91.3  7e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0169609  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0158  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 176 aa  91.3  7e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0758236  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3455  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 176 aa  90.9  8e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00917798  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0150  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 176 aa  90.9  8e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000345552  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0151  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 176 aa  90.9  8e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000646366  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0156  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 176 aa  90.9  9e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.177994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0687  2'-5' RNA ligase  33.52 
 
 		 184 aa  90.1  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  normal  0.60336 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1166  2'-5' RNA ligase  31.98 
 
 		 176 aa  87.4  1e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.280308  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3466  2'-5' RNA ligase  32.95 
 
 		 191 aa  87  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3336  2'-5' RNA ligase  32.95 
 
 		 191 aa  87  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00058753  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1002  2'-5' RNA ligase  32.95 
 
 		 191 aa  86.3  2e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.018778  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23030  2-5 RNA ligase protein  32.94 
 
 		 176 aa  86.3  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3075  2'-5' RNA ligase  32.56 
 
 		 181 aa  85.9  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  34.36 
 
 		 174 aa  84  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2116  2',5' RNA ligase  32.75 
 
 		 179 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.529013  normal  0.178928 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0205  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 176 aa  77.4  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0220  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 176 aa  77.4  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0216  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 176 aa  77.4  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0204  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 176 aa  77.4  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0222  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 176 aa  77.4  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.367161  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  28.41 
 
 		 195 aa  75.9  0.0000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  30.29 
 
 		 186 aa  74.7  0.0000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  29.71 
 
 		 176 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1005  2',5' RNA ligase  30.41 
 
 		 183 aa  70.9  0.000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0968272  normal  0.0378462 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1975  2',5' RNA ligase  30.41 
 
 		 193 aa  68.2  0.00000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4453  2'-5' RNA ligase  30.86 
 
 		 181 aa  67  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4598  2'-5' RNA ligase family protein  30.86 
 
 		 181 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4435  2'-5' RNA ligase  30.86 
 
 		 181 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4955  2'-5' RNA ligase family protein  30.86 
 
 		 181 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4820  putative 2'-5' RNA ligase family protein  30.86 
 
 		 181 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0847  2'-5' RNA ligase  27.65 
 
 		 173 aa  65.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0724174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2563  2'-5' RNA ligase  31.98 
 
 		 181 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043811  hitchhiker  0.0000000000000955583 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02479  3'-5' RNA ligase  28.32 
 
 		 173 aa  64.3  0.0000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0703  2'-5' RNA ligase  28.24 
 
 		 173 aa  64.3  0.0000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  30.53 
 
 		 190 aa  64.3  0.0000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4845  2'-5' RNA ligase  29.7 
 
 		 181 aa  63.5  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0421  putative 2'-5' RNA ligase family protein  31.48 
 
 		 181 aa  63.2  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27110  2'-5' RNA ligase  31.58 
 
 		 182 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  28.67 
 
 		 186 aa  62.8  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1286  2'-5' RNA ligase  28.4 
 
 		 188 aa  63.2  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.757621  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4838  putative 2'-5' RNA ligase family protein  28.48 
 
 		 181 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4815  putative 2'-5' RNA ligase family protein  30.3 
 
 		 181 aa  61.2  0.000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.797227  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  32.05 
 
 		 184 aa  61.2  0.000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2754  2'-5' RNA ligase  34.06 
 
 		 184 aa  60.5  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  26.88 
 
 		 184 aa  60.1  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0326  2'-5' RNA ligase  28.11 
 
 		 182 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4534  2'-5' RNA ligase  30.25 
 
 		 181 aa  58.5  0.00000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3055  2',5' RNA ligase  30.43 
 
 		 180 aa  58.9  0.00000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  26.34 
 
 		 184 aa  58.5  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1760  2'-5' RNA ligase  32.65 
 
 		 174 aa  58.5  0.00000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.907021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2912  2'-5' RNA ligase  29.76 
 
 		 179 aa  56.2  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  29.45 
 
 		 184 aa  56.6  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0973  2'-5' RNA ligase  27.12 
 
 		 194 aa  56.6  0.0000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15722  hitchhiker  0.0000262624 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19240  2'-5' RNA ligase  28.41 
 
 		 174 aa  55.8  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0390929 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  27.03 
 
 		 199 aa  55.8  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  27.27 
 
 		 184 aa  55.8  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  26.6 
 
 		 183 aa  54.7  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  27.78 
 
 		 193 aa  54.7  0.0000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  24.67 
 
 		 179 aa  54.3  0.0000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0620  2'-5' RNA ligase  30.57 
 
 		 190 aa  54.3  0.0000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.5382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4476  2'-5' RNA ligase  25.5 
 
 		 191 aa  54.3  0.0000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4364  2'-5' RNA ligase  25.97 
 
 		 188 aa  53.9  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0619  2'-5' RNA ligase  30.57 
 
 		 190 aa  53.9  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000149987  normal  0.458394 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1785  2'-5' RNA ligase  26.9 
 
 		 180 aa  53.9  0.000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  25.38 
 
 		 190 aa  53.1  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  26.17 
 
 		 194 aa  52.8  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0760  2'-5' RNA ligase  30.77 
 
 		 182 aa  52.8  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1029  2'-5' RNA ligase  25.97 
 
 		 197 aa  53.1  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0335  2'-5' RNA ligase  28.11 
 
 		 182 aa  53.1  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.19642 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3366  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 184 aa  52.8  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0461  2'-5' RNA ligase  27.21 
 
 		 195 aa  53.1  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3896  2'-5' RNA ligase  27.98 
 
 		 224 aa  52.8  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0415456  normal  0.638884 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0243  2',5' RNA ligase  27.72 
 
 		 182 aa  52.4  0.000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.938124  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3410  2'-5' RNA ligase  29.94 
 
 		 190 aa  52  0.000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0816673  normal  0.509514 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  29.81 
 
 		 186 aa  52  0.000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3995  2'-5' RNA ligase  25.32 
 
 		 188 aa  51.6  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0173651  normal  0.591095 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2974  putative 2'-5' RNA ligase  27.66 
 
 		 175 aa  51.6  0.000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4176  2'-5' RNA ligase  25.41 
 
 		 196 aa  52  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.15981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  27.86 
 
 		 183 aa  52  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  25.81 
 
 		 184 aa  51.6  0.000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0488  2'-5' RNA ligase  26.78 
 
 		 195 aa  51.6  0.000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  27.84 
 
 		 197 aa  51.2  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8791  2'-5' RNA ligase  30.22 
 
 		 215 aa  51.2  0.000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.825967 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  27.84 
 
 		 197 aa  51.2  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1256  putative integral membrane transport protein  28.57 
 
 		 190 aa  50.4  0.00001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00112331  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0857  2'-5' RNA ligase  24.43 
 
 		 172 aa  50.8  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.358243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2529  2'-5' RNA ligase  24.68 
 
 		 190 aa  50.8  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>