105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2563 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2563  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 181 aa  360  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043811  hitchhiker  0.0000000000000955583 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27110  2'-5' RNA ligase  50 
 
 		 182 aa  138  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23030  2-5 RNA ligase protein  47.09 
 
 		 176 aa  124  5e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2116  2',5' RNA ligase  44.12 
 
 		 179 aa  114  7.999999999999999e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.529013  normal  0.178928 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  42.69 
 
 		 186 aa  102  2e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0156  2'-5' RNA ligase  36.99 
 
 		 176 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.177994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3512  2'-5' RNA ligase  35.84 
 
 		 176 aa  85.1  4e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0807667  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2817  2'-5' RNA ligase  36.99 
 
 		 176 aa  85.5  4e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.433451  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1034  2'-5' RNA ligase  36.69 
 
 		 177 aa  85.5  4e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.427005  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0220  2'-5' RNA ligase  36.99 
 
 		 176 aa  85.1  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0222  2'-5' RNA ligase  36.99 
 
 		 176 aa  85.1  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.367161  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0158  2'-5' RNA ligase  35.84 
 
 		 176 aa  84.7  7e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0758236  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3075  2'-5' RNA ligase  38.37 
 
 		 181 aa  84.7  7e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00146  2'-5' RNA ligase  35.84 
 
 		 176 aa  84.3  8e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00154345  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00145  hypothetical protein  35.84 
 
 		 176 aa  84.3  8e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00128631  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3455  2'-5' RNA ligase  35.84 
 
 		 176 aa  84.3  9e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00917798  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0150  2'-5' RNA ligase  35.84 
 
 		 176 aa  84.3  9e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000345552  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0151  2'-5' RNA ligase  35.84 
 
 		 176 aa  84.3  9e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000646366  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3983  2'-5' RNA ligase  36.09 
 
 		 180 aa  84  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000701591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0138  2'-5' RNA ligase  35.84 
 
 		 176 aa  84  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0169609  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0205  2'-5' RNA ligase  36.42 
 
 		 176 aa  83.6  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0204  2'-5' RNA ligase  36.99 
 
 		 176 aa  84  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0216  2'-5' RNA ligase  36.42 
 
 		 176 aa  82.4  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3112  2'-5' RNA ligase  36.69 
 
 		 176 aa  80.9  0.000000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2064  2'-5' RNA ligase  38.24 
 
 		 181 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1166  2'-5' RNA ligase  35.93 
 
 		 176 aa  80.5  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.280308  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0923  2',5' RNA ligase  40.43 
 
 		 177 aa  79  0.00000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3271  2'-5' RNA ligase  39.88 
 
 		 181 aa  77.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3336  2'-5' RNA ligase  35.47 
 
 		 191 aa  76.3  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00058753  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3466  2'-5' RNA ligase  35.47 
 
 		 191 aa  76.3  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2424  2'-5' RNA ligase  37.65 
 
 		 181 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1002  2'-5' RNA ligase  35.47 
 
 		 191 aa  75.9  0.0000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.018778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1975  2',5' RNA ligase  36.9 
 
 		 193 aa  74.3  0.0000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  31.58 
 
 		 195 aa  73.6  0.000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0687  2'-5' RNA ligase  34.68 
 
 		 184 aa  73.2  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  normal  0.60336 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1286  2'-5' RNA ligase  35 
 
 		 188 aa  72.8  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.757621  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0512  2'-5' RNA ligase  38.37 
 
 		 182 aa  68.2  0.00000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504657 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1161  2'-5' RNA ligase  35.54 
 
 		 174 aa  67.4  0.0000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.274053  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0487  2'-5' RNA ligase  31.98 
 
 		 176 aa  65.5  0.0000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1005  2',5' RNA ligase  33.73 
 
 		 183 aa  64.7  0.0000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0968272  normal  0.0378462 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  35.76 
 
 		 190 aa  63.2  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00469  2,5 RNA ligase  30.71 
 
 		 217 aa  62  0.000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1635  2'-5' RNA ligase  31.79 
 
 		 170 aa  60.8  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.44124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  30.6 
 
 		 193 aa  60.1  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  34.55 
 
 		 174 aa  58.5  0.00000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  31.89 
 
 		 183 aa  58.2  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  29.12 
 
 		 178 aa  56.2  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2842  2',5' RNA ligase  34.62 
 
 		 180 aa  55.5  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0847  2'-5' RNA ligase  32.86 
 
 		 173 aa  55.1  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0724174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  31.21 
 
 		 184 aa  54.7  0.0000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2137  2',5' RNA ligase  30.51 
 
 		 220 aa  53.9  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2974  putative 2'-5' RNA ligase  29.07 
 
 		 175 aa  52.4  0.000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1939  2'-5' RNA ligase  28.26 
 
 		 181 aa  51.6  0.000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.33767  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0627  putative 2'-5' RNA ligase  28.95 
 
 		 185 aa  49.7  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1002  2'-5' RNA ligase  28.47 
 
 		 176 aa  49.7  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000523375  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  30.94 
 
 		 179 aa  50.1  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  28.35 
 
 		 193 aa  48.9  0.00003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5914  2,5 RNA ligase  30.26 
 
 		 188 aa  49.3  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.720477 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  30.11 
 
 		 189 aa  49.3  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1647  2'-5' RNA ligase  25.29 
 
 		 183 aa  49.3  0.00003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  30.21 
 
 		 184 aa  48.9  0.00004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  26.97 
 
 		 182 aa  48.5  0.00005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1760  2'-5' RNA ligase  27.17 
 
 		 174 aa  47.8  0.00008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.907021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  28.34 
 
 		 184 aa  47.8  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  31.11 
 
 		 189 aa  47.8  0.00009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  29.78 
 
 		 199 aa  47.4  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0746  2'-5' RNA ligase  28.49 
 
 		 170 aa  47.4  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.836735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  30 
 
 		 184 aa  46.6  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0620  2'-5' RNA ligase  27.56 
 
 		 190 aa  46.6  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.5382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  28.29 
 
 		 176 aa  46.6  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  26.03 
 
 		 194 aa  47  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  32 
 
 		 179 aa  46.2  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4815  putative 2'-5' RNA ligase family protein  28.24 
 
 		 181 aa  45.8  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.797227  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4845  2'-5' RNA ligase  27.48 
 
 		 181 aa  45.4  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1736  2'-5' RNA ligase  29.01 
 
 		 186 aa  45.4  0.0004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.556008 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  28.98 
 
 		 177 aa  45.4  0.0004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  24.74 
 
 		 193 aa  45.4  0.0004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0571  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 187 aa  45.1  0.0005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.223285  hitchhiker  0.00111432 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0832  2'-5' RNA ligase  27.43 
 
 		 177 aa  44.7  0.0007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.658836  normal  0.059604 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4598  2'-5' RNA ligase family protein  29.13 
 
 		 181 aa  44.3  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4435  2'-5' RNA ligase  29.13 
 
 		 181 aa  44.3  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4453  2'-5' RNA ligase  29.13 
 
 		 181 aa  43.9  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4955  2'-5' RNA ligase family protein  29.13 
 
 		 181 aa  44.3  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  28.24 
 
 		 186 aa  43.9  0.001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  25.84 
 
 		 184 aa  44.3  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4820  putative 2'-5' RNA ligase family protein  29.13 
 
 		 181 aa  44.3  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  25.99 
 
 		 184 aa  43.9  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0528  2',5' RNA ligase  28.18 
 
 		 178 aa  43.5  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02479  3'-5' RNA ligase  26.36 
 
 		 173 aa  43.1  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  29.03 
 
 		 177 aa  43.1  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3167  2',5' RNA ligase  26.25 
 
 		 212 aa  42.4  0.003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.592975  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  26.52 
 
 		 183 aa  42.7  0.003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2786  2'-5' RNA ligase  27.81 
 
 		 214 aa  42.7  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1962  2'-5' RNA ligase  29.29 
 
 		 186 aa  42.4  0.003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000287299  normal  0.896193 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2754  2'-5' RNA ligase  25.19 
 
 		 184 aa  42.7  0.003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0814  2',5' RNA ligase  29.66 
 
 		 204 aa  42.4  0.004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429947  hitchhiker  0.00104301 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0231  2'-5' RNA ligase  27.94 
 
 		 185 aa  42.4  0.004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0679  2'-5' RNA ligase  28.24 
 
 		 192 aa  42.4  0.004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1290  2'-5' RNA ligase  29.67 
 
 		 195 aa  42  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.334257 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  25.6 
 
 		 194 aa  42  0.005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>