215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_1736 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009073  Pcal_1736  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 186 aa  371  1e-102  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.556008 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0571  2'-5' RNA ligase  68.48 
 
 		 187 aa  275  2e-73  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.223285  hitchhiker  0.00111432 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  66.67 
 
 		 186 aa  273  1.0000000000000001e-72  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1741  2'-5' RNA ligase  76.09 
 
 		 187 aa  270  1e-71  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.000285675 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0369  2'-5' RNA ligase  46.99 
 
 		 187 aa  163  1.0000000000000001e-39  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.863227  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  43.72 
 
 		 181 aa  150  1e-35  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2011  2'-5' RNA ligase  40.56 
 
 		 194 aa  142  3e-33  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1785  2'-5' RNA ligase  46.1 
 
 		 180 aa  140  9e-33  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1781  2'-5' RNA ligase  36.87 
 
 		 180 aa  124  8.000000000000001e-28  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1580  2'-5' RNA ligase  36.67 
 
 		 181 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1327  2'-5' RNA ligase  36.02 
 
 		 171 aa  116  1.9999999999999998e-25  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.243857  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0674  2'-5' RNA ligase  38.55 
 
 		 177 aa  112  3e-24  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0231  2'-5' RNA ligase  33.89 
 
 		 185 aa  110  1.0000000000000001e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0488  2'-5' RNA ligase  38.42 
 
 		 195 aa  109  3e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  40 
 
 		 194 aa  105  3e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0994  2'-5' RNA ligase  32.77 
 
 		 174 aa  105  3e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.657287  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  29.79 
 
 		 193 aa  105  4e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  29.79 
 
 		 193 aa  105  5e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2529  2'-5' RNA ligase  31.18 
 
 		 190 aa  104  8e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  33.67 
 
 		 189 aa  103  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1078  2',5' RNA ligase  33.69 
 
 		 185 aa  102  3e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0280  2'-5' RNA ligase  32.77 
 
 		 174 aa  102  3e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0012  2'-5' RNA ligase  34.95 
 
 		 179 aa  101  7e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0833472 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  36.09 
 
 		 189 aa  101  7e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1634  2'-5' RNA ligase  34.08 
 
 		 174 aa  101  8e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.108546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1484  2'-5' RNA ligase  32.77 
 
 		 173 aa  100  2e-20  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  34.38 
 
 		 194 aa  97.4  1e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1825  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 187 aa  97.4  1e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1266  2'-5' RNA ligase  31.89 
 
 		 193 aa  96.7  2e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0332104  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  31.72 
 
 		 184 aa  96.7  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  31.55 
 
 		 187 aa  95.9  3e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  31.64 
 
 		 184 aa  96.3  3e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0987  2'-5' RNA ligase  32.02 
 
 		 171 aa  95.5  3e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0381875  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0322  2'-5' RNA ligase  36.52 
 
 		 179 aa  95.5  4e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  27.13 
 
 		 193 aa  94  1e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  34.66 
 
 		 184 aa  94.4  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  31.02 
 
 		 187 aa  94  1e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1256  putative integral membrane transport protein  32.42 
 
 		 190 aa  93.2  2e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00112331  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1388  2',5' RNA ligase  30.73 
 
 		 183 aa  92.4  3e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.482192  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1238  2'-5' RNA ligase  30.89 
 
 		 186 aa  92  4e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  34.22 
 
 		 188 aa  90.1  2e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2404  2'-5' RNA ligase  28.88 
 
 		 192 aa  89.4  3e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  35.86 
 
 		 199 aa  88.6  4e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  35.56 
 
 		 184 aa  89  4e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3716  2'-5' RNA ligase  27.89 
 
 		 200 aa  89  4e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.784361  hitchhiker  0.00258994 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3040  2'-5' RNA ligase  28.33 
 
 		 189 aa  88.2  5e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.308422 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  28.73 
 
 		 183 aa  88.2  6e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1002  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 185 aa  87  1e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2724  2'-5' RNA ligase  29.02 
 
 		 190 aa  87  1e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1636  2'-5' RNA ligase  26.88 
 
 		 195 aa  87.4  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  33.52 
 
 		 186 aa  85.9  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 183 aa  84.7  7e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  29.89 
 
 		 183 aa  83.6  0.000000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  32.74 
 
 		 179 aa  83.6  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  31.31 
 
 		 190 aa  83.2  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1290  2'-5' RNA ligase  28.57 
 
 		 190 aa  82.8  0.000000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.189928  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1962  2'-5' RNA ligase  31.52 
 
 		 186 aa  82  0.000000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000287299  normal  0.896193 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0904  2'-5' RNA ligase  35.07 
 
 		 271 aa  81.6  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0022796 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0080  2'-5' RNA ligase  29.47 
 
 		 202 aa  81.6  0.000000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.91428  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0973  2'-5' RNA ligase  27.37 
 
 		 194 aa  82  0.000000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15722  hitchhiker  0.0000262624 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  31.89 
 
 		 184 aa  81.3  0.000000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1157  2'-5' RNA ligase  33.52 
 
 		 189 aa  80.1  0.00000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  31.35 
 
 		 184 aa  79  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2055  2'-5' RNA ligase  27.68 
 
 		 184 aa  79  0.00000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.180735  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  27.47 
 
 		 189 aa  79  0.00000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4070  2'-5' RNA ligase  35.81 
 
 		 194 aa  78.2  0.00000000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1707  2'-5' RNA ligase  30.34 
 
 		 183 aa  78.2  0.00000000000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.553995  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4103  2'-5' RNA ligase  35.81 
 
 		 194 aa  77.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0461  2'-5' RNA ligase  31.65 
 
 		 195 aa  77.4  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3539  2'-5' RNA ligase  27.72 
 
 		 201 aa  77  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.146255 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3960  2',5' RNA ligase  34.62 
 
 		 194 aa  77  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.250579  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0273  2'-5' RNA ligase  29.69 
 
 		 188 aa  76.3  0.0000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  30.61 
 
 		 189 aa  75.9  0.0000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2282  2'-5' RNA ligase  28.34 
 
 		 188 aa  75.1  0.0000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216572  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  31.25 
 
 		 183 aa  74.7  0.0000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3055  2',5' RNA ligase  32.97 
 
 		 180 aa  74.7  0.0000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0172  2'-5' RNA ligase  24.73 
 
 		 182 aa  72.4  0.000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1659  2'-5' RNA ligase  29.59 
 
 		 192 aa  71.6  0.000000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000321406  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  30.85 
 
 		 182 aa  71.6  0.000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  26.88 
 
 		 182 aa  70.9  0.00000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5904  2'-5' RNA ligase  30.71 
 
 		 298 aa  70.5  0.00000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.230551  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2912  2'-5' RNA ligase  30.29 
 
 		 179 aa  69.7  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  32.48 
 
 		 197 aa  68.9  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  32.48 
 
 		 199 aa  69.3  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3287  2'-5' RNA ligase  29.37 
 
 		 184 aa  69.3  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.246816 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0370  hypothetical protein  31.54 
 
 		 154 aa  69.7  0.00000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  32.23 
 
 		 197 aa  68.9  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8886  2'-5' RNA ligase  30.99 
 
 		 190 aa  68.9  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.979447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  26.26 
 
 		 182 aa  68.9  0.00000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2754  2'-5' RNA ligase  30.77 
 
 		 184 aa  68.2  0.00000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2137  2',5' RNA ligase  29.95 
 
 		 220 aa  68.2  0.00000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0243  2',5' RNA ligase  35.45 
 
 		 182 aa  67.4  0.0000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.938124  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  31.71 
 
 		 195 aa  67.4  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  27.96 
 
 		 179 aa  66.6  0.0000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0821  2'-5' RNA ligase  34.04 
 
 		 188 aa  65.9  0.0000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0096  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 196 aa  65.5  0.0000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3366  2'-5' RNA ligase  28.36 
 
 		 184 aa  65.5  0.0000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1647  2'-5' RNA ligase  26.84 
 
 		 183 aa  65.5  0.0000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  35 
 
 		 177 aa  64.7  0.0000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8791  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 215 aa  63.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.825967 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>