171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_1760 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_1760  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 174 aa  353  8.999999999999999e-97  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.907021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  48 
 
 		 176 aa  160  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0703  2'-5' RNA ligase  45.09 
 
 		 173 aa  150  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3688  2'-5' RNA ligase  40 
 
 		 181 aa  133  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3871  2'-5' RNA ligase  41.11 
 
 		 181 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0606151  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2974  putative 2'-5' RNA ligase  40.8 
 
 		 175 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3745  2'-5' RNA ligase  38.67 
 
 		 181 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.877647  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0580  2'-5' RNA ligase  39.44 
 
 		 181 aa  129  3e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3896  2'-5' RNA ligase  36.49 
 
 		 224 aa  123  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0415456  normal  0.638884 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3794  phosphoesterase HXTX  40.53 
 
 		 199 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000338063 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0627  putative 2'-5' RNA ligase  40.54 
 
 		 185 aa  103  1e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0620  2'-5' RNA ligase  36.79 
 
 		 190 aa  91.3  5e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.5382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0619  2'-5' RNA ligase  37.82 
 
 		 190 aa  90.9  9e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000149987  normal  0.458394 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3410  2'-5' RNA ligase  36.65 
 
 		 190 aa  88.6  4e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0816673  normal  0.509514 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2817  2'-5' RNA ligase  37.21 
 
 		 176 aa  88.2  5e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.433451  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3167  2',5' RNA ligase  34.74 
 
 		 212 aa  87  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.592975  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1166  2'-5' RNA ligase  32.58 
 
 		 176 aa  85.5  3e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.280308  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3983  2'-5' RNA ligase  31.69 
 
 		 180 aa  84  9e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000701591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0923  2',5' RNA ligase  29.38 
 
 		 177 aa  83.2  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3273  putative 2'-5' RNA ligase  32.02 
 
 		 206 aa  84  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.543044  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3112  2'-5' RNA ligase  31.07 
 
 		 176 aa  80.9  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0216  2'-5' RNA ligase  33.9 
 
 		 176 aa  79.7  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0204  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 176 aa  78.2  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0205  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 176 aa  77.4  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0222  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 176 aa  77.4  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.367161  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1034  2'-5' RNA ligase  31.67 
 
 		 177 aa  77.4  0.00000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.427005  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0220  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 176 aa  77.4  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3466  2'-5' RNA ligase  28.42 
 
 		 191 aa  75.1  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1002  2'-5' RNA ligase  28.42 
 
 		 191 aa  75.5  0.0000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.018778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3336  2'-5' RNA ligase  28.42 
 
 		 191 aa  75.1  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00058753  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0687  2'-5' RNA ligase  34.03 
 
 		 184 aa  74.7  0.0000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  normal  0.60336 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00469  2,5 RNA ligase  35.17 
 
 		 217 aa  73.6  0.000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  32.09 
 
 		 179 aa  70.5  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  30.95 
 
 		 190 aa  70.9  0.00000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0832  2'-5' RNA ligase  29.28 
 
 		 177 aa  68.6  0.00000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.658836  normal  0.059604 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  30.64 
 
 		 184 aa  68.2  0.00000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  31.18 
 
 		 199 aa  67  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0158  2'-5' RNA ligase  28.25 
 
 		 176 aa  66.2  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0758236  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00146  2'-5' RNA ligase  28.89 
 
 		 176 aa  65.1  0.0000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00154345  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3455  2'-5' RNA ligase  28.89 
 
 		 176 aa  65.5  0.0000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00917798  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0138  2'-5' RNA ligase  30.07 
 
 		 176 aa  65.5  0.0000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0169609  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  34.13 
 
 		 186 aa  65.1  0.0000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00145  hypothetical protein  28.89 
 
 		 176 aa  65.1  0.0000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00128631  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0150  2'-5' RNA ligase  28.89 
 
 		 176 aa  65.5  0.0000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000345552  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0151  2'-5' RNA ligase  28.89 
 
 		 176 aa  65.5  0.0000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000646366  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  30.95 
 
 		 184 aa  64.7  0.0000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0156  2'-5' RNA ligase  30.77 
 
 		 176 aa  64.7  0.0000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.177994  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  30.95 
 
 		 184 aa  63.5  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  27.42 
 
 		 197 aa  62.8  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  27.42 
 
 		 197 aa  62.8  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23030  2-5 RNA ligase protein  32.18 
 
 		 176 aa  62.8  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27110  2'-5' RNA ligase  28 
 
 		 182 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  24.43 
 
 		 178 aa  62  0.000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  27.84 
 
 		 184 aa  62  0.000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3512  2'-5' RNA ligase  28.33 
 
 		 176 aa  61.6  0.000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0807667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  24.43 
 
 		 178 aa  61.2  0.000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1775  2'-5' RNA ligase  26.82 
 
 		 179 aa  60.8  0.000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2424  2'-5' RNA ligase  28.16 
 
 		 181 aa  60.8  0.000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2912  2'-5' RNA ligase  31.3 
 
 		 179 aa  60.8  0.000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4995  2'-5' RNA ligase  26.9 
 
 		 178 aa  60.8  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  24.43 
 
 		 178 aa  60.1  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  25.57 
 
 		 178 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  26.09 
 
 		 186 aa  59.3  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3271  2'-5' RNA ligase  27.59 
 
 		 181 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  23.95 
 
 		 195 aa  59.7  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4476  2'-5' RNA ligase  25.58 
 
 		 191 aa  59.7  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0847  2'-5' RNA ligase  25.78 
 
 		 173 aa  59.3  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0724174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  25.56 
 
 		 186 aa  58.9  0.00000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0487  2'-5' RNA ligase  32.65 
 
 		 176 aa  58.5  0.00000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1484  2'-5' RNA ligase  29.63 
 
 		 173 aa  58.2  0.00000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2064  2'-5' RNA ligase  27.59 
 
 		 181 aa  58.2  0.00000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5472  2'-5' RNA ligase  26.23 
 
 		 180 aa  58.2  0.00000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  25.71 
 
 		 174 aa  57.8  0.00000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  26.47 
 
 		 179 aa  57.8  0.00000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4176  2'-5' RNA ligase  29.29 
 
 		 195 aa  57.4  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0620865  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1286  2'-5' RNA ligase  32.19 
 
 		 188 aa  56.2  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.757621  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2116  2',5' RNA ligase  26.86 
 
 		 179 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.529013  normal  0.178928 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  27.93 
 
 		 195 aa  56.2  0.0000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0528  2',5' RNA ligase  23.46 
 
 		 178 aa  56.6  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  29.12 
 
 		 189 aa  56.6  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  29.6 
 
 		 179 aa  56.6  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  29.6 
 
 		 182 aa  56.2  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  27.52 
 
 		 182 aa  55.8  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0390  putative 2'-5' RNA ligase  22.73 
 
 		 179 aa  55.8  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117956  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4364  2'-5' RNA ligase  26.16 
 
 		 188 aa  55.8  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  24.43 
 
 		 177 aa  55.5  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0408  2'-5' RNA ligase  25.5 
 
 		 176 aa  55.1  0.0000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.328982  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0084  hypothetical protein  23.33 
 
 		 196 aa  54.7  0.0000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.514694  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  24.32 
 
 		 187 aa  54.3  0.0000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1580  2'-5' RNA ligase  31.25 
 
 		 181 aa  53.9  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0283  2',5' RNA ligase  29.84 
 
 		 188 aa  53.9  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0277228 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  26.67 
 
 		 179 aa  53.5  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  24.32 
 
 		 187 aa  53.9  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  20.59 
 
 		 183 aa  53.5  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3075  2'-5' RNA ligase  24.14 
 
 		 181 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3995  2'-5' RNA ligase  25 
 
 		 188 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0173651  normal  0.591095 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0081  2'-5' RNA ligase  22.67 
 
 		 196 aa  52.4  0.000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.589946  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  22.73 
 
 		 182 aa  52  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0987  2'-5' RNA ligase  27.72 
 
 		 171 aa  52  0.000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0381875  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2282  2'-5' RNA ligase  28.4 
 
 		 188 aa  51.2  0.000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216572  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>