66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3794 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3794  phosphoesterase HXTX  100 
 
 		 199 aa  406  1e-113  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000338063 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3896  2'-5' RNA ligase  41.07 
 
 		 224 aa  165  5e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0415456  normal  0.638884 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  44.15 
 
 		 176 aa  138  6e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2974  putative 2'-5' RNA ligase  36.51 
 
 		 175 aa  119  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3745  2'-5' RNA ligase  37.76 
 
 		 181 aa  117  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.877647  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1760  2'-5' RNA ligase  40.53 
 
 		 174 aa  117  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.907021  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3688  2'-5' RNA ligase  38.69 
 
 		 181 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0580  2'-5' RNA ligase  37.76 
 
 		 181 aa  114  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3871  2'-5' RNA ligase  36.68 
 
 		 181 aa  114  8.999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0606151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0703  2'-5' RNA ligase  36.7 
 
 		 173 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0627  putative 2'-5' RNA ligase  38.61 
 
 		 185 aa  108  6e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0620  2'-5' RNA ligase  38.28 
 
 		 190 aa  99.4  3e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.5382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3410  2'-5' RNA ligase  37.8 
 
 		 190 aa  96.7  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0816673  normal  0.509514 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0619  2'-5' RNA ligase  37.8 
 
 		 190 aa  94.7  8e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000149987  normal  0.458394 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3167  2',5' RNA ligase  36.89 
 
 		 212 aa  91.3  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.592975  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3273  putative 2'-5' RNA ligase  26.56 
 
 		 206 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.543044  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0923  2',5' RNA ligase  25.79 
 
 		 177 aa  68.6  0.00000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00469  2,5 RNA ligase  27.67 
 
 		 217 aa  65.5  0.0000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4476  2'-5' RNA ligase  26.73 
 
 		 191 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2424  2'-5' RNA ligase  29.17 
 
 		 181 aa  57  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3271  2'-5' RNA ligase  28.8 
 
 		 181 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  28.57 
 
 		 179 aa  55.1  0.0000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4364  2'-5' RNA ligase  25.62 
 
 		 188 aa  54.7  0.0000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3983  2'-5' RNA ligase  27.16 
 
 		 180 aa  54.3  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000701591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  25.5 
 
 		 179 aa  53.9  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3995  2'-5' RNA ligase  25.12 
 
 		 188 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0173651  normal  0.591095 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23030  2-5 RNA ligase protein  24.73 
 
 		 176 aa  52.8  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3336  2'-5' RNA ligase  25.5 
 
 		 191 aa  52.8  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00058753  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3466  2'-5' RNA ligase  25.5 
 
 		 191 aa  52.8  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1002  2'-5' RNA ligase  25.5 
 
 		 191 aa  53.1  0.000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.018778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  22.34 
 
 		 186 aa  51.6  0.000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  28.29 
 
 		 174 aa  51.2  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  23.83 
 
 		 190 aa  50.8  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1975  2',5' RNA ligase  24.87 
 
 		 193 aa  50.4  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3075  2'-5' RNA ligase  26.98 
 
 		 181 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1166  2'-5' RNA ligase  27.6 
 
 		 176 aa  49.7  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.280308  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2064  2'-5' RNA ligase  26.56 
 
 		 181 aa  49.3  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  25.81 
 
 		 195 aa  48.9  0.00005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0487  2'-5' RNA ligase  24.84 
 
 		 176 aa  48.5  0.00006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1034  2'-5' RNA ligase  24.87 
 
 		 177 aa  48.1  0.00007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.427005  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0832  2'-5' RNA ligase  24.12 
 
 		 177 aa  48.5  0.00007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.658836  normal  0.059604 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5472  2'-5' RNA ligase  23 
 
 		 180 aa  48.1  0.00009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  25.5 
 
 		 193 aa  48.1  0.00009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3112  2'-5' RNA ligase  26.18 
 
 		 176 aa  47.8  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  27.21 
 
 		 178 aa  46.6  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2817  2'-5' RNA ligase  25.65 
 
 		 176 aa  46.6  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.433451  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0204  2'-5' RNA ligase  25.52 
 
 		 176 aa  46.2  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0222  2'-5' RNA ligase  25.52 
 
 		 176 aa  46.2  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.367161  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0220  2'-5' RNA ligase  25.52 
 
 		 176 aa  46.2  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0216  2'-5' RNA ligase  25.52 
 
 		 176 aa  46.2  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1157  2'-5' RNA ligase  23.9 
 
 		 189 aa  45.1  0.0006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  27.89 
 
 		 178 aa  45.1  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0205  2'-5' RNA ligase  25 
 
 		 176 aa  44.7  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1005  2',5' RNA ligase  22.87 
 
 		 183 aa  45.1  0.0008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0968272  normal  0.0378462 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0687  2'-5' RNA ligase  26.56 
 
 		 184 aa  44.3  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  normal  0.60336 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0390  putative 2'-5' RNA ligase  25.85 
 
 		 179 aa  44.3  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117956  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1775  2'-5' RNA ligase  22.61 
 
 		 179 aa  43.9  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  27.21 
 
 		 178 aa  43.5  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  22.61 
 
 		 187 aa  43.5  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0283  2',5' RNA ligase  26.9 
 
 		 188 aa  43.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0277228 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  25.85 
 
 		 179 aa  43.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0528  2',5' RNA ligase  22.73 
 
 		 178 aa  42.7  0.003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  22.61 
 
 		 187 aa  43.1  0.003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  25.85 
 
 		 177 aa  42  0.005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  23.35 
 
 		 199 aa  42.4  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2116  2',5' RNA ligase  28.42 
 
 		 179 aa  41.6  0.009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.529013  normal  0.178928 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>