52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3273 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3273  putative 2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 206 aa  425  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.543044  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2974  putative 2'-5' RNA ligase  33.71 
 
 		 175 aa  105  7e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3745  2'-5' RNA ligase  34.46 
 
 		 181 aa  101  8e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.877647  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3871  2'-5' RNA ligase  33.9 
 
 		 181 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0606151  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3688  2'-5' RNA ligase  34.46 
 
 		 181 aa  99  4e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3167  2',5' RNA ligase  31.58 
 
 		 212 aa  97.1  2e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.592975  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0580  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 181 aa  96.7  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0703  2'-5' RNA ligase  33.72 
 
 		 173 aa  94.4  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0619  2'-5' RNA ligase  32.26 
 
 		 190 aa  87.8  9e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000149987  normal  0.458394 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0620  2'-5' RNA ligase  32.8 
 
 		 190 aa  87.8  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.5382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3410  2'-5' RNA ligase  32.8 
 
 		 190 aa  85.9  4e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0816673  normal  0.509514 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1760  2'-5' RNA ligase  32.02 
 
 		 174 aa  84  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.907021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  28.98 
 
 		 176 aa  81.6  0.000000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0627  putative 2'-5' RNA ligase  32.6 
 
 		 185 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3794  phosphoesterase HXTX  26.56 
 
 		 199 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000338063 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3896  2'-5' RNA ligase  25.34 
 
 		 224 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0415456  normal  0.638884 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3466  2'-5' RNA ligase  25.43 
 
 		 191 aa  58.5  0.00000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3336  2'-5' RNA ligase  25.43 
 
 		 191 aa  58.5  0.00000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00058753  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00469  2,5 RNA ligase  25.71 
 
 		 217 aa  58.5  0.00000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1002  2'-5' RNA ligase  25.43 
 
 		 191 aa  58.5  0.00000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.018778  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1034  2'-5' RNA ligase  23.84 
 
 		 177 aa  53.1  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.427005  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0138  2'-5' RNA ligase  24 
 
 		 176 aa  51.6  0.000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0169609  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3983  2'-5' RNA ligase  23.3 
 
 		 180 aa  51.6  0.000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000701591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3075  2'-5' RNA ligase  26.43 
 
 		 181 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0158  2'-5' RNA ligase  24 
 
 		 176 aa  50.4  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0758236  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1166  2'-5' RNA ligase  22.91 
 
 		 176 aa  50.4  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.280308  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3512  2'-5' RNA ligase  24 
 
 		 176 aa  49.7  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0807667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0151  2'-5' RNA ligase  24 
 
 		 176 aa  49.7  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000646366  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0150  2'-5' RNA ligase  24 
 
 		 176 aa  49.7  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000345552  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3455  2'-5' RNA ligase  24 
 
 		 176 aa  49.7  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00917798  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2817  2'-5' RNA ligase  24.28 
 
 		 176 aa  48.5  0.00007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.433451  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23030  2-5 RNA ligase protein  24 
 
 		 176 aa  48.5  0.00008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0156  2'-5' RNA ligase  24 
 
 		 176 aa  48.1  0.00008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.177994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1975  2',5' RNA ligase  20 
 
 		 193 aa  48.1  0.00009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0528  2',5' RNA ligase  21.98 
 
 		 178 aa  48.1  0.00009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00146  2'-5' RNA ligase  23.43 
 
 		 176 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00154345  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00145  hypothetical protein  23.43 
 
 		 176 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00128631  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3271  2'-5' RNA ligase  23.74 
 
 		 181 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2064  2'-5' RNA ligase  22.73 
 
 		 181 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0326  2'-5' RNA ligase  22.8 
 
 		 182 aa  46.2  0.0004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3112  2'-5' RNA ligase  22.86 
 
 		 176 aa  46.2  0.0004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2424  2'-5' RNA ligase  24.46 
 
 		 181 aa  45.1  0.0007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1286  2'-5' RNA ligase  26.88 
 
 		 188 aa  45.1  0.0008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.757621  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  25 
 
 		 174 aa  44.7  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  22.65 
 
 		 182 aa  44.3  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0487  2'-5' RNA ligase  22.46 
 
 		 176 aa  43.9  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1736  2'-5' RNA ligase  20.81 
 
 		 186 aa  43.1  0.003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.556008 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1290  2'-5' RNA ligase  24.82 
 
 		 190 aa  43.1  0.003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.189928  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02479  3'-5' RNA ligase  21.43 
 
 		 173 aa  43.1  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  19.7 
 
 		 186 aa  42.4  0.005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  24.22 
 
 		 177 aa  42.4  0.005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  24.49 
 
 		 199 aa  41.6  0.009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>