133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2064 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2064  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 181 aa  359  9e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2424  2'-5' RNA ligase  91.67 
 
 		 181 aa  331  4e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3271  2'-5' RNA ligase  90.56 
 
 		 181 aa  328  3e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3075  2'-5' RNA ligase  73.74 
 
 		 181 aa  263  8e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2116  2',5' RNA ligase  56.98 
 
 		 179 aa  199  9.999999999999999e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.529013  normal  0.178928 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0487  2'-5' RNA ligase  35.67 
 
 		 176 aa  92  4e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23030  2-5 RNA ligase protein  38.01 
 
 		 176 aa  87.4  9e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  31.4 
 
 		 195 aa  84.7  6e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1034  2'-5' RNA ligase  33.71 
 
 		 177 aa  82  0.000000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.427005  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2563  2'-5' RNA ligase  38.24 
 
 		 181 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043811  hitchhiker  0.0000000000000955583 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3983  2'-5' RNA ligase  32.77 
 
 		 180 aa  77  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000701591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0512  2'-5' RNA ligase  38.82 
 
 		 182 aa  75.9  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504657 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0923  2',5' RNA ligase  34.1 
 
 		 177 aa  75.5  0.0000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2817  2'-5' RNA ligase  35.03 
 
 		 176 aa  73.9  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.433451  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1286  2'-5' RNA ligase  37.28 
 
 		 188 aa  73.6  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.757621  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  36.88 
 
 		 190 aa  72.4  0.000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1002  2'-5' RNA ligase  32.39 
 
 		 191 aa  72.4  0.000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.018778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3336  2'-5' RNA ligase  32.39 
 
 		 191 aa  72.4  0.000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00058753  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3466  2'-5' RNA ligase  32.39 
 
 		 191 aa  72.4  0.000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0156  2'-5' RNA ligase  32.02 
 
 		 176 aa  71.6  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.177994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0158  2'-5' RNA ligase  32.02 
 
 		 176 aa  71.2  0.000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0758236  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00146  2'-5' RNA ligase  31.46 
 
 		 176 aa  70.5  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00154345  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00145  hypothetical protein  31.46 
 
 		 176 aa  70.5  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00128631  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2974  putative 2'-5' RNA ligase  32.31 
 
 		 175 aa  69.7  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27110  2'-5' RNA ligase  38.86 
 
 		 182 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3455  2'-5' RNA ligase  31.46 
 
 		 176 aa  68.9  0.00000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00917798  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  31.43 
 
 		 176 aa  68.9  0.00000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0150  2'-5' RNA ligase  31.46 
 
 		 176 aa  68.9  0.00000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000345552  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0151  2'-5' RNA ligase  31.46 
 
 		 176 aa  68.9  0.00000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000646366  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0138  2'-5' RNA ligase  31.46 
 
 		 176 aa  68.9  0.00000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0169609  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  39.06 
 
 		 174 aa  68.6  0.00000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3512  2'-5' RNA ligase  31.46 
 
 		 176 aa  68.2  0.00000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0807667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00469  2,5 RNA ligase  30.77 
 
 		 217 aa  68.2  0.00000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1005  2',5' RNA ligase  34.57 
 
 		 183 aa  67  0.0000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0968272  normal  0.0378462 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0205  2'-5' RNA ligase  32.39 
 
 		 176 aa  67.4  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1166  2'-5' RNA ligase  31.43 
 
 		 176 aa  66.6  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.280308  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0220  2'-5' RNA ligase  32.39 
 
 		 176 aa  66.6  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0216  2'-5' RNA ligase  32.39 
 
 		 176 aa  66.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0222  2'-5' RNA ligase  32.39 
 
 		 176 aa  66.6  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.367161  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0703  2'-5' RNA ligase  29.65 
 
 		 173 aa  65.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0204  2'-5' RNA ligase  32.39 
 
 		 176 aa  65.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3112  2'-5' RNA ligase  31.65 
 
 		 176 aa  64.7  0.0000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  34.08 
 
 		 186 aa  64.7  0.0000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0687  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 184 aa  64.3  0.0000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  normal  0.60336 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1760  2'-5' RNA ligase  27.59 
 
 		 174 aa  58.2  0.00000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.907021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02479  3'-5' RNA ligase  30.94 
 
 		 173 aa  58.2  0.00000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3743  2'-5' RNA ligase  32.52 
 
 		 186 aa  57  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1946  2',5' RNA ligase  34.65 
 
 		 166 aa  56.2  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0580  2'-5' RNA ligase  31.54 
 
 		 181 aa  56.6  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0847  2'-5' RNA ligase  32.7 
 
 		 173 aa  56.2  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0724174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3712  2'-5' RNA ligase  32.52 
 
 		 186 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2842  2',5' RNA ligase  34.78 
 
 		 180 aa  55.8  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0627  putative 2'-5' RNA ligase  37.37 
 
 		 185 aa  55.1  0.0000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2754  2'-5' RNA ligase  26.67 
 
 		 184 aa  54.7  0.0000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6095  2',5' RNA ligase  29.28 
 
 		 207 aa  54.7  0.0000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0652023  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3745  2'-5' RNA ligase  27.22 
 
 		 181 aa  54.7  0.0000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.877647  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3871  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 181 aa  54.7  0.0000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0606151  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2732  hypothetical protein  31.9 
 
 		 186 aa  54.3  0.0000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  31.15 
 
 		 186 aa  54.7  0.0000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3219  hypothetical protein  31.9 
 
 		 186 aa  54.3  0.0000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1770  hypothetical protein  31.9 
 
 		 186 aa  54.3  0.0000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3686  2'-5' RNA ligase  31.9 
 
 		 186 aa  54.3  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2784  2'-5' RNA ligase  31.9 
 
 		 186 aa  54.3  0.0000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0280  2'-5' RNA ligase  26.32 
 
 		 174 aa  54.3  0.0000008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3688  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 181 aa  53.9  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3167  2',5' RNA ligase  33.14 
 
 		 212 aa  53.9  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.592975  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 188 aa  53.1  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1982  2'-5' RNA ligase  28.73 
 
 		 207 aa  53.5  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0994  2'-5' RNA ligase  26.32 
 
 		 174 aa  53.1  0.000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.657287  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  30.65 
 
 		 193 aa  52.4  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1939  2'-5' RNA ligase  22.47 
 
 		 181 aa  52.4  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.33767  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1634  2'-5' RNA ligase  25.56 
 
 		 174 aa  52.4  0.000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.108546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  32.04 
 
 		 179 aa  52.8  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2006  2'-5' RNA ligase  28.02 
 
 		 207 aa  52  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19240  2'-5' RNA ligase  32.82 
 
 		 174 aa  51.6  0.000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0390929 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0987  2'-5' RNA ligase  24.6 
 
 		 171 aa  51.6  0.000007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0381875  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1775  2'-5' RNA ligase  32.6 
 
 		 179 aa  51.2  0.000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  21.97 
 
 		 182 aa  50.4  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4557  2',5' RNA ligase  33.9 
 
 		 199 aa  50.4  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0162437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  30.3 
 
 		 190 aa  50.1  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0814  2',5' RNA ligase  32.03 
 
 		 204 aa  49.3  0.00003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429947  hitchhiker  0.00104301 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3794  phosphoesterase HXTX  26.56 
 
 		 199 aa  49.3  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000338063 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0620  2'-5' RNA ligase  29.56 
 
 		 190 aa  48.9  0.00004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.5382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  32.81 
 
 		 182 aa  48.9  0.00004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  31.25 
 
 		 177 aa  48.5  0.00004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0679  2'-5' RNA ligase  28.15 
 
 		 192 aa  48.5  0.00005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0326  2'-5' RNA ligase  30.73 
 
 		 182 aa  48.5  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0619  2'-5' RNA ligase  29.56 
 
 		 190 aa  48.5  0.00005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000149987  normal  0.458394 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  31.55 
 
 		 199 aa  48.1  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  27.07 
 
 		 183 aa  47.8  0.00008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0528  2',5' RNA ligase  30.98 
 
 		 178 aa  47.8  0.00009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1975  2',5' RNA ligase  31.54 
 
 		 193 aa  46.6  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  32.06 
 
 		 194 aa  47  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3273  putative 2'-5' RNA ligase  22.73 
 
 		 206 aa  46.6  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.543044  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  28.95 
 
 		 199 aa  46.2  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5472  2'-5' RNA ligase  28.89 
 
 		 180 aa  46.2  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0746  2'-5' RNA ligase  31.4 
 
 		 170 aa  45.4  0.0004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.836735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0261  2'-5' RNA ligase  30.27 
 
 		 179 aa  45.4  0.0004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00684061  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  27.07 
 
 		 193 aa  45.1  0.0006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2442  2',5' RNA ligase  32.97 
 
 		 196 aa  44.7  0.0007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.900073 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>