246 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA0386 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  100 
 
 		 190 aa  372  1e-102  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1005  2',5' RNA ligase  44.97 
 
 		 183 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0968272  normal  0.0378462 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1975  2',5' RNA ligase  40.8 
 
 		 193 aa  115  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  43.29 
 
 		 186 aa  115  3.9999999999999997e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  37.89 
 
 		 174 aa  97.4  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0923  2',5' RNA ligase  37.13 
 
 		 177 aa  97.1  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0512  2'-5' RNA ligase  45.35 
 
 		 182 aa  95.1  6e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504657 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3455  2'-5' RNA ligase  38.65 
 
 		 176 aa  94  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00917798  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0156  2'-5' RNA ligase  38.65 
 
 		 176 aa  94  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.177994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0150  2'-5' RNA ligase  38.65 
 
 		 176 aa  94  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000345552  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0151  2'-5' RNA ligase  38.65 
 
 		 176 aa  94  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000646366  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0138  2'-5' RNA ligase  38.65 
 
 		 176 aa  94.4  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0169609  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0158  2'-5' RNA ligase  38.65 
 
 		 176 aa  94  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0758236  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00146  2'-5' RNA ligase  38.65 
 
 		 176 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00154345  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  31.93 
 
 		 195 aa  93.2  2e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00145  hypothetical protein  38.65 
 
 		 176 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00128631  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3512  2'-5' RNA ligase  38.04 
 
 		 176 aa  91.3  8e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0807667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27110  2'-5' RNA ligase  43.21 
 
 		 182 aa  89.4  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0687  2'-5' RNA ligase  35.4 
 
 		 184 aa  85.5  4e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  normal  0.60336 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  38.01 
 
 		 176 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23030  2-5 RNA ligase protein  39.39 
 
 		 176 aa  82  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0847  2'-5' RNA ligase  36.97 
 
 		 173 aa  81.6  0.000000000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0724174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0746  2'-5' RNA ligase  36.09 
 
 		 170 aa  78.6  0.00000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.836735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0488  2'-5' RNA ligase  37.64 
 
 		 195 aa  77.8  0.00000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2817  2'-5' RNA ligase  36.47 
 
 		 176 aa  77.8  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.433451  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2137  2',5' RNA ligase  38.64 
 
 		 220 aa  77  0.0000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2064  2'-5' RNA ligase  37.65 
 
 		 181 aa  75.9  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0220  2'-5' RNA ligase  32.93 
 
 		 176 aa  75.1  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0222  2'-5' RNA ligase  32.93 
 
 		 176 aa  75.1  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.367161  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0205  2'-5' RNA ligase  32.93 
 
 		 176 aa  74.7  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0204  2'-5' RNA ligase  32.93 
 
 		 176 aa  74.3  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1760  2'-5' RNA ligase  32.03 
 
 		 174 aa  74.3  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.907021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3336  2'-5' RNA ligase  35.15 
 
 		 191 aa  73.9  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00058753  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3466  2'-5' RNA ligase  35.15 
 
 		 191 aa  73.9  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0216  2'-5' RNA ligase  32.93 
 
 		 176 aa  74.3  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1002  2'-5' RNA ligase  35.15 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.018778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  28.07 
 
 		 194 aa  73.6  0.000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3983  2'-5' RNA ligase  34.64 
 
 		 180 aa  73.2  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000701591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1635  2'-5' RNA ligase  37.13 
 
 		 170 aa  72.8  0.000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.44124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3271  2'-5' RNA ligase  40.62 
 
 		 181 aa  72  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02479  3'-5' RNA ligase  29.73 
 
 		 173 aa  72.4  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2424  2'-5' RNA ligase  39.84 
 
 		 181 aa  72  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1946  2',5' RNA ligase  33.12 
 
 		 166 aa  72  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  38.15 
 
 		 186 aa  72  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  33.12 
 
 		 178 aa  71.2  0.000000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  35.63 
 
 		 184 aa  70.9  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  37.14 
 
 		 179 aa  70.9  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1034  2'-5' RNA ligase  34.97 
 
 		 177 aa  70.9  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.427005  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2116  2',5' RNA ligase  35.71 
 
 		 179 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.529013  normal  0.178928 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0703  2'-5' RNA ligase  33.06 
 
 		 173 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3112  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 176 aa  70.1  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  36.57 
 
 		 190 aa  69.7  0.00000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  24.58 
 
 		 189 aa  69.7  0.00000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  33.33 
 
 		 178 aa  68.9  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3366  2'-5' RNA ligase  32.52 
 
 		 184 aa  68.9  0.00000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2842  2',5' RNA ligase  35.37 
 
 		 180 aa  68.6  0.00000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  28.42 
 
 		 187 aa  68.2  0.00000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  26.86 
 
 		 182 aa  67  0.0000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3716  2'-5' RNA ligase  34.59 
 
 		 200 aa  67.4  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.784361  hitchhiker  0.00258994 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  33.14 
 
 		 177 aa  67  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  27.87 
 
 		 187 aa  67.8  0.0000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  35.37 
 
 		 179 aa  66.6  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2974  putative 2'-5' RNA ligase  36.15 
 
 		 175 aa  67  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3503  2',5' RNA ligase  37.65 
 
 		 192 aa  65.9  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.968383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  30.57 
 
 		 178 aa  65.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1166  2'-5' RNA ligase  35.11 
 
 		 176 aa  66.2  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.280308  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  32 
 
 		 179 aa  65.5  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0487  2'-5' RNA ligase  29.52 
 
 		 176 aa  65.5  0.0000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1962  2'-5' RNA ligase  29.14 
 
 		 186 aa  65.5  0.0000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000287299  normal  0.896193 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0390  putative 2'-5' RNA ligase  31.98 
 
 		 179 aa  65.5  0.0000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117956  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  29.61 
 
 		 193 aa  65.5  0.0000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3960  2',5' RNA ligase  35.2 
 
 		 194 aa  65.1  0.0000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.250579  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  30.56 
 
 		 178 aa  65.1  0.0000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1384  2'-5' RNA ligase  29.89 
 
 		 222 aa  65.1  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.605515  normal  0.876718 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0326  2'-5' RNA ligase  37.14 
 
 		 182 aa  64.7  0.0000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1266  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 193 aa  64.3  0.0000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0332104  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1286  2'-5' RNA ligase  36.13 
 
 		 188 aa  64.7  0.0000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.757621  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3075  2'-5' RNA ligase  37.4 
 
 		 181 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4103  2'-5' RNA ligase  35.2 
 
 		 194 aa  63.2  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  32.58 
 
 		 189 aa  63.5  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4070  2'-5' RNA ligase  35.2 
 
 		 194 aa  63.5  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  29.31 
 
 		 189 aa  63.5  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2563  2'-5' RNA ligase  37.09 
 
 		 181 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043811  hitchhiker  0.0000000000000955583 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  31.61 
 
 		 178 aa  62.8  0.000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  29.05 
 
 		 193 aa  62.4  0.000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  26.37 
 
 		 189 aa  62.4  0.000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0283  2',5' RNA ligase  31.55 
 
 		 188 aa  62.4  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0277228 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3539  2'-5' RNA ligase  32.79 
 
 		 201 aa  62.4  0.000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.146255 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1939  2'-5' RNA ligase  26.54 
 
 		 181 aa  61.6  0.000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.33767  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  29.65 
 
 		 183 aa  61.2  0.000000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  32.78 
 
 		 179 aa  60.8  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1002  2'-5' RNA ligase  28.24 
 
 		 176 aa  60.8  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000523375  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0826  2'-5' RNA ligase  35.63 
 
 		 187 aa  60.5  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  28.74 
 
 		 183 aa  60.8  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  27.47 
 
 		 193 aa  60.8  0.00000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2055  2'-5' RNA ligase  29.05 
 
 		 184 aa  60.5  0.00000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.180735  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4364  2'-5' RNA ligase  35.76 
 
 		 188 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  29.44 
 
 		 184 aa  60.8  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3745  2'-5' RNA ligase  27.49 
 
 		 181 aa  60.8  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.877647  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3287  2'-5' RNA ligase  34.34 
 
 		 184 aa  60.5  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.246816 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>