186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3112 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3112  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 176 aa  359  1e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1166  2'-5' RNA ligase  92.61 
 
 		 176 aa  337  7e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.280308  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2817  2'-5' RNA ligase  75.58 
 
 		 176 aa  266  8.999999999999999e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.433451  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3983  2'-5' RNA ligase  71.84 
 
 		 180 aa  265  2.9999999999999995e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000701591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1034  2'-5' RNA ligase  70.35 
 
 		 177 aa  250  6e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.427005  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3466  2'-5' RNA ligase  69.05 
 
 		 191 aa  242  3e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3336  2'-5' RNA ligase  69.05 
 
 		 191 aa  242  3e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00058753  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1002  2'-5' RNA ligase  68.45 
 
 		 191 aa  241  3.9999999999999997e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.018778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0156  2'-5' RNA ligase  63.95 
 
 		 176 aa  230  1e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.177994  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00146  2'-5' RNA ligase  61.93 
 
 		 176 aa  228  2e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00154345  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00145  hypothetical protein  61.93 
 
 		 176 aa  228  2e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00128631  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0138  2'-5' RNA ligase  61.93 
 
 		 176 aa  229  2e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0169609  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3455  2'-5' RNA ligase  61.93 
 
 		 176 aa  228  4e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00917798  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0150  2'-5' RNA ligase  61.93 
 
 		 176 aa  228  4e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000345552  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0151  2'-5' RNA ligase  61.93 
 
 		 176 aa  228  4e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000646366  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0687  2'-5' RNA ligase  63.79 
 
 		 184 aa  227  7e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  normal  0.60336 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3512  2'-5' RNA ligase  61.93 
 
 		 176 aa  227  8e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0807667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0158  2'-5' RNA ligase  61.36 
 
 		 176 aa  225  2e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0758236  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0222  2'-5' RNA ligase  62.64 
 
 		 176 aa  225  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.367161  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0205  2'-5' RNA ligase  62.64 
 
 		 176 aa  225  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0216  2'-5' RNA ligase  62.64 
 
 		 176 aa  226  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0204  2'-5' RNA ligase  62.64 
 
 		 176 aa  225  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0220  2'-5' RNA ligase  62.64 
 
 		 176 aa  225  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  36.84 
 
 		 174 aa  94.7  6e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0487  2'-5' RNA ligase  33.72 
 
 		 176 aa  92.8  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27110  2'-5' RNA ligase  42.11 
 
 		 182 aa  88.2  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1286  2'-5' RNA ligase  36.42 
 
 		 188 aa  87.4  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.757621  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23030  2-5 RNA ligase protein  39.77 
 
 		 176 aa  85.9  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2116  2',5' RNA ligase  34.66 
 
 		 179 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.529013  normal  0.178928 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0923  2',5' RNA ligase  34.09 
 
 		 177 aa  82  0.000000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2563  2'-5' RNA ligase  36.69 
 
 		 181 aa  80.9  0.000000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043811  hitchhiker  0.0000000000000955583 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1760  2'-5' RNA ligase  31.07 
 
 		 174 aa  80.9  0.00000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.907021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  35.16 
 
 		 186 aa  79.7  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3075  2'-5' RNA ligase  34.1 
 
 		 181 aa  79.3  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2974  putative 2'-5' RNA ligase  33.71 
 
 		 175 aa  78.6  0.00000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00469  2,5 RNA ligase  31.62 
 
 		 217 aa  76.6  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  31.95 
 
 		 186 aa  74.7  0.0000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0847  2'-5' RNA ligase  34.86 
 
 		 173 aa  72.8  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0724174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0703  2'-5' RNA ligase  31.58 
 
 		 173 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  34.1 
 
 		 176 aa  70.9  0.000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1005  2',5' RNA ligase  32.95 
 
 		 183 aa  69.3  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0968272  normal  0.0378462 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1636  2'-5' RNA ligase  31.09 
 
 		 195 aa  69.7  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  30.48 
 
 		 190 aa  69.7  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  34.81 
 
 		 187 aa  68.9  0.00000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  34.81 
 
 		 187 aa  68.9  0.00000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3271  2'-5' RNA ligase  33.76 
 
 		 181 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1161  2'-5' RNA ligase  34.3 
 
 		 174 aa  68.9  0.00000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.274053  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0369  2'-5' RNA ligase  29.05 
 
 		 187 aa  68.2  0.00000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.863227  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2424  2'-5' RNA ligase  32.28 
 
 		 181 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  34.81 
 
 		 190 aa  67  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  32.06 
 
 		 195 aa  67  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  39.84 
 
 		 184 aa  65.9  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  32.85 
 
 		 184 aa  64.7  0.0000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2064  2'-5' RNA ligase  31.65 
 
 		 181 aa  64.7  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1781  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 180 aa  64.7  0.0000000006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  30.49 
 
 		 184 aa  64.3  0.0000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  35.94 
 
 		 182 aa  63.2  0.000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0580  2'-5' RNA ligase  29.73 
 
 		 181 aa  60.5  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  26.74 
 
 		 189 aa  60.1  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3896  2'-5' RNA ligase  33.14 
 
 		 224 aa  60.5  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0415456  normal  0.638884 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0627  putative 2'-5' RNA ligase  31.13 
 
 		 185 aa  59.7  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2912  2'-5' RNA ligase  31.69 
 
 		 179 aa  60.1  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3745  2'-5' RNA ligase  28.4 
 
 		 181 aa  59.7  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.877647  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0512  2'-5' RNA ligase  33.73 
 
 		 182 aa  58.9  0.00000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504657 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3688  2'-5' RNA ligase  28.4 
 
 		 181 aa  58.5  0.00000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  32.19 
 
 		 188 aa  58.2  0.00000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3167  2',5' RNA ligase  29.84 
 
 		 212 aa  57.8  0.00000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.592975  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3410  2'-5' RNA ligase  29.68 
 
 		 190 aa  58.2  0.00000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0816673  normal  0.509514 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  25.45 
 
 		 194 aa  57.8  0.00000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  28.89 
 
 		 179 aa  57.4  0.00000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  26.15 
 
 		 189 aa  57  0.0000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3871  2'-5' RNA ligase  29.05 
 
 		 181 aa  57  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0606151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  31.15 
 
 		 182 aa  57  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6095  2',5' RNA ligase  29.44 
 
 		 207 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0652023  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0571  2'-5' RNA ligase  27.73 
 
 		 187 aa  56.6  0.0000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.223285  hitchhiker  0.00111432 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 194 aa  55.8  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0760  2'-5' RNA ligase  31.98 
 
 		 182 aa  55.1  0.0000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2137  2',5' RNA ligase  36 
 
 		 220 aa  55.1  0.0000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02479  3'-5' RNA ligase  24.85 
 
 		 173 aa  55.1  0.0000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0620  2'-5' RNA ligase  31.21 
 
 		 190 aa  54.7  0.0000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.5382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1982  2'-5' RNA ligase  28.89 
 
 		 207 aa  55.1  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0619  2'-5' RNA ligase  36.45 
 
 		 190 aa  54.7  0.0000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000149987  normal  0.458394 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  28.74 
 
 		 184 aa  54.3  0.0000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  29.05 
 
 		 183 aa  54.3  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  31.82 
 
 		 195 aa  54.3  0.0000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3366  2'-5' RNA ligase  31.25 
 
 		 184 aa  54.3  0.0000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0243  2',5' RNA ligase  30.05 
 
 		 182 aa  53.5  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.938124  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2337  Phosphoesterase HXTX  29.67 
 
 		 201 aa  53.9  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.714494 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  34.04 
 
 		 189 aa  53.5  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0973  2'-5' RNA ligase  32.84 
 
 		 194 aa  53.5  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15722  hitchhiker  0.0000262624 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2006  2'-5' RNA ligase  27.68 
 
 		 207 aa  52.4  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  30.3 
 
 		 197 aa  52.4  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  30.3 
 
 		 197 aa  52.8  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2011  2'-5' RNA ligase  27.82 
 
 		 194 aa  52  0.000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1975  2',5' RNA ligase  28.48 
 
 		 193 aa  52  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0746  2'-5' RNA ligase  27.75 
 
 		 170 aa  51.6  0.000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.836735  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1029  2'-5' RNA ligase  30.65 
 
 		 197 aa  51.6  0.000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  26.21 
 
 		 181 aa  51.6  0.000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0994  2'-5' RNA ligase  25 
 
 		 174 aa  51.2  0.000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.657287  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3716  2'-5' RNA ligase  32.85 
 
 		 200 aa  51.2  0.000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.784361  hitchhiker  0.00258994 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>