218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_3730 on replicon NC_011369
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 197 aa  400  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  97.46 
 
 		 197 aa  391  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  82.45 
 
 		 195 aa  324  5e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4176  2'-5' RNA ligase  83.87 
 
 		 195 aa  307  6.999999999999999e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0620865  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0081  2'-5' RNA ligase  68.37 
 
 		 196 aa  256  1e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.589946  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0084  hypothetical protein  68.37 
 
 		 196 aa  256  2e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.514694  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0096  2'-5' RNA ligase  66.33 
 
 		 196 aa  252  2.0000000000000002e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  70.45 
 
 		 199 aa  243  9.999999999999999e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  58.52 
 
 		 178 aa  205  3e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  57.95 
 
 		 178 aa  204  6e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  57.95 
 
 		 178 aa  203  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0390  putative 2'-5' RNA ligase  56.25 
 
 		 179 aa  203  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117956  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0283  2',5' RNA ligase  56.25 
 
 		 188 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0277228 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0832  2'-5' RNA ligase  56.82 
 
 		 177 aa  199  1.9999999999999998e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.658836  normal  0.059604 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  55.68 
 
 		 178 aa  198  3.9999999999999996e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  56.42 
 
 		 179 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  53.98 
 
 		 177 aa  195  4.0000000000000005e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0408  2'-5' RNA ligase  56.82 
 
 		 176 aa  176  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.328982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5472  2'-5' RNA ligase  53.37 
 
 		 180 aa  175  4e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1775  2'-5' RNA ligase  50.56 
 
 		 179 aa  174  9e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4476  2'-5' RNA ligase  50.56 
 
 		 191 aa  161  7e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  45.14 
 
 		 183 aa  158  4e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3995  2'-5' RNA ligase  47.8 
 
 		 188 aa  157  9e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0173651  normal  0.591095 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  44.38 
 
 		 179 aa  156  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4364  2'-5' RNA ligase  46.7 
 
 		 188 aa  154  6e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  40.22 
 
 		 184 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  39.15 
 
 		 184 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4995  2'-5' RNA ligase  39.55 
 
 		 178 aa  125  5e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2912  2'-5' RNA ligase  39.43 
 
 		 179 aa  121  8e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  36.57 
 
 		 184 aa  115  6e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  34.25 
 
 		 199 aa  106  3e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  33.53 
 
 		 179 aa  103  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 182 aa  103  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  34.83 
 
 		 182 aa  101  7e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0814  2',5' RNA ligase  35.2 
 
 		 204 aa  99.8  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429947  hitchhiker  0.00104301 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  29.03 
 
 		 186 aa  100  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  35.59 
 
 		 179 aa  97.8  1e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  32.96 
 
 		 184 aa  96.7  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  32.96 
 
 		 184 aa  97.1  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  38.58 
 
 		 177 aa  96.3  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  31.75 
 
 		 193 aa  95.9  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  34.22 
 
 		 194 aa  94.4  1e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5914  2,5 RNA ligase  34.64 
 
 		 188 aa  92  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.720477 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  33.88 
 
 		 183 aa  91.3  7e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  32 
 
 		 183 aa  86.3  2e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4534  2'-5' RNA ligase  32.82 
 
 		 181 aa  87  2e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  30.98 
 
 		 189 aa  85.1  5e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  30.54 
 
 		 184 aa  82.4  0.000000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3366  2'-5' RNA ligase  33.59 
 
 		 184 aa  81.6  0.000000000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  28.81 
 
 		 178 aa  80.9  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4598  2'-5' RNA ligase family protein  33.08 
 
 		 181 aa  77.8  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4435  2'-5' RNA ligase  33.08 
 
 		 181 aa  77.8  0.0000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4453  2'-5' RNA ligase  33.08 
 
 		 181 aa  77.4  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4955  2'-5' RNA ligase family protein  33.08 
 
 		 181 aa  77.8  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4820  putative 2'-5' RNA ligase family protein  33.08 
 
 		 181 aa  77.8  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  30 
 
 		 193 aa  75.9  0.0000000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2754  2'-5' RNA ligase  29.63 
 
 		 184 aa  75.5  0.0000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4845  2'-5' RNA ligase  31.5 
 
 		 181 aa  75.1  0.0000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0421  putative 2'-5' RNA ligase family protein  32.28 
 
 		 181 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0674  2'-5' RNA ligase  30.63 
 
 		 177 aa  74.3  0.000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  28.76 
 
 		 193 aa  74.3  0.000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4815  putative 2'-5' RNA ligase family protein  32.28 
 
 		 181 aa  73.2  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.797227  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0261  2'-5' RNA ligase  33.75 
 
 		 179 aa  72.4  0.000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00684061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4838  putative 2'-5' RNA ligase family protein  30.71 
 
 		 181 aa  72.4  0.000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1002  2'-5' RNA ligase  30.05 
 
 		 185 aa  72  0.000000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  31.34 
 
 		 188 aa  70.5  0.00000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3040  2'-5' RNA ligase  29.11 
 
 		 189 aa  70.9  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.308422 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  31.58 
 
 		 190 aa  70.9  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0369  2'-5' RNA ligase  35 
 
 		 187 aa  70.9  0.00000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.863227  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  30.05 
 
 		 187 aa  71.2  0.00000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  29.51 
 
 		 187 aa  70.5  0.00000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  30.08 
 
 		 181 aa  68.9  0.00000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4176  2'-5' RNA ligase  32.85 
 
 		 196 aa  68.9  0.00000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.15981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1781  2'-5' RNA ligase  27.62 
 
 		 180 aa  68.6  0.00000000005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0231  2'-5' RNA ligase  31.15 
 
 		 185 aa  68.6  0.00000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0973  2'-5' RNA ligase  29.32 
 
 		 194 aa  68.6  0.00000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15722  hitchhiker  0.0000262624 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  28.57 
 
 		 193 aa  66.6  0.0000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0322  2'-5' RNA ligase  30.53 
 
 		 179 aa  66.6  0.0000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1736  2'-5' RNA ligase  32.48 
 
 		 186 aa  65.5  0.0000000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.556008 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0679  2'-5' RNA ligase  30.47 
 
 		 192 aa  65.5  0.0000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2011  2'-5' RNA ligase  24.43 
 
 		 194 aa  65.5  0.0000000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02479  3'-5' RNA ligase  28.26 
 
 		 173 aa  65.5  0.0000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1825  2'-5' RNA ligase  31.03 
 
 		 187 aa  65.5  0.0000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1286  2'-5' RNA ligase  31.11 
 
 		 188 aa  65.5  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.757621  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0571  2'-5' RNA ligase  29.71 
 
 		 187 aa  65.1  0.0000000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.223285  hitchhiker  0.00111432 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  33.09 
 
 		 189 aa  65.1  0.0000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0243  2',5' RNA ligase  28.8 
 
 		 182 aa  64.3  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.938124  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  26.92 
 
 		 182 aa  63.9  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  26.04 
 
 		 183 aa  63.9  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2282  2'-5' RNA ligase  28.24 
 
 		 188 aa  63.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216572  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0280  2'-5' RNA ligase  28.91 
 
 		 174 aa  63.5  0.000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2724  2'-5' RNA ligase  31.45 
 
 		 190 aa  63.9  0.000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0488  2'-5' RNA ligase  30.18 
 
 		 195 aa  63.5  0.000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1388  2',5' RNA ligase  32.58 
 
 		 183 aa  63.2  0.000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.482192  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1760  2'-5' RNA ligase  27.42 
 
 		 174 aa  62.8  0.000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.907021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3716  2'-5' RNA ligase  31.58 
 
 		 200 aa  63.2  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.784361  hitchhiker  0.00258994 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  31.71 
 
 		 186 aa  62.8  0.000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1002  2'-5' RNA ligase  27.56 
 
 		 176 aa  62.8  0.000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000523375  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  29.87 
 
 		 189 aa  62  0.000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0528  2',5' RNA ligase  28.46 
 
 		 178 aa  62  0.000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>