158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_1286 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011901  Tgr7_1286  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 188 aa  375  1e-103  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.757621  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0923  2',5' RNA ligase  35.71 
 
 		 177 aa  102  3e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0205  2'-5' RNA ligase  40 
 
 		 176 aa  102  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0222  2'-5' RNA ligase  40 
 
 		 176 aa  102  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.367161  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0220  2'-5' RNA ligase  40 
 
 		 176 aa  102  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0204  2'-5' RNA ligase  40 
 
 		 176 aa  101  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0216  2'-5' RNA ligase  39.43 
 
 		 176 aa  99.8  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3983  2'-5' RNA ligase  38.86 
 
 		 180 aa  96.3  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000701591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  39.64 
 
 		 186 aa  95.5  4e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1002  2'-5' RNA ligase  37.02 
 
 		 191 aa  95.1  5e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.018778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3336  2'-5' RNA ligase  37.02 
 
 		 191 aa  94.7  7e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00058753  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3466  2'-5' RNA ligase  37.02 
 
 		 191 aa  94.7  7e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3512  2'-5' RNA ligase  38.86 
 
 		 176 aa  92.8  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0807667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0687  2'-5' RNA ligase  35.75 
 
 		 184 aa  91.3  8e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  normal  0.60336 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00146  2'-5' RNA ligase  38.29 
 
 		 176 aa  90.9  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00154345  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3455  2'-5' RNA ligase  38.29 
 
 		 176 aa  90.5  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00917798  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00145  hypothetical protein  38.29 
 
 		 176 aa  90.9  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00128631  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0847  2'-5' RNA ligase  40.96 
 
 		 173 aa  90.9  1e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0724174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0138  2'-5' RNA ligase  38.29 
 
 		 176 aa  90.5  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0169609  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0150  2'-5' RNA ligase  38.29 
 
 		 176 aa  90.5  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000345552  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0151  2'-5' RNA ligase  38.29 
 
 		 176 aa  90.5  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000646366  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0158  2'-5' RNA ligase  38.29 
 
 		 176 aa  90.5  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0758236  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0156  2'-5' RNA ligase  38.29 
 
 		 176 aa  90.1  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.177994  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3112  2'-5' RNA ligase  36.42 
 
 		 176 aa  87.4  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1975  2',5' RNA ligase  36.36 
 
 		 193 aa  85.9  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0512  2'-5' RNA ligase  43.65 
 
 		 182 aa  85.9  3e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504657 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2817  2'-5' RNA ligase  40.77 
 
 		 176 aa  84  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.433451  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1166  2'-5' RNA ligase  36.09 
 
 		 176 aa  82.8  0.000000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.280308  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23030  2-5 RNA ligase protein  37.35 
 
 		 176 aa  79.7  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3075  2'-5' RNA ligase  37.5 
 
 		 181 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1034  2'-5' RNA ligase  36.26 
 
 		 177 aa  79.3  0.00000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.427005  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1005  2',5' RNA ligase  37.64 
 
 		 183 aa  78.6  0.00000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0968272  normal  0.0378462 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  40.94 
 
 		 199 aa  76.6  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  33.74 
 
 		 195 aa  75.5  0.0000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3271  2'-5' RNA ligase  36.84 
 
 		 181 aa  74.7  0.0000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2116  2',5' RNA ligase  36.63 
 
 		 179 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.529013  normal  0.178928 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2064  2'-5' RNA ligase  37.28 
 
 		 181 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2563  2'-5' RNA ligase  35 
 
 		 181 aa  72.8  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043811  hitchhiker  0.0000000000000955583 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2842  2',5' RNA ligase  33.33 
 
 		 180 aa  72.4  0.000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  35.47 
 
 		 174 aa  71.2  0.000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27110  2'-5' RNA ligase  36.63 
 
 		 182 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2424  2'-5' RNA ligase  35.71 
 
 		 181 aa  68.6  0.00000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  42.52 
 
 		 186 aa  68.6  0.00000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1939  2'-5' RNA ligase  27.61 
 
 		 181 aa  67.8  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.33767  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  33.89 
 
 		 189 aa  66.2  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1635  2'-5' RNA ligase  31.76 
 
 		 170 aa  66.2  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.44124  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  31.11 
 
 		 197 aa  65.9  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  31.11 
 
 		 197 aa  65.5  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1161  2'-5' RNA ligase  41.83 
 
 		 174 aa  65.1  0.0000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.274053  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0487  2'-5' RNA ligase  28.4 
 
 		 176 aa  63.2  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00469  2,5 RNA ligase  29.2 
 
 		 217 aa  62.8  0.000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02479  3'-5' RNA ligase  30.37 
 
 		 173 aa  62.4  0.000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  36.22 
 
 		 184 aa  61.6  0.000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  32.77 
 
 		 178 aa  61.6  0.000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  37.01 
 
 		 184 aa  59.7  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  34.65 
 
 		 182 aa  60.1  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  35.1 
 
 		 190 aa  59.3  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5848  2'-5' RNA ligase  34.08 
 
 		 176 aa  58.5  0.00000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1946  2',5' RNA ligase  29.7 
 
 		 166 aa  57.4  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4176  2'-5' RNA ligase  32.73 
 
 		 195 aa  57.8  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0620865  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  27.07 
 
 		 182 aa  57.8  0.0000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  30.41 
 
 		 193 aa  55.8  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  30.9 
 
 		 178 aa  56.2  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  34.85 
 
 		 190 aa  56.2  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1760  2'-5' RNA ligase  32.19 
 
 		 174 aa  56.2  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.907021  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 177 aa  55.5  0.0000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  31.15 
 
 		 189 aa  55.1  0.0000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  34.65 
 
 		 184 aa  55.1  0.0000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3287  2'-5' RNA ligase  38.25 
 
 		 184 aa  54.7  0.0000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.246816 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0528  2',5' RNA ligase  31.49 
 
 		 178 aa  53.9  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0703  2'-5' RNA ligase  26.79 
 
 		 173 aa  53.9  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2137  2',5' RNA ligase  32.22 
 
 		 220 aa  53.1  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3055  2',5' RNA ligase  33.89 
 
 		 180 aa  53.1  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  30.26 
 
 		 199 aa  53.5  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  31.85 
 
 		 195 aa  53.1  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0096  2'-5' RNA ligase  29.61 
 
 		 196 aa  53.5  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  32.54 
 
 		 183 aa  53.1  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1002  2'-5' RNA ligase  29.55 
 
 		 176 aa  53.1  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000523375  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0084  hypothetical protein  29.22 
 
 		 196 aa  52.8  0.000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.514694  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3040  2'-5' RNA ligase  30.43 
 
 		 189 aa  52.8  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.308422 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  28.92 
 
 		 178 aa  52.8  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01767  2'-5' RNA ligase  32.57 
 
 		 200 aa  52.4  0.000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.680529  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  29.55 
 
 		 178 aa  52.4  0.000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0746  2'-5' RNA ligase  31.64 
 
 		 170 aa  52.4  0.000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.836735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6095  2',5' RNA ligase  29.94 
 
 		 207 aa  52  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0652023  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  34.65 
 
 		 182 aa  51.6  0.000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3716  2'-5' RNA ligase  31.47 
 
 		 200 aa  51.6  0.000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.784361  hitchhiker  0.00258994 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  32.02 
 
 		 177 aa  51.2  0.000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1982  2'-5' RNA ligase  29.38 
 
 		 207 aa  50.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1290  2'-5' RNA ligase  32.09 
 
 		 195 aa  51.2  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.334257 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1781  2'-5' RNA ligase  24.81 
 
 		 180 aa  50.8  0.00001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2912  2'-5' RNA ligase  31.32 
 
 		 179 aa  50.1  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0973  2'-5' RNA ligase  33.09 
 
 		 194 aa  50.4  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15722  hitchhiker  0.0000262624 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2974  putative 2'-5' RNA ligase  28.41 
 
 		 175 aa  50.4  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1628  2'-5' RNA ligase  38.51 
 
 		 222 aa  50.1  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.709746 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  28.32 
 
 		 176 aa  50.1  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0081  2'-5' RNA ligase  28.57 
 
 		 196 aa  50.1  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.589946  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2754  2'-5' RNA ligase  29.71 
 
 		 184 aa  50.1  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2006  2'-5' RNA ligase  29.61 
 
 		 207 aa  50.1  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  29.41 
 
 		 184 aa  49.7  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>