224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_3055 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_3055  2',5' RNA ligase  100 
 
 		 180 aa  344  4e-94  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2529  2'-5' RNA ligase  37.82 
 
 		 190 aa  119  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  36.41 
 
 		 193 aa  112  3e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1266  2'-5' RNA ligase  37.78 
 
 		 193 aa  109  2.0000000000000002e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0332104  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  38.04 
 
 		 184 aa  106  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4176  2'-5' RNA ligase  46.26 
 
 		 196 aa  105  5e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.15981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2282  2'-5' RNA ligase  35.56 
 
 		 188 aa  102  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216572  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  30.6 
 
 		 189 aa  103  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  35.33 
 
 		 193 aa  100  1e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1634  2'-5' RNA ligase  29.12 
 
 		 174 aa  99.8  2e-20  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.108546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0994  2'-5' RNA ligase  28.42 
 
 		 174 aa  98.6  4e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.657287  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0674  2'-5' RNA ligase  37.43 
 
 		 177 aa  98.2  5e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  39.29 
 
 		 194 aa  97.8  6e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1484  2'-5' RNA ligase  26.06 
 
 		 173 aa  98.2  6e-20  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  36.42 
 
 		 182 aa  97.8  7e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  34.78 
 
 		 193 aa  97.4  9e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0280  2'-5' RNA ligase  28.33 
 
 		 174 aa  96.7  2e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2404  2'-5' RNA ligase  39.55 
 
 		 192 aa  95.9  3e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  37.93 
 
 		 184 aa  94  9e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  36.93 
 
 		 194 aa  94  1e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5904  2'-5' RNA ligase  48.74 
 
 		 298 aa  94  1e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.230551  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0461  2'-5' RNA ligase  40.79 
 
 		 195 aa  94  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3716  2'-5' RNA ligase  36.22 
 
 		 200 aa  92.8  2e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.784361  hitchhiker  0.00258994 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  36.22 
 
 		 190 aa  92.8  3e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0111  2'-5' RNA ligase  39.47 
 
 		 190 aa  92.4  3e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  37.88 
 
 		 189 aa  92  4e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1781  2'-5' RNA ligase  32.6 
 
 		 180 aa  92  4e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1388  2',5' RNA ligase  32.78 
 
 		 183 aa  91.3  7e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.482192  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  31.82 
 
 		 189 aa  91.3  8e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3539  2'-5' RNA ligase  36.02 
 
 		 201 aa  90.9  9e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.146255 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1256  putative integral membrane transport protein  34.59 
 
 		 190 aa  90.9  9e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00112331  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  41.4 
 
 		 183 aa  90.1  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3287  2'-5' RNA ligase  35.79 
 
 		 184 aa  89.7  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.246816 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  36.87 
 
 		 181 aa  89.7  2e-17  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  37.21 
 
 		 184 aa  89  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  34.85 
 
 		 182 aa  89  4e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  37.02 
 
 		 186 aa  89  4e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1785  2'-5' RNA ligase  34.64 
 
 		 180 aa  88.6  4e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0488  2'-5' RNA ligase  36.32 
 
 		 195 aa  88.6  5e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3960  2',5' RNA ligase  41.67 
 
 		 194 aa  88.2  5e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.250579  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  36.11 
 
 		 186 aa  88.2  6e-17  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  37.29 
 
 		 188 aa  87  1e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4103  2'-5' RNA ligase  41.03 
 
 		 194 aa  87  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4070  2'-5' RNA ligase  41.03 
 
 		 194 aa  87  1e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0369  2'-5' RNA ligase  33.7 
 
 		 187 aa  87  1e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.863227  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0571  2'-5' RNA ligase  38.24 
 
 		 187 aa  87  1e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.223285  hitchhiker  0.00111432 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  42.75 
 
 		 179 aa  86.3  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  36.07 
 
 		 179 aa  86.3  2e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  36.63 
 
 		 184 aa  86.7  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0322  2'-5' RNA ligase  36.36 
 
 		 179 aa  86.3  2e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2724  2'-5' RNA ligase  36.36 
 
 		 190 aa  86.3  2e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8886  2'-5' RNA ligase  37.43 
 
 		 190 aa  85.1  5e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.979447  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1962  2'-5' RNA ligase  31.35 
 
 		 186 aa  84.7  6e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000287299  normal  0.896193 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  32.6 
 
 		 187 aa  84  0.000000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1327  2'-5' RNA ligase  32 
 
 		 171 aa  84  0.000000000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.243857  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2011  2'-5' RNA ligase  27.57 
 
 		 194 aa  82.8  0.000000000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0243  2',5' RNA ligase  37.21 
 
 		 182 aa  83.2  0.000000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.938124  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  31.35 
 
 		 183 aa  82.8  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0012  2'-5' RNA ligase  35.56 
 
 		 179 aa  82.4  0.000000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0833472 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1078  2',5' RNA ligase  40.74 
 
 		 185 aa  82.4  0.000000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  32.6 
 
 		 187 aa  82.4  0.000000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1580  2'-5' RNA ligase  29.61 
 
 		 181 aa  81.6  0.000000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1707  2'-5' RNA ligase  35.71 
 
 		 183 aa  80.5  0.00000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.553995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1636  2'-5' RNA ligase  27.13 
 
 		 195 aa  79.3  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3040  2'-5' RNA ligase  30.39 
 
 		 189 aa  79  0.00000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.308422 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0987  2'-5' RNA ligase  27.27 
 
 		 171 aa  78.6  0.00000000000005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0381875  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0231  2'-5' RNA ligase  30.98 
 
 		 185 aa  78.2  0.00000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  40.46 
 
 		 178 aa  77.8  0.00000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1825  2'-5' RNA ligase  35.34 
 
 		 187 aa  77  0.0000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1736  2'-5' RNA ligase  32.97 
 
 		 186 aa  77  0.0000000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.556008 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0172  2'-5' RNA ligase  29.45 
 
 		 182 aa  76.6  0.0000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  39.25 
 
 		 184 aa  75.9  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2055  2'-5' RNA ligase  33.7 
 
 		 184 aa  75.9  0.0000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.180735  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  35.29 
 
 		 177 aa  75.9  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2412  hypothetical protein  30 
 
 		 187 aa  75.1  0.0000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1741  2'-5' RNA ligase  32.26 
 
 		 187 aa  75.5  0.0000000000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.000285675 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  38.93 
 
 		 178 aa  74.3  0.0000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  37.84 
 
 		 184 aa  74.3  0.0000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1290  2'-5' RNA ligase  31.61 
 
 		 190 aa  74.3  0.0000000000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.189928  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3366  2'-5' RNA ligase  30.17 
 
 		 184 aa  74.3  0.0000000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8791  2'-5' RNA ligase  38.03 
 
 		 215 aa  73.9  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.825967 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  38.64 
 
 		 179 aa  73.9  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0923  2',5' RNA ligase  33.88 
 
 		 177 aa  73.6  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0973  2'-5' RNA ligase  41.35 
 
 		 194 aa  73.9  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15722  hitchhiker  0.0000262624 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0528  2',5' RNA ligase  38.04 
 
 		 178 aa  73.9  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  33.51 
 
 		 189 aa  73.6  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1002  2'-5' RNA ligase  30.46 
 
 		 185 aa  73.9  0.000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  38.17 
 
 		 178 aa  73.2  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  39.69 
 
 		 178 aa  72.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1659  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 192 aa  72.8  0.000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000321406  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  30.56 
 
 		 178 aa  72.8  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0273  2'-5' RNA ligase  34.04 
 
 		 188 aa  72.8  0.000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0869  2'-5' RNA ligase  32.97 
 
 		 184 aa  72.4  0.000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1166  2'-5' RNA ligase  32.97 
 
 		 184 aa  72.4  0.000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  34.24 
 
 		 199 aa  72.4  0.000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4815  putative 2'-5' RNA ligase family protein  30.56 
 
 		 181 aa  72  0.000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.797227  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1647  2'-5' RNA ligase  31.06 
 
 		 183 aa  71.6  0.000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2556  hypothetical protein  27.78 
 
 		 187 aa  70.9  0.000000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4845  2'-5' RNA ligase  30.12 
 
 		 181 aa  70.5  0.00000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  39.69 
 
 		 182 aa  70.9  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>