228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Csal_3240 on replicon NC_007963
Organism: Chromohalobacter salexigens DSM 3043



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  100 
 
 		 174 aa  349  8.999999999999999e-96  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  41.07 
 
 		 186 aa  106  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1975  2',5' RNA ligase  38.6 
 
 		 193 aa  96.3  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3112  2'-5' RNA ligase  36.84 
 
 		 176 aa  94.7  6e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  37.11 
 
 		 190 aa  94.4  8e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0847  2'-5' RNA ligase  36.99 
 
 		 173 aa  91.7  5e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0724174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1005  2',5' RNA ligase  37.35 
 
 		 183 aa  91.3  7e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0968272  normal  0.0378462 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1034  2'-5' RNA ligase  35.09 
 
 		 177 aa  90.9  8e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.427005  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3983  2'-5' RNA ligase  36.63 
 
 		 180 aa  89.7  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000701591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1166  2'-5' RNA ligase  36.63 
 
 		 176 aa  89.7  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.280308  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2817  2'-5' RNA ligase  36.09 
 
 		 176 aa  86.3  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.433451  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  32.34 
 
 		 195 aa  84.7  6e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0487  2'-5' RNA ligase  34.36 
 
 		 176 aa  84  0.000000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02479  3'-5' RNA ligase  32.76 
 
 		 173 aa  82.8  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  35.16 
 
 		 189 aa  75.9  0.0000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0923  2',5' RNA ligase  30.72 
 
 		 177 aa  75.1  0.0000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0512  2'-5' RNA ligase  38.95 
 
 		 182 aa  74.7  0.0000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504657 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0687  2'-5' RNA ligase  32.95 
 
 		 184 aa  72.8  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  normal  0.60336 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3336  2'-5' RNA ligase  32.53 
 
 		 191 aa  71.2  0.000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00058753  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3466  2'-5' RNA ligase  32.53 
 
 		 191 aa  71.2  0.000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1286  2'-5' RNA ligase  35.47 
 
 		 188 aa  71.2  0.000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.757621  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1002  2'-5' RNA ligase  32.53 
 
 		 191 aa  70.9  0.000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.018778  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2424  2'-5' RNA ligase  39.06 
 
 		 181 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  28.25 
 
 		 187 aa  68.2  0.00000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2064  2'-5' RNA ligase  39.06 
 
 		 181 aa  68.6  0.00000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  28.81 
 
 		 187 aa  68.6  0.00000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3271  2'-5' RNA ligase  38.28 
 
 		 181 aa  68.2  0.00000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2116  2',5' RNA ligase  33.93 
 
 		 179 aa  68.2  0.00000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.529013  normal  0.178928 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  32.37 
 
 		 176 aa  67.8  0.00000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1939  2'-5' RNA ligase  30.3 
 
 		 181 aa  66.6  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.33767  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0156  2'-5' RNA ligase  32.37 
 
 		 176 aa  66.2  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.177994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  33.15 
 
 		 177 aa  66.2  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3512  2'-5' RNA ligase  31.79 
 
 		 176 aa  65.5  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0807667  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00146  2'-5' RNA ligase  31.79 
 
 		 176 aa  65.5  0.0000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00154345  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00145  hypothetical protein  31.79 
 
 		 176 aa  65.5  0.0000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00128631  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0158  2'-5' RNA ligase  31.79 
 
 		 176 aa  65.1  0.0000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0758236  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0216  2'-5' RNA ligase  32.95 
 
 		 176 aa  64.7  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3455  2'-5' RNA ligase  31.79 
 
 		 176 aa  64.7  0.0000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00917798  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0138  2'-5' RNA ligase  31.79 
 
 		 176 aa  64.7  0.0000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0169609  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0150  2'-5' RNA ligase  31.79 
 
 		 176 aa  64.7  0.0000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000345552  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0205  2'-5' RNA ligase  32.95 
 
 		 176 aa  64.3  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0151  2'-5' RNA ligase  31.79 
 
 		 176 aa  64.7  0.0000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000646366  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0204  2'-5' RNA ligase  32.95 
 
 		 176 aa  64.3  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0220  2'-5' RNA ligase  32.95 
 
 		 176 aa  64.3  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0222  2'-5' RNA ligase  32.95 
 
 		 176 aa  64.3  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.367161  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1002  2'-5' RNA ligase  29.35 
 
 		 185 aa  63.5  0.000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23030  2-5 RNA ligase protein  33.54 
 
 		 176 aa  63.5  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  29.17 
 
 		 193 aa  63.2  0.000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  29.93 
 
 		 193 aa  63.2  0.000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0814  2',5' RNA ligase  31.49 
 
 		 204 aa  62.8  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429947  hitchhiker  0.00104301 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2786  2'-5' RNA ligase  32.18 
 
 		 214 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  35.66 
 
 		 186 aa  63.2  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0746  2'-5' RNA ligase  34.32 
 
 		 170 aa  63.2  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.836735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3960  2',5' RNA ligase  36.22 
 
 		 194 aa  62.4  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.250579  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0231  2'-5' RNA ligase  30.65 
 
 		 185 aa  62  0.000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2974  putative 2'-5' RNA ligase  28.82 
 
 		 175 aa  61.6  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3075  2'-5' RNA ligase  34.81 
 
 		 181 aa  61.6  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0528  2',5' RNA ligase  33.77 
 
 		 178 aa  61.2  0.000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  26.78 
 
 		 189 aa  60.8  0.000000009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  36.46 
 
 		 184 aa  60.5  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1825  2'-5' RNA ligase  30.67 
 
 		 187 aa  60.5  0.00000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  37.76 
 
 		 199 aa  60.5  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0326  2'-5' RNA ligase  35.43 
 
 		 182 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27110  2'-5' RNA ligase  35.16 
 
 		 182 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  28 
 
 		 181 aa  60.1  0.00000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2732  hypothetical protein  33.52 
 
 		 186 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  36.64 
 
 		 197 aa  59.7  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2724  2'-5' RNA ligase  31.55 
 
 		 190 aa  59.7  0.00000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0987  2'-5' RNA ligase  23.86 
 
 		 171 aa  60.1  0.00000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0381875  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  36.64 
 
 		 197 aa  60.1  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3219  hypothetical protein  33.52 
 
 		 186 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1161  2'-5' RNA ligase  36.14 
 
 		 174 aa  59.7  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.274053  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1770  hypothetical protein  33.52 
 
 		 186 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3686  2'-5' RNA ligase  33.52 
 
 		 186 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2784  2'-5' RNA ligase  33.52 
 
 		 186 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  32.12 
 
 		 182 aa  59.7  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  31.58 
 
 		 186 aa  58.9  0.00000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3503  2',5' RNA ligase  32.22 
 
 		 192 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.968383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2842  2',5' RNA ligase  34.35 
 
 		 180 aa  58.5  0.00000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2563  2'-5' RNA ligase  34.55 
 
 		 181 aa  58.5  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043811  hitchhiker  0.0000000000000955583 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1238  2'-5' RNA ligase  28.42 
 
 		 186 aa  58.2  0.00000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  32.89 
 
 		 178 aa  58.2  0.00000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3712  2'-5' RNA ligase  32.97 
 
 		 186 aa  58.5  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1946  2',5' RNA ligase  31.58 
 
 		 166 aa  58.2  0.00000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4476  2'-5' RNA ligase  40.16 
 
 		 191 aa  58.2  0.00000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0832  2'-5' RNA ligase  33.95 
 
 		 177 aa  58.5  0.00000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.658836  normal  0.059604 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0390  putative 2'-5' RNA ligase  32.28 
 
 		 179 aa  58.5  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117956  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  37.5 
 
 		 195 aa  58.2  0.00000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4070  2'-5' RNA ligase  34.59 
 
 		 194 aa  58.2  0.00000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4103  2'-5' RNA ligase  35.14 
 
 		 194 aa  58.2  0.00000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1760  2'-5' RNA ligase  25.71 
 
 		 174 aa  57.8  0.00000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.907021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3743  2'-5' RNA ligase  32.97 
 
 		 186 aa  57.4  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  33.75 
 
 		 178 aa  57  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0461  2'-5' RNA ligase  33.56 
 
 		 195 aa  57  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  32.61 
 
 		 184 aa  57  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  33.09 
 
 		 177 aa  57  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  32.68 
 
 		 178 aa  56.6  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  31.61 
 
 		 178 aa  56.6  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  32.69 
 
 		 193 aa  56.6  0.0000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0703  2'-5' RNA ligase  27.38 
 
 		 173 aa  56.6  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>