137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_0703 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_0703  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 173 aa  356  9e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1760  2'-5' RNA ligase  45.09 
 
 		 174 aa  150  1e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.907021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  46.51 
 
 		 176 aa  138  3.9999999999999997e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2974  putative 2'-5' RNA ligase  43.93 
 
 		 175 aa  137  7e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0580  2'-5' RNA ligase  40.78 
 
 		 181 aa  128  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3745  2'-5' RNA ligase  40.22 
 
 		 181 aa  127  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.877647  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3871  2'-5' RNA ligase  39.11 
 
 		 181 aa  125  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0606151  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3688  2'-5' RNA ligase  40.22 
 
 		 181 aa  124  6e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3794  phosphoesterase HXTX  36.7 
 
 		 199 aa  110  7.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000338063 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3410  2'-5' RNA ligase  40.43 
 
 		 190 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0816673  normal  0.509514 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0619  2'-5' RNA ligase  40.96 
 
 		 190 aa  108  5e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000149987  normal  0.458394 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0620  2'-5' RNA ligase  39.36 
 
 		 190 aa  107  9.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.5382  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0627  putative 2'-5' RNA ligase  38.25 
 
 		 185 aa  105  4e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3167  2',5' RNA ligase  36.08 
 
 		 212 aa  95.9  2e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.592975  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3273  putative 2'-5' RNA ligase  33.72 
 
 		 206 aa  94.4  7e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.543044  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3896  2'-5' RNA ligase  38.46 
 
 		 224 aa  92.4  3e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0415456  normal  0.638884 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00469  2,5 RNA ligase  34.78 
 
 		 217 aa  81.6  0.000000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2817  2'-5' RNA ligase  32.95 
 
 		 176 aa  80.1  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.433451  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2116  2',5' RNA ligase  29.07 
 
 		 179 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.529013  normal  0.178928 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0923  2',5' RNA ligase  26.01 
 
 		 177 aa  75.5  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3983  2'-5' RNA ligase  33.82 
 
 		 180 aa  75.5  0.0000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000701591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3336  2'-5' RNA ligase  30.9 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00058753  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3466  2'-5' RNA ligase  30.9 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3112  2'-5' RNA ligase  31.58 
 
 		 176 aa  73.2  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1002  2'-5' RNA ligase  30.9 
 
 		 191 aa  73.2  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.018778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3075  2'-5' RNA ligase  30.06 
 
 		 181 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1166  2'-5' RNA ligase  30.23 
 
 		 176 aa  72.4  0.000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.280308  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1034  2'-5' RNA ligase  30.51 
 
 		 177 aa  72  0.000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.427005  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3271  2'-5' RNA ligase  31.03 
 
 		 181 aa  71.2  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  33.06 
 
 		 190 aa  70.1  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2424  2'-5' RNA ligase  31.03 
 
 		 181 aa  67.8  0.00000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2064  2'-5' RNA ligase  29.65 
 
 		 181 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0158  2'-5' RNA ligase  28.25 
 
 		 176 aa  65.9  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0758236  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0222  2'-5' RNA ligase  28.25 
 
 		 176 aa  65.1  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.367161  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0205  2'-5' RNA ligase  28.25 
 
 		 176 aa  65.5  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0220  2'-5' RNA ligase  28.25 
 
 		 176 aa  65.1  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0204  2'-5' RNA ligase  28.25 
 
 		 176 aa  64.7  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0216  2'-5' RNA ligase  28.25 
 
 		 176 aa  64.7  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23030  2-5 RNA ligase protein  29.07 
 
 		 176 aa  64.7  0.0000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0487  2'-5' RNA ligase  28.24 
 
 		 176 aa  64.3  0.0000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3455  2'-5' RNA ligase  27.68 
 
 		 176 aa  63.5  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00917798  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0150  2'-5' RNA ligase  27.68 
 
 		 176 aa  63.5  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000345552  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0151  2'-5' RNA ligase  27.68 
 
 		 176 aa  63.5  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000646366  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00146  2'-5' RNA ligase  27.12 
 
 		 176 aa  63.2  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00154345  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00145  hypothetical protein  27.12 
 
 		 176 aa  63.2  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00128631  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0138  2'-5' RNA ligase  27.84 
 
 		 176 aa  63.2  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0169609  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0156  2'-5' RNA ligase  28.16 
 
 		 176 aa  62  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.177994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0528  2',5' RNA ligase  25.84 
 
 		 178 aa  61.6  0.000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0687  2'-5' RNA ligase  29.41 
 
 		 184 aa  61.2  0.000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  normal  0.60336 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27110  2'-5' RNA ligase  30.23 
 
 		 182 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3512  2'-5' RNA ligase  27.12 
 
 		 176 aa  59.7  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0807667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  27.38 
 
 		 174 aa  56.6  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  25.14 
 
 		 184 aa  56.6  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0847  2'-5' RNA ligase  26.14 
 
 		 173 aa  55.8  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0724174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  26.4 
 
 		 186 aa  55.8  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0390  putative 2'-5' RNA ligase  26.4 
 
 		 179 aa  55.8  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117956  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2786  2'-5' RNA ligase  28 
 
 		 214 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  25.14 
 
 		 184 aa  54.7  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  27.78 
 
 		 178 aa  54.7  0.0000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1781  2'-5' RNA ligase  26.72 
 
 		 180 aa  54.7  0.0000006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0832  2'-5' RNA ligase  23.86 
 
 		 177 aa  54.7  0.0000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.658836  normal  0.059604 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  26.67 
 
 		 178 aa  54.7  0.0000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  24.43 
 
 		 178 aa  53.9  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1286  2'-5' RNA ligase  26.79 
 
 		 188 aa  53.9  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.757621  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0408  2'-5' RNA ligase  27.15 
 
 		 176 aa  53.9  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.328982  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1166  2'-5' RNA ligase  26.86 
 
 		 184 aa  53.5  0.000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0869  2'-5' RNA ligase  26.86 
 
 		 184 aa  53.5  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  26.72 
 
 		 184 aa  53.1  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  25 
 
 		 178 aa  52.4  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0571  2'-5' RNA ligase  23.85 
 
 		 187 aa  52.4  0.000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.223285  hitchhiker  0.00111432 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  28.65 
 
 		 178 aa  52.8  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  26.53 
 
 		 187 aa  52.4  0.000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  26.16 
 
 		 179 aa  52.8  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  26.53 
 
 		 187 aa  52  0.000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  24.16 
 
 		 179 aa  51.2  0.000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  21.8 
 
 		 195 aa  50.8  0.000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  23.94 
 
 		 195 aa  50.8  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  24.67 
 
 		 199 aa  50.8  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  25 
 
 		 183 aa  50.1  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0322  2'-5' RNA ligase  29.59 
 
 		 179 aa  49.7  0.00002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2754  2'-5' RNA ligase  31.68 
 
 		 184 aa  49.7  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  19.43 
 
 		 197 aa  49.3  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  22.47 
 
 		 179 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0421  putative 2'-5' RNA ligase family protein  29.63 
 
 		 181 aa  49.3  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  19.43 
 
 		 197 aa  48.9  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4534  2'-5' RNA ligase  31.07 
 
 		 181 aa  47.8  0.00007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  26.32 
 
 		 179 aa  47.8  0.00008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  26.92 
 
 		 186 aa  47.8  0.00009  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  26.19 
 
 		 184 aa  47  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  27.2 
 
 		 182 aa  47.4  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4845  2'-5' RNA ligase  30.07 
 
 		 181 aa  46.2  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0283  2',5' RNA ligase  23.84 
 
 		 188 aa  46.6  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0277228 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2529  2'-5' RNA ligase  24.67 
 
 		 190 aa  46.6  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  23.03 
 
 		 177 aa  46.6  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  24.58 
 
 		 189 aa  46.2  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4815  putative 2'-5' RNA ligase family protein  27.41 
 
 		 181 aa  45.8  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.797227  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0012  2'-5' RNA ligase  25.58 
 
 		 179 aa  45.8  0.0003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0833472 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0512  2'-5' RNA ligase  26.77 
 
 		 182 aa  46.2  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504657 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0369  2'-5' RNA ligase  23.88 
 
 		 187 aa  45.8  0.0003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.863227  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  22.47 
 
 		 193 aa  45.8  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>