200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_0408 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_0408  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 176 aa  355  2.9999999999999997e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.328982  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  63.07 
 
 		 177 aa  226  1e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  62.5 
 
 		 178 aa  221  6e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0832  2'-5' RNA ligase  62.5 
 
 		 177 aa  220  9.999999999999999e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.658836  normal  0.059604 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  62.5 
 
 		 178 aa  219  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0390  putative 2'-5' RNA ligase  63.84 
 
 		 179 aa  219  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117956  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  61.93 
 
 		 178 aa  218  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  60.23 
 
 		 178 aa  211  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  60.45 
 
 		 179 aa  209  1e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0283  2',5' RNA ligase  59.09 
 
 		 188 aa  206  1e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0277228 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1775  2'-5' RNA ligase  59.55 
 
 		 179 aa  200  9.999999999999999e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  57.95 
 
 		 195 aa  199  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  56.82 
 
 		 197 aa  197  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  56.82 
 
 		 197 aa  197  6e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  62.71 
 
 		 199 aa  192  3e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5472  2'-5' RNA ligase  57.87 
 
 		 180 aa  189  1e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0081  2'-5' RNA ligase  58.76 
 
 		 196 aa  180  7e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.589946  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0084  hypothetical protein  58.76 
 
 		 196 aa  180  8.000000000000001e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.514694  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4476  2'-5' RNA ligase  55.31 
 
 		 191 aa  180  1e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0096  2'-5' RNA ligase  57.06 
 
 		 196 aa  177  8e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4176  2'-5' RNA ligase  56.25 
 
 		 195 aa  176  1e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0620865  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3995  2'-5' RNA ligase  54.49 
 
 		 188 aa  175  2e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0173651  normal  0.591095 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  51.12 
 
 		 179 aa  176  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4364  2'-5' RNA ligase  54.49 
 
 		 188 aa  176  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  43.43 
 
 		 183 aa  151  5.9999999999999996e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4995  2'-5' RNA ligase  42.37 
 
 		 178 aa  121  5e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  38.86 
 
 		 184 aa  115  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2912  2'-5' RNA ligase  38.64 
 
 		 179 aa  113  1.0000000000000001e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  40 
 
 		 184 aa  112  2.0000000000000002e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  38.12 
 
 		 184 aa  112  3e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  35.59 
 
 		 182 aa  106  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  37.71 
 
 		 182 aa  106  2e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0814  2',5' RNA ligase  40.34 
 
 		 204 aa  105  3e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429947  hitchhiker  0.00104301 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  36.81 
 
 		 199 aa  97.1  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  35.59 
 
 		 179 aa  96.3  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  36.69 
 
 		 184 aa  96.3  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  36.07 
 
 		 184 aa  91.3  6e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  35.52 
 
 		 184 aa  90.5  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  34.46 
 
 		 179 aa  89  3e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  35.75 
 
 		 183 aa  87  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5914  2,5 RNA ligase  34.27 
 
 		 188 aa  84.7  7e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.720477 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0261  2'-5' RNA ligase  36.31 
 
 		 179 aa  82.8  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00684061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  31.46 
 
 		 193 aa  81.3  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  29.94 
 
 		 186 aa  81.3  0.000000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  35.39 
 
 		 177 aa  80.9  0.000000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  30.59 
 
 		 193 aa  77  0.0000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  32.78 
 
 		 178 aa  77  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  30.34 
 
 		 193 aa  76.3  0.0000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0674  2'-5' RNA ligase  30.19 
 
 		 177 aa  74.7  0.0000000000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  32.81 
 
 		 190 aa  72.8  0.000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  28.82 
 
 		 193 aa  71.6  0.000000000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  28.41 
 
 		 189 aa  71.2  0.000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  35.07 
 
 		 194 aa  68.2  0.00000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  31.94 
 
 		 187 aa  67.8  0.00000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  29.82 
 
 		 183 aa  67.8  0.00000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  31.25 
 
 		 187 aa  67  0.0000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  31.82 
 
 		 181 aa  67.4  0.0000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0172  2'-5' RNA ligase  27.21 
 
 		 182 aa  66.2  0.0000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3366  2'-5' RNA ligase  30.53 
 
 		 184 aa  66.2  0.0000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0528  2',5' RNA ligase  28.41 
 
 		 178 aa  65.9  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  29.07 
 
 		 183 aa  65.5  0.0000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0488  2'-5' RNA ligase  35.25 
 
 		 195 aa  64.7  0.0000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0869  2'-5' RNA ligase  27.37 
 
 		 184 aa  63.2  0.000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2754  2'-5' RNA ligase  30.86 
 
 		 184 aa  63.2  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1166  2'-5' RNA ligase  27.37 
 
 		 184 aa  63.2  0.000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2404  2'-5' RNA ligase  28.22 
 
 		 192 aa  62.4  0.000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3055  2',5' RNA ligase  39.16 
 
 		 180 aa  62.4  0.000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1760  2'-5' RNA ligase  26.14 
 
 		 174 aa  61.6  0.000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.907021  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5848  2'-5' RNA ligase  32.17 
 
 		 176 aa  61.2  0.000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4453  2'-5' RNA ligase  29.37 
 
 		 181 aa  60.5  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2817  2'-5' RNA ligase  30.27 
 
 		 176 aa  60.1  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.433451  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1781  2'-5' RNA ligase  27.91 
 
 		 180 aa  60.5  0.00000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0421  putative 2'-5' RNA ligase family protein  29.92 
 
 		 181 aa  59.7  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  33.33 
 
 		 190 aa  59.7  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4598  2'-5' RNA ligase family protein  30.77 
 
 		 181 aa  59.7  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4955  2'-5' RNA ligase family protein  30.77 
 
 		 181 aa  59.7  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1078  2',5' RNA ligase  32.06 
 
 		 185 aa  59.7  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4815  putative 2'-5' RNA ligase family protein  30.23 
 
 		 181 aa  59.7  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.797227  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  30.37 
 
 		 188 aa  59.7  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0156  2'-5' RNA ligase  29.14 
 
 		 176 aa  59.7  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.177994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4820  putative 2'-5' RNA ligase family protein  30.77 
 
 		 181 aa  59.7  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1157  2'-5' RNA ligase  31.65 
 
 		 189 aa  60.1  0.00000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4435  2'-5' RNA ligase  30.77 
 
 		 181 aa  59.3  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  28.73 
 
 		 176 aa  59.3  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1290  2'-5' RNA ligase  29.63 
 
 		 190 aa  59.3  0.00000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.189928  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0322  2'-5' RNA ligase  30.43 
 
 		 179 aa  58.9  0.00000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  29.85 
 
 		 189 aa  58.9  0.00000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4534  2'-5' RNA ligase  28.24 
 
 		 181 aa  58.5  0.00000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00469  2,5 RNA ligase  31.03 
 
 		 217 aa  58.2  0.00000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1327  2'-5' RNA ligase  24.6 
 
 		 171 aa  58.2  0.00000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.243857  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3287  2'-5' RNA ligase  34.36 
 
 		 184 aa  58.2  0.00000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.246816 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8791  2'-5' RNA ligase  34.56 
 
 		 215 aa  57.8  0.00000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.825967 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1266  2'-5' RNA ligase  26.09 
 
 		 193 aa  57.8  0.00000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0332104  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0158  2'-5' RNA ligase  28.57 
 
 		 176 aa  57.8  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0758236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1484  2'-5' RNA ligase  25.95 
 
 		 173 aa  57.8  0.00000009  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4838  putative 2'-5' RNA ligase family protein  31.01 
 
 		 181 aa  57.8  0.00000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3455  2'-5' RNA ligase  28.57 
 
 		 176 aa  57.4  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00917798  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0243  2',5' RNA ligase  35.82 
 
 		 182 aa  57  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.938124  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0138  2'-5' RNA ligase  28.57 
 
 		 176 aa  57  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0169609  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0280  2'-5' RNA ligase  23.97 
 
 		 174 aa  57  0.0000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>