218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_1881 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 183 aa  352  1e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  78.02 
 
 		 184 aa  275  3e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  78.57 
 
 		 184 aa  274  7e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  38.33 
 
 		 199 aa  114  6.9999999999999995e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  38.12 
 
 		 183 aa  113  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0528  2',5' RNA ligase  42.46 
 
 		 178 aa  112  4.0000000000000004e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  40.44 
 
 		 184 aa  109  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  39.55 
 
 		 184 aa  105  5e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2912  2'-5' RNA ligase  37.43 
 
 		 179 aa  104  8e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  38.46 
 
 		 179 aa  103  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  37.91 
 
 		 179 aa  99.4  3e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  36.11 
 
 		 177 aa  98.6  5e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  37.29 
 
 		 184 aa  97.8  9e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4476  2'-5' RNA ligase  39.13 
 
 		 191 aa  96.7  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5914  2,5 RNA ligase  39.25 
 
 		 188 aa  95.1  5e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.720477 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0674  2'-5' RNA ligase  35.96 
 
 		 177 aa  93.6  1e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2404  2'-5' RNA ligase  36.36 
 
 		 192 aa  92.8  2e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  36.87 
 
 		 199 aa  93.6  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0261  2'-5' RNA ligase  38.42 
 
 		 179 aa  92.8  2e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00684061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4995  2'-5' RNA ligase  36.11 
 
 		 178 aa  93.6  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  35.52 
 
 		 182 aa  92.8  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  37.99 
 
 		 184 aa  92.4  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  33.88 
 
 		 197 aa  91.7  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  33.88 
 
 		 197 aa  91.3  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  32.79 
 
 		 183 aa  91.3  7e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 195 aa  91.3  8e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2529  2'-5' RNA ligase  38.97 
 
 		 190 aa  90.1  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3995  2'-5' RNA ligase  42.97 
 
 		 188 aa  89.7  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0173651  normal  0.591095 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0283  2',5' RNA ligase  34.44 
 
 		 188 aa  89.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0277228 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  35 
 
 		 178 aa  89.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  37.36 
 
 		 177 aa  90.1  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4176  2'-5' RNA ligase  34.07 
 
 		 195 aa  89.7  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0620865  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4364  2'-5' RNA ligase  42.97 
 
 		 188 aa  89  3e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  34.44 
 
 		 178 aa  88.6  4e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0369  2'-5' RNA ligase  34.41 
 
 		 187 aa  88.6  5e-17  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.863227  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  35.2 
 
 		 182 aa  87.8  7e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 179 aa  87.8  8e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  38.34 
 
 		 188 aa  87.4  1e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  32.8 
 
 		 178 aa  86.3  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0832  2'-5' RNA ligase  32.96 
 
 		 177 aa  85.9  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.658836  normal  0.059604 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  34.21 
 
 		 194 aa  85.5  4e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  33.33 
 
 		 178 aa  85.5  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1775  2'-5' RNA ligase  37.97 
 
 		 179 aa  85.5  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  34.72 
 
 		 190 aa  85.5  4e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  34.64 
 
 		 193 aa  85.1  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  33.52 
 
 		 178 aa  85.1  5e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0408  2'-5' RNA ligase  35.75 
 
 		 176 aa  84.7  6e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.328982  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  34.05 
 
 		 186 aa  84.7  7e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1785  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 180 aa  84.3  8e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5472  2'-5' RNA ligase  35.87 
 
 		 180 aa  84  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  38.12 
 
 		 179 aa  83.6  0.000000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0096  2'-5' RNA ligase  34.64 
 
 		 196 aa  83.6  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0390  putative 2'-5' RNA ligase  33.52 
 
 		 179 aa  82.4  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117956  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  32.78 
 
 		 189 aa  81.3  0.000000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0571  2'-5' RNA ligase  32.26 
 
 		 187 aa  81.3  0.000000000000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.223285  hitchhiker  0.00111432 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  33.89 
 
 		 186 aa  80.1  0.00000000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3716  2'-5' RNA ligase  33.68 
 
 		 200 aa  80.9  0.00000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.784361  hitchhiker  0.00258994 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  32.97 
 
 		 189 aa  79.7  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2011  2'-5' RNA ligase  32.21 
 
 		 194 aa  80.1  0.00000000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1078  2',5' RNA ligase  38.33 
 
 		 185 aa  80.1  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1388  2',5' RNA ligase  31.87 
 
 		 183 aa  79.7  0.00000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.482192  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0814  2',5' RNA ligase  36.26 
 
 		 204 aa  80.1  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429947  hitchhiker  0.00104301 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3539  2'-5' RNA ligase  34.9 
 
 		 201 aa  80.1  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.146255 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0488  2'-5' RNA ligase  36.84 
 
 		 195 aa  79.3  0.00000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1266  2'-5' RNA ligase  34.74 
 
 		 193 aa  78.6  0.00000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0332104  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0322  2'-5' RNA ligase  34.44 
 
 		 179 aa  78.2  0.00000000000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4845  2'-5' RNA ligase  31.35 
 
 		 181 aa  78.2  0.00000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1962  2'-5' RNA ligase  29.44 
 
 		 186 aa  77  0.0000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000287299  normal  0.896193 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  30.81 
 
 		 181 aa  77.4  0.0000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3055  2',5' RNA ligase  41.62 
 
 		 180 aa  77  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0012  2'-5' RNA ligase  32.24 
 
 		 179 aa  77  0.0000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0833472 
 
 
-
 
NC_004310  BR0084  hypothetical protein  32.4 
 
 		 196 aa  76.3  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.514694  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1736  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 186 aa  77  0.0000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.556008 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0081  2'-5' RNA ligase  32.4 
 
 		 196 aa  76.6  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.589946  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  29.63 
 
 		 193 aa  75.9  0.0000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1484  2'-5' RNA ligase  24.02 
 
 		 173 aa  75.9  0.0000000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4838  putative 2'-5' RNA ligase family protein  30.81 
 
 		 181 aa  75.9  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3960  2',5' RNA ligase  41.25 
 
 		 194 aa  75.1  0.0000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.250579  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1002  2'-5' RNA ligase  33.08 
 
 		 176 aa  74.7  0.0000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000523375  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8886  2'-5' RNA ligase  35.83 
 
 		 190 aa  73.9  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.979447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1634  2'-5' RNA ligase  27.22 
 
 		 174 aa  73.9  0.000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.108546  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4103  2'-5' RNA ligase  40 
 
 		 194 aa  72.8  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0280  2'-5' RNA ligase  27.22 
 
 		 174 aa  73.6  0.000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4070  2'-5' RNA ligase  40 
 
 		 194 aa  72.4  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4815  putative 2'-5' RNA ligase family protein  29.73 
 
 		 181 aa  72  0.000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.797227  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1256  putative integral membrane transport protein  30.77 
 
 		 190 aa  72  0.000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00112331  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0994  2'-5' RNA ligase  26.09 
 
 		 174 aa  71.2  0.000000000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.657287  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4598  2'-5' RNA ligase family protein  30.94 
 
 		 181 aa  71.2  0.000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4955  2'-5' RNA ligase family protein  30.94 
 
 		 181 aa  71.2  0.000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4820  putative 2'-5' RNA ligase family protein  30.94 
 
 		 181 aa  71.2  0.000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0679  2'-5' RNA ligase  33.51 
 
 		 192 aa  70.9  0.000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4435  2'-5' RNA ligase  30.94 
 
 		 181 aa  70.5  0.00000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1741  2'-5' RNA ligase  31.75 
 
 		 187 aa  70.5  0.00000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.000285675 
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  29.69 
 
 		 193 aa  69.7  0.00000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  29.69 
 
 		 193 aa  69.7  0.00000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1636  2'-5' RNA ligase  31.25 
 
 		 195 aa  69.7  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  30.53 
 
 		 187 aa  69.7  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 187 aa  69.3  0.00000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3366  2'-5' RNA ligase  34.65 
 
 		 184 aa  69.3  0.00000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4453  2'-5' RNA ligase  30.77 
 
 		 181 aa  68.9  0.00000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>