107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0620 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0620  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 190 aa  375  1e-103  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.5382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3410  2'-5' RNA ligase  95.79 
 
 		 190 aa  305  2.0000000000000002e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0816673  normal  0.509514 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0619  2'-5' RNA ligase  94.74 
 
 		 190 aa  304  5.0000000000000004e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000149987  normal  0.458394 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0627  putative 2'-5' RNA ligase  67.2 
 
 		 185 aa  209  3e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3688  2'-5' RNA ligase  56.32 
 
 		 181 aa  193  1e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0580  2'-5' RNA ligase  55.79 
 
 		 181 aa  192  3e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3871  2'-5' RNA ligase  55.79 
 
 		 181 aa  191  5e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0606151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3745  2'-5' RNA ligase  56.08 
 
 		 181 aa  191  6e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.877647  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0703  2'-5' RNA ligase  39.36 
 
 		 173 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2974  putative 2'-5' RNA ligase  42.55 
 
 		 175 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  42.71 
 
 		 176 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3794  phosphoesterase HXTX  38.28 
 
 		 199 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000338063 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3896  2'-5' RNA ligase  33.77 
 
 		 224 aa  114  6e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0415456  normal  0.638884 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3167  2',5' RNA ligase  38.76 
 
 		 212 aa  112  3e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.592975  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3273  putative 2'-5' RNA ligase  32.8 
 
 		 206 aa  111  7.000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.543044  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1760  2'-5' RNA ligase  38.34 
 
 		 174 aa  110  1.0000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.907021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3336  2'-5' RNA ligase  29.84 
 
 		 191 aa  71.6  0.000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00058753  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3466  2'-5' RNA ligase  29.84 
 
 		 191 aa  71.6  0.000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0923  2',5' RNA ligase  30.85 
 
 		 177 aa  71.2  0.000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1002  2'-5' RNA ligase  29.84 
 
 		 191 aa  71.2  0.000000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.018778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3271  2'-5' RNA ligase  29.9 
 
 		 181 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2424  2'-5' RNA ligase  29.84 
 
 		 181 aa  65.1  0.0000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3983  2'-5' RNA ligase  29.38 
 
 		 180 aa  63.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000701591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2817  2'-5' RNA ligase  28.88 
 
 		 176 aa  63.2  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.433451  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00146  2'-5' RNA ligase  32.82 
 
 		 176 aa  60.1  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00154345  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3455  2'-5' RNA ligase  32.82 
 
 		 176 aa  59.7  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00917798  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  29.11 
 
 		 190 aa  60.1  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0150  2'-5' RNA ligase  32.82 
 
 		 176 aa  59.7  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000345552  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0151  2'-5' RNA ligase  32.82 
 
 		 176 aa  59.7  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000646366  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1781  2'-5' RNA ligase  27.34 
 
 		 180 aa  60.1  0.00000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3075  2'-5' RNA ligase  27.98 
 
 		 181 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0138  2'-5' RNA ligase  32.82 
 
 		 176 aa  60.1  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0169609  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00145  hypothetical protein  32.82 
 
 		 176 aa  60.1  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00128631  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1034  2'-5' RNA ligase  26.98 
 
 		 177 aa  60.1  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.427005  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0687  2'-5' RNA ligase  29.38 
 
 		 184 aa  59.3  0.00000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  normal  0.60336 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3112  2'-5' RNA ligase  29.26 
 
 		 176 aa  58.9  0.00000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0487  2'-5' RNA ligase  27.51 
 
 		 176 aa  57.8  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2064  2'-5' RNA ligase  28.8 
 
 		 181 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0158  2'-5' RNA ligase  31.54 
 
 		 176 aa  57.4  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0758236  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00469  2,5 RNA ligase  25.95 
 
 		 217 aa  57.8  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  32.09 
 
 		 174 aa  56.6  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3512  2'-5' RNA ligase  32.06 
 
 		 176 aa  56.6  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0807667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0156  2'-5' RNA ligase  31.54 
 
 		 176 aa  57  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.177994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  28.57 
 
 		 186 aa  57  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  27.27 
 
 		 195 aa  53.9  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0847  2'-5' RNA ligase  31.06 
 
 		 173 aa  54.3  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0724174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0205  2'-5' RNA ligase  30.53 
 
 		 176 aa  53.9  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1166  2'-5' RNA ligase  27.81 
 
 		 176 aa  53.9  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.280308  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0220  2'-5' RNA ligase  30.53 
 
 		 176 aa  53.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0216  2'-5' RNA ligase  30.53 
 
 		 176 aa  53.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0222  2'-5' RNA ligase  30.53 
 
 		 176 aa  53.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.367161  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0204  2'-5' RNA ligase  30.53 
 
 		 176 aa  53.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4476  2'-5' RNA ligase  25.47 
 
 		 191 aa  52.8  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0512  2'-5' RNA ligase  29.92 
 
 		 182 aa  52  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504657 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0528  2',5' RNA ligase  25.79 
 
 		 178 aa  51.6  0.000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  26.14 
 
 		 186 aa  51.2  0.000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0084  hypothetical protein  24.39 
 
 		 196 aa  50.8  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.514694  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2116  2',5' RNA ligase  24.35 
 
 		 179 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.529013  normal  0.178928 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  24.84 
 
 		 199 aa  50.1  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0096  2'-5' RNA ligase  23.27 
 
 		 196 aa  50.1  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  27 
 
 		 197 aa  50.1  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  27 
 
 		 197 aa  50.1  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2364  hypothetical protein  27.92 
 
 		 207 aa  49.7  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.156809 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0081  2'-5' RNA ligase  23.78 
 
 		 196 aa  48.9  0.00004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.589946  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2786  2'-5' RNA ligase  28.27 
 
 		 214 aa  48.9  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  26 
 
 		 195 aa  48.5  0.00006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  31.82 
 
 		 188 aa  48.5  0.00006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  25.13 
 
 		 190 aa  48.1  0.00007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  26.32 
 
 		 179 aa  48.1  0.00007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1286  2'-5' RNA ligase  30.3 
 
 		 188 aa  48.1  0.00008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.757621  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23030  2-5 RNA ligase protein  26.74 
 
 		 176 aa  48.1  0.00008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4176  2'-5' RNA ligase  25 
 
 		 195 aa  47.8  0.00009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0620865  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1005  2',5' RNA ligase  28.36 
 
 		 183 aa  47.4  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0968272  normal  0.0378462 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2563  2'-5' RNA ligase  27.56 
 
 		 181 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043811  hitchhiker  0.0000000000000955583 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  30.66 
 
 		 189 aa  47.4  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1939  2'-5' RNA ligase  25.62 
 
 		 181 aa  47.4  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.33767  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19240  2'-5' RNA ligase  27.66 
 
 		 174 aa  47.4  0.0001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0390929 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1238  2'-5' RNA ligase  28.21 
 
 		 186 aa  47.8  0.0001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2842  2',5' RNA ligase  27.69 
 
 		 180 aa  46.6  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0369  2'-5' RNA ligase  28.12 
 
 		 187 aa  47  0.0002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.863227  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0826  2'-5' RNA ligase  25.5 
 
 		 187 aa  46.6  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  27.37 
 
 		 178 aa  47  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  27.27 
 
 		 179 aa  46.6  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1736  2'-5' RNA ligase  24.16 
 
 		 186 aa  45.8  0.0003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.556008 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1785  2'-5' RNA ligase  22.94 
 
 		 180 aa  45.4  0.0005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0322  2'-5' RNA ligase  31.58 
 
 		 179 aa  45.1  0.0007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1161  2'-5' RNA ligase  28.36 
 
 		 174 aa  43.9  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.274053  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  25.45 
 
 		 183 aa  43.5  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1825  2'-5' RNA ligase  26.62 
 
 		 187 aa  42.7  0.003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27110  2'-5' RNA ligase  25.97 
 
 		 182 aa  42.7  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1002  2'-5' RNA ligase  29.41 
 
 		 176 aa  42.7  0.003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000523375  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2754  2'-5' RNA ligase  23.67 
 
 		 184 aa  43.1  0.003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2404  2'-5' RNA ligase  28.46 
 
 		 192 aa  42.4  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  24.85 
 
 		 184 aa  42.4  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  22.3 
 
 		 181 aa  42.4  0.004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  22.73 
 
 		 189 aa  42.4  0.004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5848  2'-5' RNA ligase  25.16 
 
 		 176 aa  42.4  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2282  2'-5' RNA ligase  25.7 
 
 		 188 aa  42  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216572  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1946  2',5' RNA ligase  28.03 
 
 		 166 aa  41.6  0.007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0832  2'-5' RNA ligase  24.48 
 
 		 177 aa  41.6  0.007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.658836  normal  0.059604 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>