194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3539 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_3539  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 201 aa  400  1e-111  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.146255 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3716  2'-5' RNA ligase  84.54 
 
 		 200 aa  339  2e-92  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.784361  hitchhiker  0.00258994 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  36.36 
 
 		 193 aa  121  8e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  35.23 
 
 		 193 aa  115  5e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  36.68 
 
 		 188 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2529  2'-5' RNA ligase  34.92 
 
 		 190 aa  112  5e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  34.2 
 
 		 193 aa  111  8.000000000000001e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3040  2'-5' RNA ligase  36.02 
 
 		 189 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.308422 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  37.77 
 
 		 189 aa  108  4.0000000000000004e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2011  2'-5' RNA ligase  34.76 
 
 		 194 aa  105  4e-22  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  31.55 
 
 		 189 aa  104  8e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3960  2',5' RNA ligase  38.46 
 
 		 194 aa  104  9e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.250579  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4070  2'-5' RNA ligase  38.97 
 
 		 194 aa  100  1e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4103  2'-5' RNA ligase  37.95 
 
 		 194 aa  99.8  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2404  2'-5' RNA ligase  36.96 
 
 		 192 aa  99  5e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  32.46 
 
 		 194 aa  97.4  1e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1266  2'-5' RNA ligase  30.85 
 
 		 193 aa  97.4  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0332104  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  32.26 
 
 		 194 aa  96.3  3e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  31.38 
 
 		 183 aa  93.6  2e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0973  2'-5' RNA ligase  35.29 
 
 		 194 aa  92.8  3e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15722  hitchhiker  0.0000262624 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1785  2'-5' RNA ligase  34.57 
 
 		 180 aa  92.8  3e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1825  2'-5' RNA ligase  32.07 
 
 		 187 aa  92.8  3e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0231  2'-5' RNA ligase  32.24 
 
 		 185 aa  92  5e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1002  2'-5' RNA ligase  31.69 
 
 		 185 aa  92  5e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1078  2',5' RNA ligase  35.08 
 
 		 185 aa  91.3  8e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  25.52 
 
 		 189 aa  90.9  1e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2055  2'-5' RNA ligase  32.98 
 
 		 184 aa  90.1  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.180735  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1636  2'-5' RNA ligase  29.28 
 
 		 195 aa  90.1  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0461  2'-5' RNA ligase  35.23 
 
 		 195 aa  89.4  3e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1388  2',5' RNA ligase  33.16 
 
 		 183 aa  87.8  1e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.482192  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1580  2'-5' RNA ligase  32.79 
 
 		 181 aa  86.7  2e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0012  2'-5' RNA ligase  30.43 
 
 		 179 aa  85.1  6e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0833472 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0488  2'-5' RNA ligase  32.82 
 
 		 195 aa  85.1  6e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1484  2'-5' RNA ligase  26.84 
 
 		 173 aa  85.1  6e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0994  2'-5' RNA ligase  28.34 
 
 		 174 aa  84.7  7e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.657287  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3055  2',5' RNA ligase  36.22 
 
 		 180 aa  84.7  8e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  31.52 
 
 		 181 aa  84.7  8e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1781  2'-5' RNA ligase  29.26 
 
 		 180 aa  84.7  9e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  35.79 
 
 		 186 aa  84.7  9e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0280  2'-5' RNA ligase  27.72 
 
 		 174 aa  84.7  9e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0987  2'-5' RNA ligase  26.23 
 
 		 171 aa  84  0.000000000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0381875  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0080  2'-5' RNA ligase  26.94 
 
 		 202 aa  84.3  0.000000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.91428  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2282  2'-5' RNA ligase  29.9 
 
 		 188 aa  82.8  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216572  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  34.9 
 
 		 183 aa  80.1  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  26.8 
 
 		 187 aa  80.5  0.00000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1634  2'-5' RNA ligase  26.46 
 
 		 174 aa  79.7  0.00000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.108546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  26.04 
 
 		 187 aa  79.3  0.00000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3366  2'-5' RNA ligase  26.84 
 
 		 184 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0369  2'-5' RNA ligase  29.38 
 
 		 187 aa  78.6  0.00000000000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.863227  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  35.34 
 
 		 179 aa  78.2  0.00000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1256  putative integral membrane transport protein  30.05 
 
 		 190 aa  77.8  0.00000000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00112331  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  38.24 
 
 		 184 aa  77.8  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1659  2'-5' RNA ligase  32.42 
 
 		 192 aa  77  0.0000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000321406  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1238  2'-5' RNA ligase  30.65 
 
 		 186 aa  76.6  0.0000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0571  2'-5' RNA ligase  27.17 
 
 		 187 aa  77  0.0000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.223285  hitchhiker  0.00111432 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  31.43 
 
 		 184 aa  76.6  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1736  2'-5' RNA ligase  27.72 
 
 		 186 aa  76.3  0.0000000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.556008 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2724  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 190 aa  74.7  0.0000000000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  32 
 
 		 184 aa  73.9  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  29.73 
 
 		 186 aa  74.3  0.000000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3287  2'-5' RNA ligase  38.81 
 
 		 184 aa  73.2  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.246816 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  26.28 
 
 		 182 aa  73.6  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14670  2'-5' RNA ligase  35 
 
 		 176 aa  73.6  0.000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.346276  normal  0.71286 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  32.64 
 
 		 190 aa  73.2  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  29.26 
 
 		 178 aa  73.6  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0322  2'-5' RNA ligase  33.16 
 
 		 179 aa  73.6  0.000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  33.51 
 
 		 179 aa  72.8  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0172  2'-5' RNA ligase  25.49 
 
 		 182 aa  72.8  0.000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  36.3 
 
 		 189 aa  72.8  0.000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1939  2'-5' RNA ligase  30.53 
 
 		 181 aa  72  0.000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.33767  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1741  2'-5' RNA ligase  31.89 
 
 		 187 aa  72  0.000000000006  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.000285675 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1707  2'-5' RNA ligase  28.95 
 
 		 183 aa  71.6  0.000000000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.553995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  33.08 
 
 		 184 aa  70.1  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  31.96 
 
 		 179 aa  70.5  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  34.27 
 
 		 193 aa  69.7  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1157  2'-5' RNA ligase  25.79 
 
 		 189 aa  69.3  0.00000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1327  2'-5' RNA ligase  28.02 
 
 		 171 aa  68.6  0.00000000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.243857  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0904  2'-5' RNA ligase  39.39 
 
 		 271 aa  68.9  0.00000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0022796 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4815  putative 2'-5' RNA ligase family protein  24.87 
 
 		 181 aa  68.2  0.00000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.797227  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  31.77 
 
 		 184 aa  68.2  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4534  2'-5' RNA ligase  24.08 
 
 		 181 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4838  putative 2'-5' RNA ligase family protein  24.61 
 
 		 181 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8886  2'-5' RNA ligase  33.14 
 
 		 190 aa  66.6  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.979447  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4845  2'-5' RNA ligase  24.32 
 
 		 181 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4435  2'-5' RNA ligase  24.87 
 
 		 181 aa  67  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4453  2'-5' RNA ligase  24.34 
 
 		 181 aa  67.4  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0273  2'-5' RNA ligase  32.31 
 
 		 188 aa  67  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  29.03 
 
 		 183 aa  66.6  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  30.73 
 
 		 184 aa  66.6  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4598  2'-5' RNA ligase family protein  24.87 
 
 		 181 aa  66.2  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4955  2'-5' RNA ligase family protein  24.87 
 
 		 181 aa  66.2  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4820  putative 2'-5' RNA ligase family protein  24.87 
 
 		 181 aa  66.2  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  30.6 
 
 		 182 aa  65.9  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0421  putative 2'-5' RNA ligase family protein  24.34 
 
 		 181 aa  65.5  0.0000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0674  2'-5' RNA ligase  32.45 
 
 		 177 aa  65.5  0.0000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4176  2'-5' RNA ligase  33.58 
 
 		 196 aa  65.5  0.0000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.15981  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1647  2'-5' RNA ligase  22.99 
 
 		 183 aa  65.1  0.0000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5914  2,5 RNA ligase  32.11 
 
 		 188 aa  65.1  0.0000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.720477 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1290  2'-5' RNA ligase  23.98 
 
 		 190 aa  64.3  0.000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.189928  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  29.61 
 
 		 183 aa  64.3  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>