113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_14670 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_14670  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 176 aa  346  9e-95  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.346276  normal  0.71286 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5825  2'-5' RNA ligase  37.06 
 
 		 153 aa  84  9e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3539  2'-5' RNA ligase  35 
 
 		 201 aa  73.6  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.146255 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3716  2'-5' RNA ligase  35.2 
 
 		 200 aa  73.2  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.784361  hitchhiker  0.00258994 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0111  2'-5' RNA ligase  34.39 
 
 		 190 aa  66.2  0.0000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8791  2'-5' RNA ligase  36.72 
 
 		 215 aa  62  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.825967 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0821  2'-5' RNA ligase  35.64 
 
 		 188 aa  61.6  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8886  2'-5' RNA ligase  35.4 
 
 		 190 aa  60.8  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.979447  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2529  2'-5' RNA ligase  30.05 
 
 		 190 aa  60.5  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3287  2'-5' RNA ligase  31.22 
 
 		 184 aa  60.5  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.246816 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  36.76 
 
 		 184 aa  59.7  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0273  2'-5' RNA ligase  33.51 
 
 		 188 aa  59.3  0.00000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  31.46 
 
 		 186 aa  58.5  0.00000005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  34.05 
 
 		 183 aa  58.2  0.00000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0973  2'-5' RNA ligase  33.91 
 
 		 194 aa  58.2  0.00000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15722  hitchhiker  0.0000262624 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1736  2'-5' RNA ligase  29.61 
 
 		 186 aa  57.8  0.00000008  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.556008 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0243  2',5' RNA ligase  34.41 
 
 		 182 aa  57.4  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.938124  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  29.24 
 
 		 182 aa  56.2  0.0000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2011  2'-5' RNA ligase  31.88 
 
 		 194 aa  55.8  0.0000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  31.05 
 
 		 189 aa  55.8  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17160  2'-5' RNA ligase  31.82 
 
 		 196 aa  55.1  0.0000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0177806  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3040  2'-5' RNA ligase  27.84 
 
 		 189 aa  54.7  0.0000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.308422 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2912  2'-5' RNA ligase  32.1 
 
 		 179 aa  54.3  0.0000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0826  2'-5' RNA ligase  32.26 
 
 		 187 aa  54.3  0.0000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1002  2'-5' RNA ligase  31.25 
 
 		 185 aa  54.3  0.0000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0746  2'-5' RNA ligase  32.78 
 
 		 170 aa  54.3  0.0000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.836735  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0231  2'-5' RNA ligase  31.61 
 
 		 185 aa  54.3  0.0000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0571  2'-5' RNA ligase  27.67 
 
 		 187 aa  53.9  0.000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.223285  hitchhiker  0.00111432 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  29.9 
 
 		 194 aa  53.5  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5914  2,5 RNA ligase  33.16 
 
 		 188 aa  53.1  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.720477 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5848  2'-5' RNA ligase  33.51 
 
 		 176 aa  53.1  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  32.07 
 
 		 197 aa  52.4  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  32.07 
 
 		 197 aa  52.4  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  31.98 
 
 		 184 aa  52  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1825  2'-5' RNA ligase  31.75 
 
 		 187 aa  52  0.000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0369  2'-5' RNA ligase  31.41 
 
 		 187 aa  49.7  0.00002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.863227  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4176  2'-5' RNA ligase  29.88 
 
 		 196 aa  49.7  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.15981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  32.97 
 
 		 195 aa  50.1  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  26.75 
 
 		 189 aa  50.1  0.00002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2055  2'-5' RNA ligase  29.75 
 
 		 184 aa  49.3  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.180735  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  28.32 
 
 		 188 aa  49.7  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  32.97 
 
 		 186 aa  49.3  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7219  2'-5' RNA ligase  36.76 
 
 		 224 aa  48.9  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.179856  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  29.05 
 
 		 189 aa  48.9  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  34.05 
 
 		 179 aa  48.5  0.00004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3112  2'-5' RNA ligase  32.09 
 
 		 176 aa  48.5  0.00004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1238  2'-5' RNA ligase  32.5 
 
 		 186 aa  48.5  0.00004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  33.83 
 
 		 183 aa  48.1  0.00006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0280  2'-5' RNA ligase  24.46 
 
 		 174 aa  48.1  0.00006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  32.54 
 
 		 190 aa  48.1  0.00007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  31.38 
 
 		 193 aa  47.4  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  30.71 
 
 		 184 aa  47.4  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1320  2'-5' RNA ligase  36.57 
 
 		 216 aa  47  0.0001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.167347  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4176  2'-5' RNA ligase  30.07 
 
 		 195 aa  47  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0620865  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3983  2'-5' RNA ligase  29.9 
 
 		 180 aa  46.2  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000701591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  28.89 
 
 		 189 aa  46.6  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2113  2'-5' RNA ligase  31.11 
 
 		 168 aa  47  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0440288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1078  2',5' RNA ligase  31.58 
 
 		 185 aa  45.8  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1636  2'-5' RNA ligase  26.47 
 
 		 195 aa  46.2  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0156  2'-5' RNA ligase  31.11 
 
 		 176 aa  45.8  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.177994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0261  2'-5' RNA ligase  30.61 
 
 		 179 aa  45.8  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00684061  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1029  2'-5' RNA ligase  32.53 
 
 		 197 aa  45.8  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1785  2'-5' RNA ligase  27.33 
 
 		 180 aa  45.4  0.0004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  34.11 
 
 		 179 aa  45.4  0.0005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0814  2',5' RNA ligase  29.95 
 
 		 204 aa  45.1  0.0005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429947  hitchhiker  0.00104301 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  29.48 
 
 		 181 aa  45.1  0.0006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5472  2'-5' RNA ligase  34.68 
 
 		 180 aa  45.1  0.0006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0687  2'-5' RNA ligase  29.23 
 
 		 184 aa  44.3  0.0008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  normal  0.60336 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1166  2'-5' RNA ligase  30.23 
 
 		 176 aa  44.7  0.0008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.280308  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2137  2',5' RNA ligase  30.57 
 
 		 220 aa  43.9  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0994  2'-5' RNA ligase  22.28 
 
 		 174 aa  43.9  0.001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.657287  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0080  2'-5' RNA ligase  23.32 
 
 		 202 aa  43.5  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.91428  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0488  2'-5' RNA ligase  31.05 
 
 		 195 aa  43.5  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1962  2'-5' RNA ligase  22.56 
 
 		 186 aa  43.9  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000287299  normal  0.896193 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  26.06 
 
 		 194 aa  43.9  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19240  2'-5' RNA ligase  31.61 
 
 		 174 aa  44.3  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0390929 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2364  hypothetical protein  33.33 
 
 		 207 aa  43.1  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.156809 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2404  2'-5' RNA ligase  26.47 
 
 		 192 aa  43.1  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0220  2'-5' RNA ligase  32.09 
 
 		 176 aa  43.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0216  2'-5' RNA ligase  32.09 
 
 		 176 aa  43.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0222  2'-5' RNA ligase  32.09 
 
 		 176 aa  43.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.367161  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0421  putative 2'-5' RNA ligase family protein  26.4 
 
 		 181 aa  43.1  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3055  2',5' RNA ligase  32.86 
 
 		 180 aa  42.7  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1741  2'-5' RNA ligase  27.33 
 
 		 187 aa  42.4  0.003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.000285675 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0420  2'-5' RNA ligase  27.84 
 
 		 192 aa  42.7  0.003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.451277 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1634  2'-5' RNA ligase  22.83 
 
 		 174 aa  42.4  0.003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.108546  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0205  2'-5' RNA ligase  32.09 
 
 		 176 aa  42.7  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0204  2'-5' RNA ligase  32.09 
 
 		 176 aa  42.7  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1580  2'-5' RNA ligase  31.78 
 
 		 181 aa  42.4  0.004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  30.95 
 
 		 178 aa  42.4  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  30.07 
 
 		 199 aa  42  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3336  2'-5' RNA ligase  28.18 
 
 		 191 aa  42.4  0.004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00058753  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3466  2'-5' RNA ligase  28.18 
 
 		 191 aa  42.4  0.004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1034  2'-5' RNA ligase  34.02 
 
 		 177 aa  42.4  0.004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.427005  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0679  2'-5' RNA ligase  28.34 
 
 		 192 aa  42.4  0.004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2974  putative 2'-5' RNA ligase  27.08 
 
 		 175 aa  42  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  29.11 
 
 		 178 aa  42  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1781  2'-5' RNA ligase  24.73 
 
 		 180 aa  41.6  0.005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0322  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 179 aa  41.6  0.006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2754  2'-5' RNA ligase  28.26 
 
 		 184 aa  41.6  0.006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>