26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2923 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_2923  2',5' RNA ligase  100 
 
 		 194 aa  379  1e-104  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0916331  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2006  2'-5' RNA ligase  32.96 
 
 		 207 aa  68.2  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1918  putative ligase  35.75 
 
 		 201 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.102106  normal  0.252687 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1982  2'-5' RNA ligase  32.22 
 
 		 207 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6095  2',5' RNA ligase  32.22 
 
 		 207 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0652023  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1443  putative ligase protein  32.95 
 
 		 198 aa  62  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1426  2',5' RNA ligase  31.98 
 
 		 201 aa  58.2  0.00000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0723245  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1290  2'-5' RNA ligase  34.41 
 
 		 195 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.334257 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2337  Phosphoesterase HXTX  39.81 
 
 		 201 aa  57  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.714494 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2482  2'-5' RNA ligase  39.25 
 
 		 189 aa  57  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.097083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2442  2',5' RNA ligase  38.1 
 
 		 196 aa  55.8  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.900073 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2222  hypothetical protein  31.88 
 
 		 205 aa  54.7  0.0000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.19028  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1384  2'-5' RNA ligase  33.04 
 
 		 222 aa  54.3  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.605515  normal  0.876718 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4293  2',5' RNA ligase  31.03 
 
 		 197 aa  53.9  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.775847 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3202  hypothetical protein  44.74 
 
 		 183 aa  52.8  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59985  normal  0.950309 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1320  2'-5' RNA ligase  33.64 
 
 		 222 aa  51.6  0.000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0321525  normal  0.761807 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  31.76 
 
 		 186 aa  50.4  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2421  2',5' RNA ligase  30.46 
 
 		 201 aa  50.4  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0368864  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2787  2'-5' RNA ligase  36.79 
 
 		 206 aa  49.7  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.320306  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4557  2',5' RNA ligase  30.73 
 
 		 199 aa  49.3  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0162437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01767  2'-5' RNA ligase  34.29 
 
 		 200 aa  47.8  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.680529  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23030  2-5 RNA ligase protein  32.39 
 
 		 176 aa  47.8  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  29.83 
 
 		 176 aa  43.1  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3271  2'-5' RNA ligase  31.82 
 
 		 181 aa  42  0.006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  33.1 
 
 		 174 aa  41.6  0.007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2424  2'-5' RNA ligase  31.25 
 
 		 181 aa  41.2  0.01  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>