43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2787 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2787  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 206 aa  408  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.320306  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2222  hypothetical protein  51.49 
 
 		 205 aa  188  5e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.19028  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2442  2',5' RNA ligase  42.58 
 
 		 196 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.900073 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2482  2'-5' RNA ligase  45.03 
 
 		 189 aa  125  5e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.097083  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1350  2'-5' RNA ligase-like protein  40.29 
 
 		 217 aa  124  7e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2337  Phosphoesterase HXTX  39.42 
 
 		 201 aa  121  7e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.714494 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1443  putative ligase protein  39.11 
 
 		 198 aa  112  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1384  2'-5' RNA ligase  39.29 
 
 		 222 aa  108  8.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.605515  normal  0.876718 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1290  2'-5' RNA ligase  38.65 
 
 		 195 aa  107  9.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.334257 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2006  2'-5' RNA ligase  36.82 
 
 		 207 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6095  2',5' RNA ligase  36.82 
 
 		 207 aa  106  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0652023  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1982  2'-5' RNA ligase  36.32 
 
 		 207 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1918  putative ligase  35.41 
 
 		 201 aa  104  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.102106  normal  0.252687 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1320  2'-5' RNA ligase  39.8 
 
 		 222 aa  98.2  7e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0321525  normal  0.761807 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4293  2',5' RNA ligase  36.84 
 
 		 197 aa  97.1  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.775847 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4557  2',5' RNA ligase  35.84 
 
 		 199 aa  97.1  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0162437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01767  2'-5' RNA ligase  35.56 
 
 		 200 aa  89.4  4e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.680529  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1426  2',5' RNA ligase  35.96 
 
 		 201 aa  82.8  0.000000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0723245  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2421  2',5' RNA ligase  34.91 
 
 		 201 aa  80.9  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0368864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3202  hypothetical protein  36.11 
 
 		 183 aa  78.2  0.00000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59985  normal  0.950309 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  33.89 
 
 		 186 aa  62  0.000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  32.53 
 
 		 174 aa  61.2  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  32.52 
 
 		 190 aa  58.5  0.00000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1286  2'-5' RNA ligase  32.4 
 
 		 188 aa  56.2  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.757621  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1975  2',5' RNA ligase  29.38 
 
 		 193 aa  54.7  0.0000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  30.71 
 
 		 182 aa  54.3  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2923  2',5' RNA ligase  30.98 
 
 		 194 aa  53.9  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0916331  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  27.59 
 
 		 195 aa  54.3  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1939  2'-5' RNA ligase  23.08 
 
 		 181 aa  48.9  0.00005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.33767  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1005  2',5' RNA ligase  29.65 
 
 		 183 aa  48.5  0.00007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0968272  normal  0.0378462 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2116  2',5' RNA ligase  30.29 
 
 		 179 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.529013  normal  0.178928 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0746  2'-5' RNA ligase  31.71 
 
 		 170 aa  45.8  0.0004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.836735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  27.27 
 
 		 176 aa  45.1  0.0007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  30.34 
 
 		 193 aa  45.1  0.0007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0923  2',5' RNA ligase  27.84 
 
 		 177 aa  43.9  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1634  2'-5' RNA ligase  25 
 
 		 174 aa  43.9  0.002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.108546  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1327  2'-5' RNA ligase  24.3 
 
 		 171 aa  43.9  0.002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.243857  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0280  2'-5' RNA ligase  25.53 
 
 		 174 aa  42.7  0.003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0512  2'-5' RNA ligase  30.9 
 
 		 182 aa  42.4  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504657 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1484  2'-5' RNA ligase  27.21 
 
 		 173 aa  42  0.006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0987  2'-5' RNA ligase  27.03 
 
 		 171 aa  42  0.006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0381875  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2974  putative 2'-5' RNA ligase  27.12 
 
 		 175 aa  42  0.007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5914  2,5 RNA ligase  26.84 
 
 		 188 aa  41.6  0.009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.720477 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>