More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0873 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0873  RNA-binding S4 domain protein  100 
 
 		 237 aa  473  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1128  RNA-binding S4  51.19 
 
 		 248 aa  223  1e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.44972  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3362  RNA-binding S4 domain-containing protein  50 
 
 		 251 aa  207  1e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3457  RNA-binding S4  45.6 
 
 		 262 aa  197  9e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4261  hypothetical protein  47.7 
 
 		 236 aa  195  6e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.28575  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4018  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.38 
 
 		 252 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00119907 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4225  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.53 
 
 		 236 aa  188  7e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3692  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.04 
 
 		 266 aa  187  1e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1191  S4 domain-containing protein  45.11 
 
 		 236 aa  186  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1222  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.68 
 
 		 247 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0792  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.44 
 
 		 267 aa  182  4.0000000000000006e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.543217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3002  RNA-binding S4 domain protein  44.27 
 
 		 266 aa  181  7e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1707  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.19 
 
 		 236 aa  179  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.067954 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1451  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.78 
 
 		 247 aa  172  3.9999999999999995e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50030  hypothetical protein  44.3 
 
 		 236 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.596266  normal  0.0284198 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1889  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.79 
 
 		 264 aa  169  3e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.610472  normal  0.35019 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4021  S4 domain protein  39.06 
 
 		 236 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1390  RNA-binding S4  39.06 
 
 		 236 aa  166  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.553705  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16880  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  43.93 
 
 		 236 aa  159  3e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1189  RNA-binding S4  40.5 
 
 		 236 aa  152  4e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1753  RNA-binding S4 domain protein  36.25 
 
 		 245 aa  137  2e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.577127  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2459  RNA-binding S4 domain protein  33.86 
 
 		 250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0124526  hitchhiker  0.000345164 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1558  pseudouridine synthase family protein  33.6 
 
 		 249 aa  129  3e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2024  pseudouridine synthase family protein  33.97 
 
 		 557 aa  129  3e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2035  pseudouridine synthase  34.27 
 
 		 245 aa  129  3e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1254  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.78 
 
 		 249 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0063069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2060  RNA pseudouridine synthase family protein  33.21 
 
 		 559 aa  126  3e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.239559  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2440  RNA pseudouridine synthase family protein  33.21 
 
 		 574 aa  126  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2586  pseudouridine synthase family protein  33.21 
 
 		 585 aa  126  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3251  RNA pseudouridine synthase family protein  33.21 
 
 		 563 aa  126  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.9005  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2497  RNA pseudouridine synthase family protein  33.21 
 
 		 571 aa  126  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142989  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1332  RNA pseudouridine synthase family protein  33.21 
 
 		 559 aa  126  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.126858  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2529  pseudouridine synthase, Rsu  34.94 
 
 		 380 aa  123  3e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2033  putative arginine/proline rich protein  36.29 
 
 		 421 aa  122  7e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0619869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1924  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.39 
 
 		 646 aa  122  7e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.257028 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2055  pseudouridine synthase, Rsu  34.39 
 
 		 690 aa  121  9e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1884  pseudouridine synthase, Rsu  35.21 
 
 		 694 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433738  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4985  RNA-binding S4 domain protein  33.21 
 
 		 273 aa  120  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33907  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  35.22 
 
 		 245 aa  119  6e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1432  pseudouridine synthase, Rsu  34.73 
 
 		 610 aa  118  7.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000648222 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6055  pseudouridine synthase, Rsu  33.99 
 
 		 669 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597355  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2022  pseudouridine synthase, Rsu  33.99 
 
 		 669 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5332  pseudouridine synthase, Rsu  33.6 
 
 		 623 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.522456 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0263  pseudouridine synthase, Rsu  33.2 
 
 		 243 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0539496  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0465  RNA-binding S4 domain protein  33.6 
 
 		 248 aa  116  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.117084  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1168  pseudouridine synthase  34.25 
 
 		 591 aa  116  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2042  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.99 
 
 		 650 aa  116  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483684  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1339  RNA-binding S4 domain protein  35.27 
 
 		 627 aa  116  3e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.476364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4291  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.52 
 
 		 264 aa  115  3.9999999999999997e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0474  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.6 
 
 		 360 aa  116  3.9999999999999997e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1913  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.8 
 
 		 416 aa  115  7.999999999999999e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.162231 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1275  RNA-binding S4 domain protein  35.27 
 
 		 674 aa  115  8.999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.206781 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1678  pseudouridine synthase, Rsu  33.2 
 
 		 649 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151173  normal  0.0771799 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3595  pseudouridine synthase  34.98 
 
 		 278 aa  112  5e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2950  RNA-binding S4 domain protein  34.76 
 
 		 232 aa  112  6e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.138382 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1341  RNA-binding S4 domain-containing protein  32.41 
 
 		 624 aa  109  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3544  RNA-binding S4  31.25 
 
 		 304 aa  107  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.824299  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0606  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  32.93 
 
 		 266 aa  107  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000119564  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1401  hypothetical protein  34.11 
 
 		 631 aa  107  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1106  pseudouridine synthase  33.62 
 
 		 234 aa  106  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0733925  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0485  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.46 
 
 		 305 aa  105  6e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3468  pseudouridine synthase, Rsu  30.45 
 
 		 379 aa  99.8  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.242566  normal  0.43397 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10768  predicted protein  30.65 
 
 		 252 aa  89  6e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  27.73 
 
 		 298 aa  83.6  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  28.39 
 
 		 298 aa  84  0.000000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1692  pseudouridine synthase  29.39 
 
 		 255 aa  80.9  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  27.2 
 
 		 340 aa  79.3  0.00000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  27.62 
 
 		 258 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  23.24 
 
 		 227 aa  74.7  0.000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  26.27 
 
 		 237 aa  74.7  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_6806  predicted protein  27.67 
 
 		 249 aa  73.6  0.000000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  26.34 
 
 		 318 aa  73.6  0.000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  28.22 
 
 		 247 aa  72.4  0.000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  26.12 
 
 		 384 aa  72.4  0.000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  26.94 
 
 		 385 aa  71.6  0.000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  29.05 
 
 		 274 aa  71.2  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  24.26 
 
 		 239 aa  70.5  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  26.51 
 
 		 245 aa  69.7  0.00000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  28.15 
 
 		 236 aa  69.7  0.00000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  26.45 
 
 		 242 aa  69.3  0.00000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  28.81 
 
 		 389 aa  68.9  0.00000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  28.15 
 
 		 273 aa  67  0.0000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  27.2 
 
 		 243 aa  67.8  0.0000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  30.42 
 
 		 268 aa  66.6  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154184  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  28.86 
 
 		 240 aa  65.9  0.0000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  25.21 
 
 		 235 aa  65.5  0.0000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  28.57 
 
 		 250 aa  65.5  0.0000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  26.36 
 
 		 239 aa  65.1  0.0000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  26.14 
 
 		 242 aa  64.7  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  26.14 
 
 		 242 aa  64.7  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  26.14 
 
 		 242 aa  64.7  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  26.14 
 
 		 242 aa  64.7  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  26.14 
 
 		 242 aa  64.7  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  26.14 
 
 		 242 aa  64.7  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  26.14 
 
 		 242 aa  64.7  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  26.14 
 
 		 242 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  28.33 
 
 		 243 aa  64.3  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0782  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  24.9 
 
 		 324 aa  64.3  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.168526  normal  0.0685581 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  28.57 
 
 		 251 aa  63.2  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1235  pseudouridine synthase  24.03 
 
 		 248 aa  63.2  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176862  normal  0.0316242 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>