More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3036 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_3036  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 216 aa  443  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0300267  normal  0.0658454 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3171  transcriptional regulator, TetR family  89.35 
 
 		 216 aa  400  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.323724  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2186  TetR family transcriptional regulator  63.77 
 
 		 214 aa  262  3e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0785456  normal  0.820524 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3695  transcriptional regulator, TetR family  54.55 
 
 		 218 aa  236  2e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.551475  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1780  regulatory protein, TetR  51.22 
 
 		 212 aa  221  6e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.407505  normal  0.506261 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3319  transcriptional regulator, TetR family  41.71 
 
 		 214 aa  168  7e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00311946  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3154  regulatory protein, TetR  41.95 
 
 		 214 aa  165  5e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0193225  normal  0.108939 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6256  Transcriptional regulator  35.75 
 
 		 219 aa  127  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.109242  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4700  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 224 aa  126  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0565878  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3500  transcriptional regulator, TetR family  38.04 
 
 		 209 aa  110  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00016281 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2974  transcriptional regulator, TetR family  35.16 
 
 		 199 aa  107  9.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4786  transcriptional regulator, TetR family  35.16 
 
 		 211 aa  105  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.187473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05720  transcriptional regulator  34.55 
 
 		 221 aa  102  4e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.203838  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4043  transcriptional regulator, TetR family  35.16 
 
 		 222 aa  101  9e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2742  transcriptional regulator, TetR family  32.69 
 
 		 207 aa  100  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35350  transcriptional regulator, TetR family  36.11 
 
 		 223 aa  99.4  4e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.147408 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8489  putative transcriptional regulator, TetR family  34.38 
 
 		 203 aa  95.5  5e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.280909  normal  0.379927 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1508  transcriptional regulator, TetR family  33.53 
 
 		 215 aa  90.9  1e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0994502  normal  0.123569 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0934  transcriptional regulator, TetR family  30.11 
 
 		 209 aa  90.5  2e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2977  transcriptional regulator, TetR family  30.88 
 
 		 196 aa  90.1  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2619  transcriptional regulator, TetR family  34.24 
 
 		 221 aa  87.8  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2430  transcriptional regulator, TetR family  31.03 
 
 		 207 aa  86.3  3e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.466149 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0259  transcriptional regulator, TetR family  30.81 
 
 		 195 aa  85.1  7e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4525  transcriptional regulator, TetR family  31.43 
 
 		 216 aa  84.7  9e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.397871 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1756  transcriptional regulator, TetR family  29.86 
 
 		 205 aa  82.4  0.000000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000229906 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4429  TetR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 197 aa  82  0.000000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.679698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2496  transcriptional regulator, TetR family  34.52 
 
 		 226 aa  81.6  0.000000000000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.40575  normal  0.202338 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3170  TetR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 202 aa  80.9  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.148676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4432  TetR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 208 aa  79.3  0.00000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.21103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3739  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 210 aa  77.8  0.0000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.461772  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3812  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 210 aa  77.8  0.0000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.246252 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3751  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 210 aa  77.8  0.0000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4204  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 213 aa  77  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2853  transcriptional regulator, TetR family  31.76 
 
 		 195 aa  76.3  0.0000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.597651 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3149  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 205 aa  76.3  0.0000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3341  TetR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 196 aa  75.5  0.0000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1944  AcrR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 195 aa  75.1  0.0000000000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28300  transcriptional regulator  31.84 
 
 		 280 aa  71.2  0.00000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2447  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 208 aa  70.5  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5005  transcriptional regulator, TetR family  31.39 
 
 		 229 aa  70.1  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2546  transcriptional regulator, TetR family  28.35 
 
 		 207 aa  69.3  0.00000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17710  transcriptional regulator  31.79 
 
 		 203 aa  69.3  0.00000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0632938  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27500  transcriptional regulator  32.02 
 
 		 214 aa  67.8  0.0000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1023  transcriptional regulator, TetR family  27.32 
 
 		 269 aa  66.6  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.048156  normal  0.0140553 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0873  TetR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 196 aa  66.2  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.682179 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3720  transcriptional regulator, TetR family  29.73 
 
 		 200 aa  66.2  0.0000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.91394  normal  0.0177543 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1940  AcrR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 204 aa  65.9  0.0000000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.682868  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4873  transcriptional regulator, TetR family  27.12 
 
 		 193 aa  65.9  0.0000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5711  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 245 aa  65.5  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10145  TetR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 280 aa  62.8  0.000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34550  transcriptional regulator, TetR family  24.86 
 
 		 215 aa  61.2  0.00000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00167706  normal  0.63182 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1933  AcrR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 243 aa  61.2  0.00000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.189914  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3781  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 214 aa  60.8  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0265  TetR family transcriptional regulator  23.39 
 
 		 200 aa  60.1  0.00000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00630944 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10333  TetR/AcrR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 200 aa  59.7  0.00000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4074  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 194 aa  58.5  0.00000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.137574 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3578  TetR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 198 aa  58.5  0.00000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00935563  normal  0.0256006 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  40.62 
 
 		 230 aa  58.5  0.00000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2202  transcriptional regulator, TetR family  43.94 
 
 		 186 aa  58.5  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.243165 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19890  transcriptional regulator  30.71 
 
 		 346 aa  58.2  0.00000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.403358  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1991  transcriptional regulator, TetR family  43.94 
 
 		 188 aa  58.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02720  transcriptional regulator, tetR family  27.53 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.460979  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2120  transcriptional regulator, TetR family  30.12 
 
 		 198 aa  57.4  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0882  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 		 233 aa  57.4  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  55.56 
 
 		 203 aa  57  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4331  TetR family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2970  putative transcriptional regulator  28.48 
 
 		 196 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0889426  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0947  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 205 aa  56.2  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0946183  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2109  TetR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 206 aa  56.6  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.901149 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3293  TetR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 190 aa  56.6  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00124137 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 195 aa  56.6  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3570  transcriptional regulator, TetR family  44.29 
 
 		 175 aa  56.2  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00083347  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0763  TetR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 183 aa  55.8  0.0000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.673415  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1436  TetR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 125 aa  55.8  0.0000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000772402  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2058  transcriptional regulator, TetR family  39.44 
 
 		 213 aa  55.8  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00904468  normal  0.0313266 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35210  TetR family transcriptional regulator  33 
 
 		 196 aa  55.8  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1560  transcriptional regulator, TetR family  26.32 
 
 		 221 aa  55.8  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1244  TetR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 206 aa  55.5  0.0000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0564  transcriptional regulator, TetR family  37.86 
 
 		 203 aa  55.5  0.0000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9073  putative transcriptional regulator, TetR family  28.09 
 
 		 193 aa  55.1  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1739  tetracycline transcriptional regulator YcdC domain-containing protein  39.44 
 
 		 213 aa  55.1  0.0000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1401  TetR family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 222 aa  54.7  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.513329  normal  0.505278 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3859  TetR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 211 aa  54.7  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.677666 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01587  DNA-binding transcriptional repressor  29.45 
 
 		 196 aa  53.5  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4652  TetR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 195 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01577  hypothetical protein  29.45 
 
 		 196 aa  53.5  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.98021  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1805  transcriptional regulator UidR  27.5 
 
 		 196 aa  53.9  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.947665  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1826  transcriptional regulator UidR  27.5 
 
 		 196 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 332 aa  53.9  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3806  TetR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 238 aa  53.5  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.65239  normal  0.316965 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1693  transcriptional regulator UidR  29.45 
 
 		 196 aa  53.5  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0245  transcriptional regulator  29.71 
 
 		 208 aa  53.9  0.000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22500  transcriptional regulator, TetR family  29.11 
 
 		 199 aa  54.3  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.589103  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2012  TetR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 196 aa  53.5  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.952906  normal  0.615913 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2024  transcriptional regulator, TetR family  27.5 
 
 		 192 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.180766  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1150  TetR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 222 aa  53.5  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19820  transcriptional regulator  41.94 
 
 		 260 aa  53.1  0.000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2330  transcriptional regulator UidR  29.45 
 
 		 195 aa  53.5  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1074  transcriptional regulator, TetR family  41.54 
 
 		 213 aa  53.1  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.739181  hitchhiker  0.00943768 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5162  TetR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 193 aa  53.5  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.186575 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>