More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E1805 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E1805  transcriptional regulator UidR  100 
 
 		 196 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.947665  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1826  transcriptional regulator UidR  100 
 
 		 196 aa  404  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01587  DNA-binding transcriptional repressor  99.49 
 
 		 196 aa  403  1e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1693  transcriptional regulator UidR  99.49 
 
 		 196 aa  403  1e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2330  transcriptional regulator UidR  99.49 
 
 		 195 aa  400  1e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01577  hypothetical protein  99.49 
 
 		 196 aa  403  1e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.98021  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2012  TetR family transcriptional regulator  99.49 
 
 		 196 aa  403  1e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.952906  normal  0.615913 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2024  transcriptional regulator, TetR family  99.48 
 
 		 192 aa  394  1e-109  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.180766  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1581  transcriptional regulator UidR  99.48 
 
 		 192 aa  394  1e-109  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3312  transcriptional regulator UidR  62.5 
 
 		 198 aa  248  4e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3781  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 214 aa  88.2  7e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4024  TetR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 199 aa  81.6  0.000000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.497962  normal  0.530155 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7672  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 198 aa  79  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.245363  normal  0.688993 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5773  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 198 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6138  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 198 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.890581 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7736  putative transcriptional regulator, TetR family  28.8 
 
 		 205 aa  77  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.97147  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1090  transcriptional regulator, TetR family  30.34 
 
 		 204 aa  76.3  0.0000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.141216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0018  TetR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 196 aa  73.9  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1150  TetR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 222 aa  74.3  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2962  TetR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 201 aa  73.2  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0429  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 213 aa  70.1  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0148562 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1419  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 220 aa  68.6  0.00000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1191  TetR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 198 aa  68.2  0.00000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1665  transcriptional regulator, TetR family  27.22 
 
 		 223 aa  67  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4533  TetR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 218 aa  65.5  0.0000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.505005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1719  transcriptional regulator, TetR family  28.48 
 
 		 196 aa  62.4  0.000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1493  transcriptional regulator, TetR family  25.61 
 
 		 198 aa  62.4  0.000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.127102 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05020  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 194 aa  62  0.000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5157  putative transcriptional regulator, TetR family  28.4 
 
 		 233 aa  61.2  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.23435  normal  0.1595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2580  TetR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 211 aa  61.6  0.000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.257801 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0744  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 217 aa  61.6  0.000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0464  transcriptional regulator, TetR family  31.9 
 
 		 211 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.128175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1620  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 196 aa  60.8  0.00000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.0021024  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 224 aa  60.8  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2800  TetR family transcriptional regulator  24.36 
 
 		 224 aa  60.8  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.697977  decreased coverage  0.000162176 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6228  transcriptional regulator, TetR family  25.99 
 
 		 194 aa  60.5  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.301912  normal  0.923303 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0335  transcriptional regulator, TetR family  25.25 
 
 		 197 aa  60.5  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0635756  normal  0.0355079 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 221 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3360  putative transcriptional regulator, TetR family  28.29 
 
 		 195 aa  60.1  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0575014  normal  0.0807522 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10145  TetR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 280 aa  60.5  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0074  TetR/AcrR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 196 aa  59.7  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2111  transcriptional regulator, TetR family  30.61 
 
 		 214 aa  59.3  0.00000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.780559 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3221  TetR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 232 aa  59.7  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0059  transcriptional regulator, TetR family  20.81 
 
 		 194 aa  59.3  0.00000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00007304  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0788  TetR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 221 aa  59.3  0.00000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.796627 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2583  TetR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 184 aa  59.3  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1473  TetR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 187 aa  58.9  0.00000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0027  TetR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 209 aa  58.9  0.00000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0106  transcriptional regulator, TetR family  25.47 
 
 		 227 aa  58.9  0.00000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4394  TetR family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 198 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0871  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 202 aa  58.5  0.00000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 210 aa  58.5  0.00000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  41.27 
 
 		 203 aa  58.5  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1837  transcriptional regulator EefR  30.89 
 
 		 188 aa  58.2  0.00000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000033131 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 257 aa  58.2  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1244  TetR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 206 aa  58.2  0.00000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1926  transcriptional regulator EefR  30.89 
 
 		 188 aa  58.2  0.00000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0902915  hitchhiker  0.0000000455593 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0665  TetR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 195 aa  58.2  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0143  TetR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 266 aa  57.8  0.00000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.170765  normal  0.0134311 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4215  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 269 aa  58.2  0.00000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.261755 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 210 aa  57.8  0.00000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3151  TetR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 202 aa  57.4  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3252  TetR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 200 aa  57.8  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2856  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 194 aa  57.4  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.661308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2327  TetR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 199 aa  57.4  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.194102 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3643  TetR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 193 aa  57.4  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.259475 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6941  transcriptional regulator, TetR family  30.43 
 
 		 221 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1503  TetR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 215 aa  57  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0825242 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0873  TetR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 196 aa  57  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.682179 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2507  TetR family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 211 aa  57  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142913 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 228 aa  57  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1526  transcriptional regulator, TetR family  40.85 
 
 		 189 aa  57  0.0000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000234923  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1015  transcriptional regulator, TetR family  24.47 
 
 		 201 aa  57  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0087  TetR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1745  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 216 aa  57  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35210  TetR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 196 aa  57  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6450  putative transcriptional regulator, TetR family  29.25 
 
 		 188 aa  56.6  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000363867  normal  0.0147922 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0428  transcriptional regulator, TetR family  29.31 
 
 		 211 aa  57  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0096  TetR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0589326 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1792  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 216 aa  57  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.651799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0395  regulatory protein TetR  29.31 
 
 		 211 aa  57  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.796791 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1726  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 216 aa  57  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.379747  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  39.36 
 
 		 201 aa  56.6  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1118  transcriptional regulator, TetR family  26.51 
 
 		 201 aa  56.6  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00548751  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9138  putative transcriptional regulator, TetR family  31.3 
 
 		 217 aa  56.2  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4836  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 193 aa  56.2  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0077  TetR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28300  transcriptional regulator  47.27 
 
 		 280 aa  55.8  0.0000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1053  transcriptional regulator, TetR family  22.75 
 
 		 193 aa  55.8  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0268  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.784596 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5076  TetR family transcriptional regulator  21.69 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1317  regulatory protein TetR  23.78 
 
 		 232 aa  55.8  0.0000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5784  TetR family transcriptional regulator  21.69 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.907377 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1436  TetR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 197 aa  55.8  0.0000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3431  transcriptional regulator, TetR family  39.13 
 
 		 189 aa  55.8  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4327  regulatory protein, TetR  40.68 
 
 		 182 aa  55.8  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.809003  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3194  transcriptional regulator, TetR family  27.1 
 
 		 188 aa  55.8  0.0000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3921  TetR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 201 aa  55.5  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 324 aa  55.5  0.0000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2778  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>