More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_1837 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_1837  transcriptional regulator EefR  100 
 
 		 188 aa  389  1e-107  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000033131 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1926  transcriptional regulator EefR  99.47 
 
 		 188 aa  387  1e-107  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0902915  hitchhiker  0.0000000455593 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1191  TetR family transcriptional regulator  48.63 
 
 		 198 aa  166  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2513  transcriptional regulator, TetR family  48.9 
 
 		 199 aa  159  2e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4024  TetR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 199 aa  107  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.497962  normal  0.530155 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2962  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 201 aa  84.3  9e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0995  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 192 aa  82.4  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1334  TetR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 201 aa  77.8  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.180708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1665  transcriptional regulator, TetR family  31.79 
 
 		 223 aa  75.5  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6228  transcriptional regulator, TetR family  28.89 
 
 		 194 aa  74.3  0.0000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.301912  normal  0.923303 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1419  TetR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 220 aa  72.8  0.000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1372  TetR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 212 aa  71.6  0.000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027491 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0429  TetR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 213 aa  69.3  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0148562 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0464  transcriptional regulator, TetR family  35.82 
 
 		 211 aa  67.8  0.00000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.128175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22050  transcriptional regulator  35.94 
 
 		 199 aa  67  0.0000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0903673 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7736  putative transcriptional regulator, TetR family  34.13 
 
 		 205 aa  65.9  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.97147  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6941  transcriptional regulator, TetR family  37.12 
 
 		 221 aa  65.1  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2853  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 213 aa  65.1  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.788684  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3998  transcriptional regulator, TetR family  57.69 
 
 		 205 aa  64.7  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0825494  normal  0.0160725 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1503  TetR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 215 aa  64.7  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0825242 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3781  TetR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 214 aa  64.3  0.0000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1333  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 201 aa  64.3  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.103575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1440  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 213 aa  64.3  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0208928 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1150  TetR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 222 aa  63.2  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1493  transcriptional regulator, TetR family  34.07 
 
 		 198 aa  63.5  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.127102 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0018  TetR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 196 aa  62.8  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0395  regulatory protein TetR  30.23 
 
 		 211 aa  62.4  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.796791 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1426  transcriptional regulator, TetR family  35.96 
 
 		 204 aa  62.4  0.000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0803354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0428  transcriptional regulator, TetR family  33.6 
 
 		 211 aa  62  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2111  transcriptional regulator, TetR family  28.19 
 
 		 214 aa  60.5  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.780559 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3312  transcriptional regulator UidR  33.33 
 
 		 198 aa  59.3  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00350  transcriptional regulator  36.29 
 
 		 199 aa  58.9  0.00000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4394  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 198 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1135  TetR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 206 aa  58.5  0.00000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5076  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 209 aa  58.5  0.00000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5784  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 209 aa  58.5  0.00000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.907377 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01587  DNA-binding transcriptional repressor  30.89 
 
 		 196 aa  58.2  0.00000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2024  transcriptional regulator, TetR family  34.26 
 
 		 192 aa  58.2  0.00000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.180766  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01577  hypothetical protein  30.89 
 
 		 196 aa  58.2  0.00000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.98021  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2330  transcriptional regulator UidR  34.26 
 
 		 195 aa  58.2  0.00000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1693  transcriptional regulator UidR  30.89 
 
 		 196 aa  58.2  0.00000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1826  transcriptional regulator UidR  30.89 
 
 		 196 aa  58.2  0.00000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5773  TetR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 198 aa  58.2  0.00000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1581  transcriptional regulator UidR  34.26 
 
 		 192 aa  58.2  0.00000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6138  TetR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 198 aa  58.2  0.00000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.890581 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1805  transcriptional regulator UidR  30.89 
 
 		 196 aa  58.2  0.00000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.947665  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2012  TetR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 196 aa  58.2  0.00000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.952906  normal  0.615913 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1015  transcriptional regulator, TetR family  39.39 
 
 		 201 aa  57.4  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7672  TetR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 198 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.245363  normal  0.688993 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3500  TetR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 191 aa  57  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00541119  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2698  TetR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 203 aa  56.2  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1090  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 204 aa  57  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.141216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6216  transcriptional regulator, TetR family  39.56 
 
 		 208 aa  56.6  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0808  TetR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 191 aa  56.6  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.287096 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0880  transcriptional regulator, TetR family  39.13 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.987052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 324 aa  55.8  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05020  transcriptional regulator, TetR family  43.55 
 
 		 194 aa  55.5  0.0000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4006  transcriptional regulator, TetR family  49.02 
 
 		 202 aa  55.1  0.0000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0332  TetR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 192 aa  55.1  0.0000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00337125  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1236  TetR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 196 aa  54.7  0.0000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0369519 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4683  transcriptional regulator, TetR family  35.62 
 
 		 385 aa  54.7  0.0000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2904  transcriptional regulator, TetR family  29.51 
 
 		 213 aa  54.3  0.0000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.349703 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2980  TetR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 203 aa  53.9  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00482  NADH dehydrogenase  40.62 
 
 		 194 aa  53.9  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1843  transcriptional regulatory protein  46.3 
 
 		 201 aa  54.3  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.677238  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1848  transcriptional regulator, TetR family  38.36 
 
 		 190 aa  53.9  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00246548 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 210 aa  53.1  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4876  transcriptional regulator, TetR family  35.62 
 
 		 209 aa  53.1  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.217727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30540  transcriptional regulator, TetR family  27.17 
 
 		 195 aa  53.5  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1218  transcriptional regulator, TetR family  37.93 
 
 		 206 aa  52.8  0.000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2650  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 211 aa  52.4  0.000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2774  transcriptional regulator, TetR family  32.69 
 
 		 205 aa  52.4  0.000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0349028  normal  0.98242 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1513  transcriptional regulator BetI  24.84 
 
 		 198 aa  52.4  0.000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0564912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2751  putative transcriptional regulator, TetR family  28.21 
 
 		 229 aa  52  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0359606 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  35.48 
 
 		 221 aa  52  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0700  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 178 aa  51.6  0.000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.665559 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0081  transcriptional regulator, TetR family  26.63 
 
 		 202 aa  51.6  0.000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0595  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 218 aa  51.6  0.000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4420  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 201 aa  51.2  0.000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3947  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 201 aa  51.2  0.000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.354968 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3267  TetR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 188 aa  51.2  0.000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3581  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 185 aa  51.2  0.000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.428867  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14200  transcriptional regulator, TetR family  35.59 
 
 		 227 aa  50.8  0.00001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.0000918467  decreased coverage  0.00704922 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5678  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 200 aa  50.4  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.67022 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2175  TetR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 218 aa  50.8  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24090  transcriptional regulator  26.74 
 
 		 209 aa  50.8  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2085  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 210 aa  50.8  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4466  transcriptional regulator, TetR family  34.72 
 
 		 204 aa  50.8  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.575375  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1719  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 196 aa  50.8  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11567  transcriptional regulator  48.94 
 
 		 225 aa  50.8  0.00001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2109  TetR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 206 aa  50.8  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.901149 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0815  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 207 aa  50.8  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0339  TetR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 205 aa  50.1  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  32.18 
 
 		 226 aa  50.1  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0543  TetR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 203 aa  49.7  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.889127 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0498  TetR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 208 aa  50.4  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0525706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4467  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 206 aa  49.7  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0963408 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06181  transcriptional regulator BetI  39.29 
 
 		 199 aa  50.1  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1244  TetR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 206 aa  50.4  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2371  transcriptional regulator, TetR family  47.92 
 
 		 190 aa  49.7  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185343  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>