More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_4006 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012669  Bcav_4006  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
202 aa  398  9.999999999999999e-111  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2271  transcriptional regulator  35.03 
 
 
209 aa  75.1  0.0000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.850012 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2055  TetR family transcriptional regulator  32.97 
 
 
206 aa  68.6  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4348  TetR family transcriptional regulator  34.97 
 
 
174 aa  67.4  0.0000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0402  TetR family transcriptional regulator  32.42 
 
 
196 aa  65.5  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.498778  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1858  TetR family transcriptional regulator  28.18 
 
 
234 aa  64.7  0.0000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.543066  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4046  TetR family transcriptional regulator  28.41 
 
 
212 aa  60.8  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0961065 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3964  regulatory protein, TetR  35.45 
 
 
174 aa  60.8  0.00000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1989  transcriptional regulator, TetR family  44.12 
 
 
216 aa  60.1  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4074  TetR family transcriptional regulator  32.2 
 
 
194 aa  59.7  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.137574 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3360  putative transcriptional regulator, TetR family  38.24 
 
 
195 aa  59.3  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0575014  normal  0.0807522 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0196  transcriptional regulator, TetR family  26.43 
 
 
200 aa  59.3  0.00000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16700  transcriptional regulator  31.35 
 
 
211 aa  58.5  0.00000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2497  TetR family transcriptional regulator  34 
 
 
201 aa  58.2  0.00000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.55388 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0835  TetR family transcriptional regulator  31.21 
 
 
201 aa  57.4  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.861936  normal  0.897725 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2996  TetR family transcriptional regulator  29.71 
 
 
193 aa  57.8  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.542374  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2055  putative transcriptional regulator, TetR family  29.33 
 
 
229 aa  57.8  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0410393  normal  0.8778 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2347  transcriptional regulator, TetR family  28.19 
 
 
223 aa  57  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.123383  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6635  TetR family transcriptional regulator  36.8 
 
 
214 aa  57  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1479  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 
190 aa  57  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.210194  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2095  transcriptional regulator, TetR family  35.19 
 
 
194 aa  56.2  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.546455  normal  0.514839 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3482  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
248 aa  56.2  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0660414  normal  0.032442 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1499  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
203 aa  56.6  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0951967  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2162  TetR family transcriptional regulator  30.68 
 
 
209 aa  56.2  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0662359 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0441  TetR family transcriptional regulator  35.85 
 
 
198 aa  55.5  0.0000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.805705 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1862  TetR family transcriptional regulator  46.77 
 
 
205 aa  55.5  0.0000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05498  putative transcription regulator protein  33.86 
 
 
197 aa  55.5  0.0000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.806773 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33190  transcriptional regulator  29.45 
 
 
202 aa  55.5  0.0000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.284512  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  25.95 
 
 
206 aa  55.5  0.0000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0951  TetR family transcriptional regulator  29.48 
 
 
196 aa  55.1  0.0000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1926  transcriptional regulator EefR  49.02 
 
 
188 aa  55.1  0.0000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0902915  hitchhiker  0.0000000455593 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1837  transcriptional regulator EefR  49.02 
 
 
188 aa  55.1  0.0000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000033131 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  25.95 
 
 
206 aa  55.1  0.0000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  25.95 
 
 
206 aa  55.1  0.0000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2131  regulatory protein, TetR  26.85 
 
 
218 aa  54.7  0.0000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00771887  normal  0.859247 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3089  TetR family transcriptional regulator  29.29 
 
 
194 aa  55.1  0.0000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.544244  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2948  TetR family transcriptional regulator  22.75 
 
 
191 aa  54.7  0.0000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2558  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
190 aa  54.7  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5293  TetR family transcriptional regulator  43.4 
 
 
210 aa  53.9  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.199638  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3205  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
197 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3216  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
197 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.278224  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1327  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
191 aa  54.3  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00385081  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0402  transcriptional regulator, TetR family  41.79 
 
 
219 aa  54.3  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.67084  normal  0.0771341 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1260  transcriptional regulator, TetR family  35.56 
 
 
222 aa  53.9  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.194739 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4711  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
228 aa  54.3  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.133874 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3267  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
197 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0261097  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1580  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
195 aa  53.5  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000739015  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0290  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
209 aa  53.9  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.547414  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4743  transcriptional regulator, TetR family  31.43 
 
 
213 aa  53.9  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.832036  normal  0.727268 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  31.11 
 
 
231 aa  53.5  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0806  transcriptional regulator, TetR family  38.27 
 
 
202 aa  53.5  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.265645  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9308  putative transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 
231 aa  53.1  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0733541  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2965  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
224 aa  53.9  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0278757  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1515  putative transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 
219 aa  53.1  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.254086  hitchhiker  0.00363064 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3046  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  25.13 
 
 
216 aa  53.9  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.303422  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3823  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
198 aa  53.1  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0524018  normal  0.237924 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3240  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  31.52 
 
 
213 aa  53.5  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.501766  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0304  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
209 aa  53.9  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661097  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1012  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 
212 aa  53.1  0.000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.156612  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  27.7 
 
 
263 aa  53.1  0.000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6001  transcriptional regulator, TetR family  27.38 
 
 
224 aa  52.8  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903994  normal  0.20153 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3710  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
226 aa  52.8  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10159  TetR family transcriptional regulator  26.83 
 
 
214 aa  53.1  0.000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1291  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 
190 aa  53.1  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.170651  normal  0.326718 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 
224 aa  52.8  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0832  transcriptional regulator, TetR family  28.82 
 
 
196 aa  52.8  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0719  TetR family transcriptional regulator  26.22 
 
 
209 aa  52.8  0.000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08440  transcriptional regulator, TetR family  26.44 
 
 
190 aa  52.4  0.000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05020  transcriptional regulator, TetR family  25.17 
 
 
194 aa  52.8  0.000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4255  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 
223 aa  52.8  0.000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.228182 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4244  TetR family transcriptional regulator  43.64 
 
 
212 aa  52.8  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.950938  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1473  TetR family transcriptional regulator  28.88 
 
 
187 aa  52.8  0.000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1457  transcription regulator, TetR family  27.27 
 
 
195 aa  52.4  0.000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000222834  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1843  transcriptional regulatory protein  27.54 
 
 
201 aa  52.8  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.677238  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7448  transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 
212 aa  52.4  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.58477 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1283  TetR family transcriptional regulator  29.67 
 
 
194 aa  52.4  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000248972  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3410  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 
196 aa  52.4  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000655293  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  25.4 
 
 
211 aa  52  0.000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4876  transcriptional regulator, TetR family  42.59 
 
 
209 aa  52  0.000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.217727  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1681  TetR family transcriptional regulator  24.7 
 
 
216 aa  52  0.000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.977422 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0109  TetR family transcriptional regulator  36.99 
 
 
207 aa  52  0.000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0339  TetR family transcriptional regulator  44.07 
 
 
205 aa  51.6  0.000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1649  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
233 aa  52  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617035  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0851  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
241 aa  51.6  0.000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2007  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
193 aa  51.6  0.000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.382346 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0606  TetR family transcriptional regulator  35.34 
 
 
194 aa  51.6  0.000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.288267  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  32.84 
 
 
230 aa  51.6  0.000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 
324 aa  51.6  0.000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0619  TetR family transcriptional regulator  35.34 
 
 
194 aa  51.6  0.000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.594999  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2776  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
213 aa  51.6  0.000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.556184  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0316  putative transcriptional regulator, TetR family  41.03 
 
 
211 aa  51.6  0.000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3756  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
193 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1403  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
241 aa  50.8  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0081  transcriptional regulator, TetR family  45.1 
 
 
202 aa  50.8  0.00001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1892  TetR family transcriptional regulator  43.14 
 
 
192 aa  50.8  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000800916  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1360  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
270 aa  51.2  0.00001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.100226  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0106  TetR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
214 aa  50.8  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.156451  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28270  transcriptional regulator  35.29 
 
 
205 aa  51.2  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.188874 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1398  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 
191 aa  51.2  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0382  TetR family transcriptional regulator  34.75 
 
 
242 aa  51.2  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.894324  normal  0.190078 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>