More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_2249 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_2249  response regulator/GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 400 aa  823    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  26.86 
 
 		 410 aa  153  5e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 582 aa  144  2e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  34.46 
 
 		 385 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  30.83 
 
 		 565 aa  144  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  36.24 
 
 		 458 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  32.21 
 
 		 1034 aa  139  7.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 681 aa  139  8.999999999999999e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  35.91 
 
 		 458 aa  138  2e-31  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1685  diguanylate cyclase  28.35 
 
 		 385 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  44.24 
 
 		 234 aa  137  4e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  29.65 
 
 		 588 aa  137  4e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 357 aa  135  9e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0754  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 350 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  36.95 
 
 		 542 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 578 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  39.47 
 
 		 641 aa  134  3e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  35.79 
 
 		 722 aa  133  5e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  37.99 
 
 		 323 aa  133  5e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 680 aa  133  5e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 426 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.48 
 
 		 769 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 1826 aa  131  2.0000000000000002e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  44.85 
 
 		 548 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  40 
 
 		 467 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  42.95 
 
 		 525 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 501 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 403 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  42.07 
 
 		 493 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0542  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 285 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  40.49 
 
 		 323 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0760  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 495 aa  130  5.0000000000000004e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.126237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 321 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1813  diguanylate cyclase  32.6 
 
 		 386 aa  129  6e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.730077 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  33.68 
 
 		 381 aa  129  6e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 493 aa  130  6e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 611 aa  129  7.000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 758 aa  129  7.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 317 aa  129  9.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 317 aa  129  9.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 493 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0424  PAS:GGDEF  41.44 
 
 		 715 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000207007  hitchhiker  0.00445241 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  38.64 
 
 		 319 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 316 aa  129  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  36.55 
 
 		 424 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 638 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2538  GGDEF domain-containing protein  39.09 
 
 		 648 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000110944  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  32.95 
 
 		 370 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 316 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  37.75 
 
 		 457 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 323 aa  127  3e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  39.88 
 
 		 477 aa  127  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 247 aa  127  3e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  39.55 
 
 		 328 aa  127  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 353 aa  127  3e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1211  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.02 
 
 		 587 aa  127  3e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0242812 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 629 aa  127  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 334 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  40.49 
 
 		 474 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.73 
 
 		 531 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1927  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 253 aa  126  5e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.949533 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 564 aa  127  5e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  42.95 
 
 		 498 aa  127  5e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 306 aa  126  5e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  41.1 
 
 		 460 aa  126  6e-28  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3400  GGDEF  38.42 
 
 		 584 aa  126  6e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.884579  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  40.66 
 
 		 571 aa  126  7e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 308 aa  126  7e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 495 aa  126  8.000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 314 aa  125  9e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  32.46 
 
 		 291 aa  126  9e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3851  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 380 aa  125  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.344739 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 518 aa  125  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  39.36 
 
 		 612 aa  125  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 650 aa  125  1e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  34.69 
 
 		 696 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 334 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  37.76 
 
 		 422 aa  125  1e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  36.43 
 
 		 671 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  37.64 
 
 		 350 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1301  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 331 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.298458  normal  0.144882 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 345 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.86 
 
 		 355 aa  125  1e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 312 aa  125  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  40.83 
 
 		 451 aa  125  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4684  GGDEF domain-containing protein  37.35 
 
 		 266 aa  125  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 345 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0619  response regulator receiver protein  42.68 
 
 		 378 aa  124  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 320 aa  124  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2212  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 501 aa  125  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00757237 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 492 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 569 aa  124  2e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 320 aa  125  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  38.64 
 
 		 949 aa  124  2e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.68 
 
 		 726 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1386  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 433 aa  125  2e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.904062  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4876  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.34 
 
 		 730 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.735464 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 714 aa  124  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>