More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2212 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2212  diguanylate cyclase  100 
 
 		 501 aa  979    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00757237 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2249  response regulator/GGDEF domain-containing protein  42.44 
 
 		 400 aa  126  8.000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  39.57 
 
 		 486 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1484  diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 615 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 485 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 485 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 483 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.49 
 
 		 772 aa  117  6e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  44 
 
 		 506 aa  116  7.999999999999999e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0143  membrane associated GGDEF protein  39.43 
 
 		 482 aa  116  8.999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 482 aa  116  8.999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  34.66 
 
 		 722 aa  115  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 482 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3468  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.45 
 
 		 745 aa  115  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0436703 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  43.93 
 
 		 474 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2171  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  45.71 
 
 		 730 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.8 
 
 		 757 aa  114  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 628 aa  114  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  39.43 
 
 		 355 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2459  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 335 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.685644  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  37.1 
 
 		 603 aa  114  4.0000000000000004e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 375 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 320 aa  114  5e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.06 
 
 		 317 aa  114  5e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.06 
 
 		 317 aa  114  5e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  37.57 
 
 		 485 aa  114  6e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5124  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.58 
 
 		 1015 aa  114  6e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.247215  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3492  diguanylate cyclase  36.14 
 
 		 474 aa  113  6e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0912  hypothetical protein  38.46 
 
 		 377 aa  113  8.000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  36.45 
 
 		 548 aa  113  8.000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  38.07 
 
 		 565 aa  113  8.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  39.77 
 
 		 489 aa  113  9e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  31.37 
 
 		 339 aa  113  9e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  34.97 
 
 		 458 aa  113  9e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 259 aa  113  9e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.12 
 
 		 585 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1872  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 586 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10295  normal  0.872274 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  37.24 
 
 		 431 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 485 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 753 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  44.62 
 
 		 516 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0629  GGDEF domain-containing protein  35.36 
 
 		 626 aa  112  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.328878  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0942  hypothetical protein  37.71 
 
 		 377 aa  112  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  44 
 
 		 960 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 486 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 508 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 486 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 486 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 263 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 486 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 319 aa  112  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4876  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.57 
 
 		 730 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.735464 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  37.84 
 
 		 477 aa  111  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1927  diguanylate cyclase  40 
 
 		 253 aa  111  3e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.949533 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 601 aa  111  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  28.03 
 
 		 516 aa  111  4.0000000000000004e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 323 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1715  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.6 
 
 		 749 aa  110  4.0000000000000004e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  36.98 
 
 		 316 aa  110  5e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0144  membrane associated GGDEF protein  38.86 
 
 		 481 aa  110  5e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.16 
 
 		 638 aa  110  5e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000652876  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1021  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 300 aa  110  5e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000548579  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2365  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 467 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0108211  normal  0.148457 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.12 
 
 		 765 aa  110  7.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  37.19 
 
 		 362 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0532  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.62 
 
 		 814 aa  110  7.000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.202889  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  39.18 
 
 		 518 aa  110  8.000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 507 aa  110  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 507 aa  110  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 451 aa  110  8.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  38.07 
 
 		 328 aa  109  9.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1981  PAS:GGDEF  44.25 
 
 		 730 aa  110  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0548345 
 
 
-
 
NC_003296  RS00808  hypothetical protein  38.12 
 
 		 578 aa  109  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  40.35 
 
 		 451 aa  109  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 323 aa  109  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.89 
 
 		 832 aa  109  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 758 aa  109  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3395  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.14 
 
 		 834 aa  109  1e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1528  diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 321 aa  109  1e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 608 aa  109  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1986  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 307 aa  109  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4345  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 613 aa  109  1e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.609147  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2972  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.48 
 
 		 761 aa  109  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.542463  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.71 
 
 		 898 aa  109  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1983  sensory box protein  36.46 
 
 		 1136 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0811196 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  36.52 
 
 		 921 aa  108  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  36.32 
 
 		 756 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 583 aa  108  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.22 
 
 		 642 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 495 aa  108  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  38.62 
 
 		 353 aa  108  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 380 aa  108  2e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.01 
 
 		 505 aa  108  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 555 aa  108  2e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 357 aa  108  2e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2959  GGDEF domain-containing protein  36.21 
 
 		 292 aa  108  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000656128  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  41.9 
 
 		 506 aa  108  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.938839 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.71 
 
 		 1098 aa  108  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  41.07 
 
 		 457 aa  108  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>