More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_2453 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_2453  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 1177 aa  2406    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4158  YD repeat-containing protein  43.93 
 
 		 1198 aa  573  1.0000000000000001e-162  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.529985 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  29.12 
 
 		 1381 aa  319  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  31 
 
 		 1577 aa  317  6e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  27.25 
 
 		 1467 aa  281  5e-74  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  37.41 
 
 		 903 aa  281  8e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32830  hypothetical protein  37.22 
 
 		 889 aa  279  2e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000050197  hitchhiker  0.0000345173 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2322  YD repeat-containing protein  38.6 
 
 		 913 aa  268  5e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.330208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  32.88 
 
 		 927 aa  259  2e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04849  RhsD protein  33.71 
 
 		 917 aa  230  1e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0148662  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04723  RhsD protein  34.27 
 
 		 920 aa  229  3e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.370413  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3720  YD repeat-containing protein  28.59 
 
 		 1301 aa  189  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.148361  decreased coverage  0.000379992 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  24.89 
 
 		 2096 aa  188  5e-46  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_003296  RS05538  putative RHS-related protein  26.27 
 
 		 818 aa  186  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.252151  normal  0.640714 
 
 
-
 
NC_003296  RS00947  putative RHS-related protein  29.92 
 
 		 499 aa  186  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.55464  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  26.64 
 
 		 1271 aa  180  2e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  26.39 
 
 		 1433 aa  179  3e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  25.23 
 
 		 2277 aa  172  4e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  23.63 
 
 		 3027 aa  171  7e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00945  rhs-related protein  30.46 
 
 		 587 aa  171  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.68449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6263  YD repeat-containing protein  27.12 
 
 		 939 aa  166  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  36.59 
 
 		 690 aa  165  5.0000000000000005e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  28.64 
 
 		 1352 aa  162  2e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04760  putative RHS-related protein  36.1 
 
 		 788 aa  162  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05695  putative RHS-related protein  36.1 
 
 		 788 aa  162  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00577  RhsD protein  26.89 
 
 		 683 aa  162  4e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00355  putative RHS-related transmembrane protein  35.08 
 
 		 741 aa  155  4e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00940  rhs-related protein  34.65 
 
 		 468 aa  153  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.70443 
 
 
-
 
NC_003296  RS02144  putative RHS-related transmembrane protein  27.57 
 
 		 863 aa  147  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05537  putative RHS-related protein  32.81 
 
 		 764 aa  146  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.285743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  26.1 
 
 		 2149 aa  147  2e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32840  hypothetical protein  41.18 
 
 		 317 aa  144  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00770451  hitchhiker  0.000240628 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0017  YD repeat protein  31.52 
 
 		 738 aa  143  1.9999999999999998e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215545  hitchhiker  0.000002636 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32850  hypothetical protein  33.99 
 
 		 338 aa  142  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.367921  hitchhiker  0.000249189 
 
 
-
 
NC_003296  RS00943  rhs-related protein  27.05 
 
 		 681 aa  141  6e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.739239 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  23.8 
 
 		 2035 aa  140  1e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2470  rhs-related protein  26.26 
 
 		 890 aa  138  8e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20510  hypothetical protein  39.46 
 
 		 324 aa  136  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000829879  normal  0.312494 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2104  rhsD protein  26.43 
 
 		 1593 aa  135  6e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0967057  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  30.48 
 
 		 1834 aa  131  7.000000000000001e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2320  YD repeat-containing protein  26.54 
 
 		 508 aa  127  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0339952  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5510  YD repeat-containing protein  25.39 
 
 		 1390 aa  125  6e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162905  normal  0.931179 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2444  Rhs family protein-like protein  25.2 
 
 		 661 aa  124  9e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00576  RhsD protein  37.69 
 
 		 613 aa  123  1.9999999999999998e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  26.55 
 
 		 3273 aa  122  3e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00285  RhsD protein  26.49 
 
 		 1428 aa  122  3.9999999999999996e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0673678  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2321  YD repeat-containing protein  31.65 
 
 		 500 aa  122  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0122033  normal  0.914801 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05538  RHS Repeat family  26.32 
 
 		 1579 aa  122  3.9999999999999996e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0425564  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05526  putative RHS-related protein  32.32 
 
 		 705 aa  121  6e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2298  YD repeat protein  26.08 
 
 		 1338 aa  121  7e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0016  YD repeat protein  31.63 
 
 		 1074 aa  120  9.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.15112  hitchhiker  0.0000418837 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  27.09 
 
 		 1527 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  26.99 
 
 		 1600 aa  119  3e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  26.9 
 
 		 1551 aa  118  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  27.02 
 
 		 1197 aa  117  8.999999999999998e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2445  YD repeat-containing protein  23.42 
 
 		 526 aa  118  8.999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  24.91 
 
 		 1434 aa  117  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  27.56 
 
 		 1259 aa  117  1.0000000000000001e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  26.52 
 
 		 1489 aa  117  1.0000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  25.94 
 
 		 1953 aa  116  2.0000000000000002e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  28.95 
 
 		 1520 aa  117  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  24.94 
 
 		 1518 aa  115  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  24.97 
 
 		 1485 aa  115  7.000000000000001e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2036  YD repeat-containing protein  26.32 
 
 		 3073 aa  114  1.0000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  24.83 
 
 		 1568 aa  114  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00283  RhsD protein  27.59 
 
 		 613 aa  112  3e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333499  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0044  hypothetical protein  27.35 
 
 		 2117 aa  112  4.0000000000000004e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  26.68 
 
 		 1488 aa  112  4.0000000000000004e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00941  rhs-related protein  26.47 
 
 		 881 aa  112  5e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0129  Rhs family protein  24.97 
 
 		 1427 aa  112  5e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  25.62 
 
 		 1626 aa  110  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  24.26 
 
 		 1609 aa  110  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  27.99 
 
 		 1547 aa  109  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2936  YD repeat protein  26.94 
 
 		 1397 aa  108  4e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4514  YD repeat-containing protein  24.54 
 
 		 3689 aa  109  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40016 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2107  YD repeat protein  31.5 
 
 		 1681 aa  108  5e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0233  YD repeat protein  26.83 
 
 		 1411 aa  108  6e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  28.73 
 
 		 1517 aa  108  7e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0115  YD repeat protein  26.83 
 
 		 1377 aa  108  9e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0794  RHS repeat protein  27.4 
 
 		 1399 aa  107  9e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  29.01 
 
 		 1550 aa  107  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5395  RHS Repeat family protein  27.4 
 
 		 1394 aa  107  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.037802  normal  0.495388 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  24.77 
 
 		 1560 aa  107  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4965  Rhs family protein  27.4 
 
 		 1409 aa  107  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.832182  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  24.22 
 
 		 1543 aa  106  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  25.28 
 
 		 1528 aa  106  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2955  YD repeat-containing protein  26 
 
 		 1397 aa  105  4e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8624  YD repeat protein  26.04 
 
 		 1528 aa  105  4e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.165231  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  24.22 
 
 		 1552 aa  105  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  21.55 
 
 		 1942 aa  105  5e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4802  hypothetical protein  24.53 
 
 		 2017 aa  105  6e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.772458  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  26.76 
 
 		 924 aa  105  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2870  YD repeat protein  26.53 
 
 		 2144 aa  104  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0234  YD repeat-containing protein  26 
 
 		 1411 aa  103  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0120  YD repeat-containing protein  26.94 
 
 		 1377 aa  103  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6958  YD repeat protein  25.61 
 
 		 1495 aa  103  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0165328  normal  0.66981 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2647  YD repeat-containing protein  26.81 
 
 		 934 aa  103  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.217872  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6111  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  29.27 
 
 		 1558 aa  102  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.25246 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  21.66 
 
 		 1840 aa  102  3e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4142  YD repeat protein  27.24 
 
 		 1046 aa  102  5e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>