More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2068 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2068  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 		 300 aa  617  1e-176  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.378777  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2152  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  95.67 
 
 		 300 aa  568  1e-161  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1587  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  52.9 
 
 		 297 aa  322  5e-87  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.275085  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0589  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  51.37 
 
 		 305 aa  321  7e-87  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352095  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1163  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  51.74 
 
 		 325 aa  320  9.999999999999999e-87  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  0.538197 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2969  sensory box/GGDEF family protein  48.12 
 
 		 315 aa  306  3e-82  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0936  GGDEF domain-containing protein  49.83 
 
 		 301 aa  299  4e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000986982  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2700  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.31 
 
 		 324 aa  293  2e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1960  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.92 
 
 		 318 aa  273  4.0000000000000004e-72  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.82922 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3328  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.73 
 
 		 297 aa  269  5e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0918  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.39 
 
 		 297 aa  263  3e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0046e-32 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0867  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.06 
 
 		 312 aa  260  2e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.711393  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2569  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.83 
 
 		 310 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.809417  hitchhiker  0.000987173 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3480  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.47 
 
 		 301 aa  182  7e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00742863  normal  0.98733 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3823  diguanylate cyclase  32.32 
 
 		 690 aa  151  1e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.77 
 
 		 646 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.65 
 
 		 575 aa  140  3.9999999999999997e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.76071  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.8 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  33.22 
 
 		 425 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.74 
 
 		 791 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  30.43 
 
 		 634 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  30.59 
 
 		 320 aa  135  8e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0117  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  32.44 
 
 		 845 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.734428  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  30.59 
 
 		 307 aa  132  6e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 477 aa  132  6.999999999999999e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  31.32 
 
 		 418 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.16 
 
 		 424 aa  130  3e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  31.49 
 
 		 323 aa  130  3e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1999  GGDEF domain-containing protein  32.51 
 
 		 292 aa  130  3e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  29.84 
 
 		 319 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  31.05 
 
 		 328 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  42.24 
 
 		 477 aa  129  8.000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 432 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  29.93 
 
 		 420 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  45.12 
 
 		 354 aa  127  2.0000000000000002e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.54 
 
 		 419 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  28.67 
 
 		 320 aa  127  3e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 530 aa  127  3e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.62 
 
 		 772 aa  126  4.0000000000000003e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  31.77 
 
 		 637 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.34 
 
 		 710 aa  126  5e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.61 
 
 		 901 aa  126  6e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0842  GGDEF domain-containing protein  41.32 
 
 		 391 aa  125  7e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000293697  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.83 
 
 		 469 aa  125  7e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  30.9 
 
 		 298 aa  125  8.000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2273  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 563 aa  125  8.000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3791  diguanylate cyclase  36.95 
 
 		 572 aa  125  8.000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  27.88 
 
 		 334 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  29.63 
 
 		 548 aa  125  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  31.44 
 
 		 323 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  38.41 
 
 		 457 aa  124  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  31.44 
 
 		 323 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  31.09 
 
 		 322 aa  124  2e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0003  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.53 
 
 		 669 aa  124  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.19 
 
 		 315 aa  124  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1260  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.05 
 
 		 423 aa  124  2e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 432 aa  124  2e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2561  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.49 
 
 		 836 aa  124  3e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0021  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.53 
 
 		 1225 aa  124  3e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363406  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 514 aa  123  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  28.34 
 
 		 323 aa  123  4e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  34.43 
 
 		 615 aa  123  4e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 424 aa  123  4e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 582 aa  122  5e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0022  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.43 
 
 		 1499 aa  122  5e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.74 
 
 		 1070 aa  122  5e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1295  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.4 
 
 		 568 aa  122  7e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252669 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2254  sensory box protein  29.35 
 
 		 422 aa  122  7e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  42.86 
 
 		 308 aa  122  7e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0787  GGDEF  37.99 
 
 		 585 aa  122  7e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109099  hitchhiker  0.00379197 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2448  sensory box protein  30.51 
 
 		 1036 aa  122  7e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 381 aa  122  7e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  40.24 
 
 		 381 aa  122  7e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00559  signal transduction protein  31.83 
 
 		 815 aa  122  8e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.79 
 
 		 568 aa  122  8e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37050  PAS domain S-box/diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  33.33 
 
 		 919 aa  122  8e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.790153  normal  0.0286025 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  36.31 
 
 		 518 aa  122  8e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.95 
 
 		 610 aa  122  9e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 518 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 263 aa  121  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  28.34 
 
 		 324 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  27.72 
 
 		 320 aa  121  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  30.68 
 
 		 768 aa  121  9.999999999999999e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  28.34 
 
 		 324 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  28.34 
 
 		 324 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0760  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.93 
 
 		 1404 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.231921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 495 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 775 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  37.5 
 
 		 340 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0719  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 370 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0439  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.74 
 
 		 455 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.444664 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1504  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.67 
 
 		 944 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.628866  normal  0.0653987 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1509  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.19 
 
 		 571 aa  121  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.44121  normal  0.0349148 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4787  sensory box putative digualylate cyclase  30.1 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.243221  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  30.33 
 
 		 882 aa  120  3e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.1 
 
 		 328 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 369 aa  120  3e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 476 aa  120  3e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  27.52 
 
 		 659 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0428  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.74 
 
 		 455 aa  119  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>