More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_2082 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_2082  dihydrouridine synthase DuS  100 
 
 
331 aa  663    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0389  dihydrouridine synthase family protein  56.21 
 
 
378 aa  358  6e-98  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2019  dihydrouridine synthase DuS  59.4 
 
 
351 aa  357  1.9999999999999998e-97  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2907  dihydrouridine synthase, DuS  58.39 
 
 
449 aa  356  3.9999999999999996e-97  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.182902  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3463  dihydrouridine synthase DuS  48.73 
 
 
324 aa  321  9.999999999999999e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1079  dihydrouridine synthase DuS  47.02 
 
 
328 aa  289  5.0000000000000004e-77  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.224362  normal  0.224142 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  39.54 
 
 
325 aa  191  1e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.27 
 
 
324 aa  187  2e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.22 
 
 
321 aa  187  2e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.26 
 
 
321 aa  186  5e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  37.84 
 
 
342 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.35 
 
 
326 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.58 
 
 
325 aa  181  2e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  33.77 
 
 
318 aa  177  2e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0828  nifR3 family TIM-barrel protein  35 
 
 
306 aa  176  5e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00297059  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0851  NifR3 family TIM-barrel protein  35 
 
 
306 aa  176  5e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.256251  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  33.86 
 
 
333 aa  169  6e-41  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  29.13 
 
 
322 aa  166  5e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  29.64 
 
 
347 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  33.55 
 
 
326 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  35.81 
 
 
347 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.49 
 
 
328 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0247  tRNA-dihydrouridine synthase B  30.13 
 
 
306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.244881  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0937  phosphoribosylamine--glycine ligase  33.68 
 
 
307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.97 
 
 
358 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0286  dihydrouridine synthase DuS  31.87 
 
 
324 aa  164  3e-39  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.902686  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  34.38 
 
 
341 aa  164  3e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.08 
 
 
320 aa  162  5.0000000000000005e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.88 
 
 
334 aa  162  5.0000000000000005e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  34.75 
 
 
370 aa  162  7e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.29 
 
 
327 aa  161  1e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.92 
 
 
334 aa  161  1e-38  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.76 
 
 
357 aa  160  3e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1169  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.01 
 
 
318 aa  160  4e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  36.42 
 
 
329 aa  158  1e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  32.21 
 
 
324 aa  157  2e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  33.01 
 
 
347 aa  157  2e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.36 
 
 
330 aa  157  3e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  30 
 
 
326 aa  157  3e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  30 
 
 
326 aa  157  3e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1528  dihydrouridine synthase DuS  33.01 
 
 
301 aa  156  4e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000383307  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0374  dihydrouridine synthase, DuS  32.13 
 
 
295 aa  156  5.0000000000000005e-37  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.918331  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.7 
 
 
336 aa  155  7e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.7 
 
 
336 aa  155  7e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.64 
 
 
393 aa  155  1e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2060  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.52 
 
 
394 aa  155  1e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.453672 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  33.23 
 
 
373 aa  155  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0368  dihydrouridine synthase DuS  33.66 
 
 
322 aa  155  1e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1752  dihydrouridine synthase (Dus) superfamily protein  31.72 
 
 
307 aa  154  2e-36  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0711184  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.87 
 
 
322 aa  154  2e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.82 
 
 
347 aa  154  2e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  29.64 
 
 
319 aa  154  2e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.77 
 
 
337 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.69 
 
 
347 aa  154  2.9999999999999998e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0455  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.9 
 
 
384 aa  153  5e-36  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  29.69 
 
 
333 aa  152  5.9999999999999996e-36  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0158  tRNA-dihydrouridine synthase B  29.97 
 
 
305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.116258  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  33.22 
 
 
349 aa  152  8e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  30.92 
 
 
334 aa  152  8e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.92 
 
 
346 aa  152  8.999999999999999e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  31.27 
 
 
333 aa  151  1e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.98 
 
 
350 aa  152  1e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  31.41 
 
 
351 aa  150  2e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.54 
 
 
354 aa  150  2e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1670  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.9 
 
 
400 aa  151  2e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37590  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  33.11 
 
 
379 aa  150  2e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.298865 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.07 
 
 
326 aa  151  2e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.85 
 
 
354 aa  150  3e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3790  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.38 
 
 
352 aa  150  3e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  30.29 
 
 
335 aa  150  3e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.48 
 
 
398 aa  149  4e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.99 
 
 
353 aa  149  5e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.67 
 
 
351 aa  149  5e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.41 
 
 
328 aa  149  6e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0118  tRNA-dihydrouridine synthase B  28.85 
 
 
308 aa  149  7e-35  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  32.99 
 
 
353 aa  149  8e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  29.74 
 
 
335 aa  149  8e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.64 
 
 
335 aa  148  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0533  NifR3 family protein  28.98 
 
 
310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.25 
 
 
352 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  29.74 
 
 
335 aa  147  2.0000000000000003e-34  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0136  tRNA-dihydrouridine synthase B  28.85 
 
 
308 aa  148  2.0000000000000003e-34  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  33 
 
 
325 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  31.07 
 
 
356 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.05 
 
 
321 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  35.23 
 
 
327 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  29.7 
 
 
335 aa  147  2.0000000000000003e-34  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2300  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.37 
 
 
351 aa  148  2.0000000000000003e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0905985  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  28.3 
 
 
333 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7030  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.92 
 
 
379 aa  148  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.417643 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0210  tRNA-dihydrouridine synthase B  29.73 
 
 
308 aa  147  3e-34  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3027  nifR3 family TIM-barrel protein  32.69 
 
 
348 aa  147  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.362905 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  31.53 
 
 
362 aa  146  4.0000000000000006e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0536  dihydrouridine synthase DuS  30.56 
 
 
312 aa  146  5e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0115488  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16990  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  32.05 
 
 
415 aa  145  8.000000000000001e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.56447  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1525  nifR3 family TIM-barrel protein  26.93 
 
 
320 aa  145  9e-34  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000000166 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  28.25 
 
 
330 aa  145  1e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0048  nifR3 family TIM-barrel protein  32.24 
 
 
335 aa  144  2e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.11245  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06240  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  31.94 
 
 
436 aa  143  4e-33  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0894  nifR3 family TIM-barrel protein  30.91 
 
 
353 aa  143  4e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>