More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2560 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 
352 aa  722    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  78.35 
 
 
354 aa  577  1e-164  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  78.39 
 
 
347 aa  574  1.0000000000000001e-163  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  76.68 
 
 
348 aa  559  1e-158  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  73.78 
 
 
347 aa  535  1e-151  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  73.99 
 
 
346 aa  514  1.0000000000000001e-145  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  70.32 
 
 
347 aa  484  1e-135  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  51.71 
 
 
358 aa  329  4e-89  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  50.15 
 
 
330 aa  325  7e-88  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.57 
 
 
354 aa  323  2e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  50 
 
 
329 aa  323  3e-87  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.68 
 
 
329 aa  318  6e-86  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.63 
 
 
329 aa  318  9e-86  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0818  hypothetical protein  53.62 
 
 
327 aa  315  6e-85  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.540115 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.96 
 
 
327 aa  314  9.999999999999999e-85  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  47.85 
 
 
332 aa  307  2.0000000000000002e-82  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0018  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.47 
 
 
335 aa  298  6e-80  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.380372  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.59 
 
 
345 aa  295  9e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  45.91 
 
 
333 aa  284  1.0000000000000001e-75  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  43.93 
 
 
333 aa  284  1.0000000000000001e-75  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  44.59 
 
 
319 aa  268  1e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  42.9 
 
 
347 aa  265  7e-70  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  44.33 
 
 
318 aa  265  1e-69  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  41.61 
 
 
326 aa  257  2e-67  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  41.61 
 
 
326 aa  257  2e-67  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.19 
 
 
357 aa  256  4e-67  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  42.72 
 
 
332 aa  255  7e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  42.32 
 
 
347 aa  255  9e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.81 
 
 
322 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  42.41 
 
 
332 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.51 
 
 
334 aa  253  2.0000000000000002e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  42.11 
 
 
332 aa  252  6e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  41.8 
 
 
332 aa  252  8.000000000000001e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  41.8 
 
 
332 aa  252  8.000000000000001e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  41.8 
 
 
332 aa  251  1e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  41.8 
 
 
332 aa  251  1e-65  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  41.8 
 
 
332 aa  251  1e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  41.8 
 
 
332 aa  251  1e-65  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.98 
 
 
328 aa  250  3e-65  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.19 
 
 
320 aa  248  2e-64  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.42 
 
 
337 aa  247  3e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  42.04 
 
 
351 aa  245  9.999999999999999e-64  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.59 
 
 
333 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.31 
 
 
350 aa  244  1.9999999999999999e-63  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.14 
 
 
332 aa  243  3.9999999999999997e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  41.53 
 
 
324 aa  242  5e-63  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.58 
 
 
324 aa  243  5e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  41.53 
 
 
324 aa  242  5e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.39 
 
 
321 aa  241  1e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  41.4 
 
 
334 aa  241  1e-62  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  39.62 
 
 
333 aa  238  1e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  42 
 
 
327 aa  236  3e-61  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  39.24 
 
 
324 aa  236  3e-61  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  39.87 
 
 
322 aa  236  4e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  41 
 
 
325 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.43 
 
 
332 aa  232  9e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.25 
 
 
337 aa  230  2e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  40.74 
 
 
320 aa  228  8e-59  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.14 
 
 
325 aa  228  1e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  38.12 
 
 
333 aa  227  2e-58  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  38.89 
 
 
335 aa  228  2e-58  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.17 
 
 
353 aa  228  2e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.99 
 
 
321 aa  227  3e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  37.35 
 
 
325 aa  226  4e-58  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.78 
 
 
336 aa  224  1e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  39.13 
 
 
350 aa  224  1e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.78 
 
 
336 aa  224  1e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  39.3 
 
 
325 aa  224  2e-57  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39 
 
 
351 aa  223  3e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.14 
 
 
327 aa  223  4e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.14 
 
 
326 aa  223  4e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  40.94 
 
 
308 aa  223  4.9999999999999996e-57  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  39.94 
 
 
325 aa  222  7e-57  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.33 
 
 
343 aa  222  7e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  37.42 
 
 
342 aa  222  9e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  36.51 
 
 
334 aa  221  9.999999999999999e-57  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.79 
 
 
332 aa  220  1.9999999999999999e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.9 
 
 
334 aa  220  3e-56  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  40.69 
 
 
338 aa  220  3e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.34 
 
 
321 aa  219  5e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  41.2 
 
 
327 aa  219  5e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.62 
 
 
326 aa  218  1e-55  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.67 
 
 
338 aa  218  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  42.16 
 
 
332 aa  218  2e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.75 
 
 
353 aa  217  2.9999999999999998e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  42.72 
 
 
334 aa  217  2.9999999999999998e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.32 
 
 
331 aa  216  2.9999999999999998e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  39.6 
 
 
330 aa  216  5e-55  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  41.33 
 
 
353 aa  216  5.9999999999999996e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.6 
 
 
330 aa  215  7e-55  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  39.75 
 
 
353 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  40.13 
 
 
329 aa  215  9.999999999999999e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  36.66 
 
 
317 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.02 
 
 
328 aa  214  1.9999999999999998e-54  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  38.82 
 
 
333 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  42.01 
 
 
319 aa  214  2.9999999999999995e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  39.4 
 
 
343 aa  212  5.999999999999999e-54  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.26 
 
 
355 aa  212  5.999999999999999e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.26 
 
 
355 aa  213  5.999999999999999e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.93 
 
 
381 aa  212  7.999999999999999e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>