More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene STER_0231 on replicon NC_008532
Organism: Streptococcus thermophilus LMD-9



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  100 
 
 
325 aa  671    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  87.08 
 
 
325 aa  601  1.0000000000000001e-171  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  55.56 
 
 
333 aa  374  1e-102  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  54.83 
 
 
335 aa  355  6.999999999999999e-97  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.37 
 
 
333 aa  348  5e-95  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  53.82 
 
 
332 aa  331  1e-89  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  52.22 
 
 
332 aa  328  9e-89  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  52.19 
 
 
334 aa  328  9e-89  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  50.95 
 
 
332 aa  325  5e-88  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  51.9 
 
 
332 aa  325  5e-88  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  51.9 
 
 
332 aa  325  5e-88  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  50.95 
 
 
332 aa  325  5e-88  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  50 
 
 
332 aa  324  1e-87  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  51.8 
 
 
332 aa  323  2e-87  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  52.16 
 
 
332 aa  323  3e-87  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  52.12 
 
 
324 aa  317  1e-85  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  52.12 
 
 
324 aa  317  1e-85  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.33 
 
 
328 aa  283  3.0000000000000004e-75  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.69 
 
 
322 aa  282  4.0000000000000003e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  44.48 
 
 
319 aa  272  6e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  43.97 
 
 
308 aa  260  2e-68  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  41.96 
 
 
347 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  41.04 
 
 
318 aa  252  7e-66  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  46.02 
 
 
325 aa  250  3e-65  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  39.94 
 
 
333 aa  246  4e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  39.75 
 
 
322 aa  243  1.9999999999999999e-63  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.8 
 
 
325 aa  241  1e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.33 
 
 
320 aa  238  8e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  40.92 
 
 
332 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  40.92 
 
 
332 aa  233  3e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  42.41 
 
 
334 aa  231  1e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.66 
 
 
321 aa  229  5e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.46 
 
 
332 aa  226  5.0000000000000005e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  40.91 
 
 
324 aa  226  5.0000000000000005e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.68 
 
 
358 aa  224  2e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.3 
 
 
352 aa  224  2e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.62 
 
 
347 aa  223  3e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.69 
 
 
343 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  38.22 
 
 
325 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.85 
 
 
348 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.15 
 
 
334 aa  220  3e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  41.44 
 
 
332 aa  220  3e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.4 
 
 
324 aa  219  7e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.78 
 
 
354 aa  218  1e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  39.75 
 
 
350 aa  218  1e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  38.89 
 
 
336 aa  218  1e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.35 
 
 
331 aa  218  1e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.97 
 
 
350 aa  217  2e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  39.4 
 
 
326 aa  217  2e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  39.4 
 
 
326 aa  217  2e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  37.26 
 
 
322 aa  217  2.9999999999999998e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.08 
 
 
337 aa  216  4e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2300  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.7 
 
 
351 aa  216  5e-55  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0905985  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  38.6 
 
 
337 aa  216  5e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  38.3 
 
 
337 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  39.32 
 
 
332 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.17 
 
 
354 aa  213  1.9999999999999998e-54  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.73 
 
 
346 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  39.16 
 
 
329 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  35.19 
 
 
347 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.39 
 
 
357 aa  213  3.9999999999999995e-54  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  37.34 
 
 
351 aa  213  4.9999999999999996e-54  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  36.16 
 
 
333 aa  213  4.9999999999999996e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  37.99 
 
 
337 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  38.02 
 
 
347 aa  212  5.999999999999999e-54  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.19 
 
 
321 aa  212  7.999999999999999e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  38.04 
 
 
332 aa  212  7.999999999999999e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.84 
 
 
370 aa  211  1e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.59 
 
 
323 aa  211  1e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  38.51 
 
 
326 aa  211  1e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  37.99 
 
 
337 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.61 
 
 
343 aa  210  2e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.79 
 
 
332 aa  211  2e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0615  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.08 
 
 
336 aa  210  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150397  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  39.66 
 
 
333 aa  209  5e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.51 
 
 
321 aa  209  6e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.03 
 
 
330 aa  208  9e-53  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  37.97 
 
 
343 aa  207  1e-52  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.62 
 
 
327 aa  207  1e-52  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4864  TIM-barrel protein, putative, NifR3 family  38.46 
 
 
337 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.77 
 
 
337 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  36.83 
 
 
330 aa  207  2e-52  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.31 
 
 
328 aa  207  2e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03118  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.92 
 
 
321 aa  207  3e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.220754  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0446  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.92 
 
 
321 aa  207  3e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000559244  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3453  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.92 
 
 
321 aa  207  3e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.247e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0446  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.92 
 
 
321 aa  207  3e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000179057  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3682  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.41 
 
 
321 aa  207  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0164412  normal  0.105701 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.41 
 
 
321 aa  207  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000576344  normal  0.0689485 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3575  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.41 
 
 
321 aa  207  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000520187  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03069  hypothetical protein  37.92 
 
 
321 aa  207  3e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.249652  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3555  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.92 
 
 
321 aa  207  3e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446962  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3576  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.41 
 
 
321 aa  207  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000997743  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4577  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.92 
 
 
321 aa  207  3e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000029753  normal  0.0792821 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3648  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.41 
 
 
321 aa  207  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00267806  hitchhiker  0.000397185 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3643  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.92 
 
 
321 aa  207  3e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000124193  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.92 
 
 
321 aa  207  3e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000491919  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3699  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.58 
 
 
321 aa  206  4e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.426337  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  36.71 
 
 
334 aa  206  4e-52  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.16 
 
 
329 aa  206  5e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>