More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_1810 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 
338 aa  685    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  92.38 
 
 
315 aa  588  1e-167  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  70.34 
 
 
332 aa  471  1e-132  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1088  nifR3 family TIM-barrel protein  69.37 
 
 
337 aa  467  9.999999999999999e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.267708  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2070  nifR3 family TIM-barrel protein  64.29 
 
 
349 aa  409  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0124103  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1077  nitrogen regulation protein Nifr3  65.36 
 
 
333 aa  390  1e-107  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00730813  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1119  nitrogen regulation protein Nifr3  64.71 
 
 
333 aa  385  1e-106  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.919164  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1620  nifR3 family TIM-barrel protein  59.81 
 
 
354 aa  365  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2588  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  57.28 
 
 
353 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.225137  hitchhiker  0.00524476 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  54.43 
 
 
328 aa  332  5e-90  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2576  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  54.18 
 
 
356 aa  332  7.000000000000001e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.04538  normal  0.387025 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  54.6 
 
 
347 aa  330  2e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2861  TIM-barrel protein, nifR3 family  56.04 
 
 
333 aa  330  3e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4068  putative tRNA-dihydrouridine synthase (nitrogen regulation protein nifR3)  57.42 
 
 
317 aa  330  3e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.417237 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2884  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  61.11 
 
 
354 aa  328  6e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.423298  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1835  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  54.46 
 
 
349 aa  328  9e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.430018  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5928  NifR3 family TIM-barrel protein  55.16 
 
 
358 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235316  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1443  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  54.77 
 
 
349 aa  318  9e-86  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.915684 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.66 
 
 
327 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3131  nifR3 family TIM-barrel protein  55.82 
 
 
341 aa  309  5e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.187121  normal  0.248814 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1576  tRNA-dihydrouidine synthase  56.33 
 
 
333 aa  307  2.0000000000000002e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549803  normal  0.0427805 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6537  TIM-barrel protein, nifR3 family  54.39 
 
 
357 aa  306  3e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4131  nifR3 family TIM-barrel protein  52.83 
 
 
349 aa  299  4e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2936  TIM-barrel protein, nifR3 family  54.88 
 
 
342 aa  297  2e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123806  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1440  nifR3 family TIM-barrel protein  54.55 
 
 
356 aa  296  4e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0100604  hitchhiker  0.0000369781 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2818  NifR3 family TIM-barrel protein  53.87 
 
 
342 aa  295  8e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.404964 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  49.47 
 
 
320 aa  290  3e-77  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.33 
 
 
353 aa  289  6e-77  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  49.53 
 
 
351 aa  286  2.9999999999999996e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  50.52 
 
 
332 aa  285  5.999999999999999e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  47.95 
 
 
333 aa  283  2.0000000000000002e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  51.59 
 
 
331 aa  284  2.0000000000000002e-75  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1486  nifR3 family TIM-barrel protein  55.11 
 
 
326 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.776199 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1517  NifR3 family TIM-barrel protein  47.65 
 
 
350 aa  283  3.0000000000000004e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0632964 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1458  nifR3 family TIM-barrel protein  55.11 
 
 
326 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.425307 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2836  tRNA-dihydrouridine synthase, nifR3  55.11 
 
 
326 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  43.63 
 
 
317 aa  276  3e-73  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3045  TIM-barrel protein, nifR3 family  53.54 
 
 
342 aa  276  4e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  53.17 
 
 
353 aa  276  4e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.23 
 
 
317 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  48.3 
 
 
332 aa  270  2e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2170  NifR3 family TIM-barrel protein  52.2 
 
 
341 aa  271  2e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.565467 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.57 
 
 
343 aa  263  2e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4401  nifR3 family TIM-barrel protein  51.93 
 
 
345 aa  263  3e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.9 
 
 
332 aa  263  4e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  48.08 
 
 
332 aa  261  2e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  46.89 
 
 
327 aa  259  5.0000000000000005e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.6 
 
 
331 aa  259  5.0000000000000005e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  44.52 
 
 
338 aa  258  7e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  48.61 
 
 
346 aa  258  7e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.08 
 
 
327 aa  257  2e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  44.98 
 
 
333 aa  255  8e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  46.21 
 
 
319 aa  254  1.0000000000000001e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.08 
 
 
322 aa  254  2.0000000000000002e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  47.2 
 
 
337 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3575  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.28 
 
 
321 aa  252  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000520187  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3648  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.28 
 
 
321 aa  252  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00267806  hitchhiker  0.000397185 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3682  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.28 
 
 
321 aa  252  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0164412  normal  0.105701 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.28 
 
 
321 aa  252  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000576344  normal  0.0689485 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3576  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.28 
 
 
321 aa  252  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000997743  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  47.1 
 
 
338 aa  252  8.000000000000001e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.16 
 
 
337 aa  251  9.000000000000001e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3699  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.95 
 
 
321 aa  251  1e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.426337  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.3 
 
 
352 aa  251  2e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03118  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.95 
 
 
321 aa  249  3e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.220754  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0446  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.95 
 
 
321 aa  249  3e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000559244  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4577  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.95 
 
 
321 aa  249  3e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000029753  normal  0.0792821 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03069  hypothetical protein  45.95 
 
 
321 aa  249  3e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.249652  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.1 
 
 
355 aa  250  3e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0446  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.95 
 
 
321 aa  249  3e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000179057  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.95 
 
 
321 aa  249  3e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000491919  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3453  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.95 
 
 
321 aa  249  3e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.247e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3555  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.95 
 
 
321 aa  249  3e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446962  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3643  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.95 
 
 
321 aa  249  3e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000124193  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.1 
 
 
355 aa  249  4e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  46.02 
 
 
332 aa  249  4e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  45.67 
 
 
332 aa  249  5e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.28 
 
 
321 aa  249  7e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  46.5 
 
 
337 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  46.5 
 
 
337 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0241  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.28 
 
 
321 aa  248  1e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.32 
 
 
323 aa  248  1e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.49 
 
 
337 aa  247  2e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.04 
 
 
381 aa  247  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0486  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.86 
 
 
349 aa  247  2e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.322673  normal  0.029488 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.71 
 
 
355 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  46.71 
 
 
355 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  46.71 
 
 
355 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.7 
 
 
353 aa  246  4.9999999999999997e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1130  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.1 
 
 
356 aa  246  4.9999999999999997e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353247  normal  0.37183 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  46.55 
 
 
343 aa  245  6.999999999999999e-64  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  47.78 
 
 
332 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  46.5 
 
 
337 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.71 
 
 
355 aa  245  8e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.02 
 
 
346 aa  245  9e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.08 
 
 
343 aa  245  9e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  46.08 
 
 
356 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  46.37 
 
 
354 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.53 
 
 
356 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  45.58 
 
 
356 aa  244  1.9999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>