More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_0279 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  100 
 
 		 335 aa  694    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  66.36 
 
 		 333 aa  454  1e-127  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  60.06 
 
 		 332 aa  410  1e-113  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  59.15 
 
 		 332 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  58.54 
 
 		 332 aa  402  1e-111  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  58.54 
 
 		 332 aa  402  1e-111  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  58.54 
 
 		 332 aa  401  1e-111  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  58.41 
 
 		 332 aa  402  1e-111  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  58.41 
 
 		 332 aa  402  1e-111  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  58.41 
 
 		 332 aa  403  1e-111  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  58.54 
 
 		 332 aa  402  1e-111  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  61.46 
 
 		 333 aa  397  9.999999999999999e-111  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  58.75 
 
 		 324 aa  394  1e-108  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  58.75 
 
 		 324 aa  394  1e-108  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  56.66 
 
 		 334 aa  383  1e-105  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  54.83 
 
 		 325 aa  355  6.999999999999999e-97  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  54.09 
 
 		 325 aa  345  5e-94  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.79 
 
 		 328 aa  322  4e-87  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.32 
 
 		 322 aa  298  7e-80  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  45.45 
 
 		 319 aa  294  2e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  44.27 
 
 		 325 aa  286  2.9999999999999996e-76  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  44.81 
 
 		 308 aa  284  2.0000000000000002e-75  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  42.63 
 
 		 322 aa  281  9e-75  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.9 
 
 		 320 aa  281  1e-74  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  42.59 
 
 		 347 aa  274  1.0000000000000001e-72  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  41.67 
 
 		 318 aa  274  2.0000000000000002e-72  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  40.73 
 
 		 333 aa  268  7e-71  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  41.56 
 
 		 324 aa  265  1e-69  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.14 
 
 		 358 aa  256  3e-67  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.55 
 
 		 343 aa  250  3e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  41.3 
 
 		 330 aa  248  1e-64  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  38.12 
 
 		 326 aa  247  2e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  38.12 
 
 		 326 aa  247  2e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.39 
 
 		 325 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.18 
 
 		 321 aa  242  7e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  41.1 
 
 		 336 aa  240  2.9999999999999997e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.86 
 
 		 321 aa  237  2e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0818  hypothetical protein  40.92 
 
 		 327 aa  237  2e-61  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.540115 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.72 
 
 		 337 aa  237  2e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  43.84 
 
 		 334 aa  238  2e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.51 
 
 		 337 aa  236  4e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  36.79 
 
 		 325 aa  236  5.0000000000000005e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.05 
 
 		 354 aa  235  6e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  39.58 
 
 		 350 aa  235  8e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  40.53 
 
 		 332 aa  235  8e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  37.38 
 
 		 347 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.46 
 
 		 324 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  40.53 
 
 		 332 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.35 
 
 		 332 aa  234  2.0000000000000002e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.39 
 
 		 345 aa  233  3e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.41 
 
 		 321 aa  233  3e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.22 
 
 		 328 aa  233  4.0000000000000004e-60  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.38 
 
 		 343 aa  232  6e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  39.06 
 
 		 343 aa  232  7.000000000000001e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  35.33 
 
 		 342 aa  232  7.000000000000001e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  39.13 
 
 		 322 aa  231  1e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  37.89 
 
 		 329 aa  231  1e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.07 
 
 		 323 aa  231  1e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  37.27 
 
 		 333 aa  230  2e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.2 
 
 		 347 aa  231  2e-59  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.82 
 
 		 329 aa  231  2e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3688  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.42 
 
 		 321 aa  229  4e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.51601  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  38.24 
 
 		 354 aa  228  7e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.42 
 
 		 322 aa  228  1e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.32 
 
 		 329 aa  228  1e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.3 
 
 		 334 aa  227  2e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.89 
 
 		 352 aa  228  2e-58  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  37.62 
 
 		 355 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.62 
 
 		 355 aa  227  3e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.04 
 
 		 354 aa  227  3e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  37.61 
 
 		 332 aa  226  3e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.31 
 
 		 332 aa  226  3e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.62 
 
 		 355 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  37.62 
 
 		 355 aa  226  3e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  37.62 
 
 		 355 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  37.62 
 
 		 355 aa  226  3e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.29 
 
 		 351 aa  226  4e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0400  nifR3 family TIM-barrel protein  38.24 
 
 		 322 aa  226  4e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000147464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3625  nifR3 family TIM-barrel protein  38.24 
 
 		 322 aa  226  4e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000178028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0399  nifR3 family TIM-barrel protein  38.24 
 
 		 322 aa  226  4e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000108898  normal  0.147817 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4080  NifR3 family TIM-barrel protein  38.56 
 
 		 322 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000239113  decreased coverage  0.00475521 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3887  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.56 
 
 		 322 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000216775  hitchhiker  0.0000134738 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.42 
 
 		 348 aa  226  5.0000000000000005e-58  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3964  nifR3 family TIM-barrel protein  38.56 
 
 		 322 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000968701  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3939  nifR3 family TIM-barrel protein  38.56 
 
 		 322 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000494088  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.27 
 
 		 332 aa  226  5.0000000000000005e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  37.3 
 
 		 355 aa  225  6e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.16 
 
 		 346 aa  225  7e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.54 
 
 		 327 aa  225  7e-58  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3846  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.79 
 
 		 321 aa  225  7e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.123531  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.8 
 
 		 331 aa  225  8e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.62 
 
 		 381 aa  225  8e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0454  putative TIM-barrel protein, nifR3 family protein  38.87 
 
 		 320 aa  225  9e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000230608  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  36.1 
 
 		 331 aa  224  1e-57  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0445  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.93 
 
 		 322 aa  224  1e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000152787  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  37.08 
 
 		 347 aa  224  2e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  36.94 
 
 		 329 aa  223  3e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0394  hypothetical protein  37.93 
 
 		 322 aa  223  4e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  39.68 
 
 		 346 aa  223  4.9999999999999996e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  39.41 
 
 		 373 aa  223  4.9999999999999996e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>