More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1005 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  100 
 
 		 325 aa  656    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  77.74 
 
 		 324 aa  514  1.0000000000000001e-145  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  66.67 
 
 		 321 aa  454  1.0000000000000001e-126  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  67.4 
 
 		 321 aa  451  1.0000000000000001e-126  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  67.7 
 
 		 347 aa  445  1.0000000000000001e-124  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  59.75 
 
 		 325 aa  408  1e-113  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  58.81 
 
 		 329 aa  372  1e-102  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  54.4 
 
 		 342 aa  353  2e-96  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  45.18 
 
 		 322 aa  293  2e-78  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  45.11 
 
 		 324 aa  291  8e-78  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  42.72 
 
 		 333 aa  282  5.000000000000001e-75  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  42.77 
 
 		 347 aa  281  1e-74  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  46.86 
 
 		 319 aa  281  1e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.79 
 
 		 322 aa  280  2e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  45.71 
 
 		 318 aa  280  2e-74  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  41.72 
 
 		 326 aa  279  5e-74  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  41.72 
 
 		 326 aa  279  5e-74  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.69 
 
 		 320 aa  276  2e-73  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  43.81 
 
 		 326 aa  276  4e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.23 
 
 		 328 aa  273  4.0000000000000004e-72  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.54 
 
 		 351 aa  265  8.999999999999999e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  40.51 
 
 		 320 aa  262  6.999999999999999e-69  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.75 
 
 		 334 aa  255  9e-67  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.61 
 
 		 326 aa  254  1.0000000000000001e-66  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  41.3 
 
 		 362 aa  253  4.0000000000000004e-66  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.38 
 
 		 351 aa  252  7e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.88 
 
 		 333 aa  251  1e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.56 
 
 		 332 aa  250  2e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.25 
 
 		 332 aa  250  2e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  39.38 
 
 		 333 aa  248  7e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  39.44 
 
 		 325 aa  248  8e-65  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.13 
 
 		 326 aa  248  8e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.78 
 
 		 330 aa  248  9e-65  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  40 
 
 		 349 aa  247  2e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  44.3 
 
 		 373 aa  246  3e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  40.87 
 
 		 332 aa  246  3e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.14 
 
 		 358 aa  246  4e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  41.18 
 
 		 332 aa  246  6e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  40.87 
 
 		 332 aa  245  9e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  40.87 
 
 		 332 aa  245  9e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  40.56 
 
 		 332 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  40.87 
 
 		 332 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  40.87 
 
 		 332 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  41.18 
 
 		 332 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  44.76 
 
 		 334 aa  243  3e-63  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.44 
 
 		 317 aa  242  6e-63  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0048  nifR3 family TIM-barrel protein  40 
 
 		 335 aa  241  9e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.11245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  40.56 
 
 		 332 aa  241  1e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.71 
 
 		 347 aa  240  2e-62  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.17 
 
 		 343 aa  240  2e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  37.79 
 
 		 317 aa  239  2.9999999999999997e-62  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  40 
 
 		 334 aa  239  4e-62  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  40.38 
 
 		 333 aa  239  5e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  40.82 
 
 		 324 aa  239  6.999999999999999e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  40.82 
 
 		 324 aa  239  6.999999999999999e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.19 
 
 		 337 aa  238  8e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  39.03 
 
 		 333 aa  238  1e-61  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3790  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.73 
 
 		 352 aa  238  1e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.31 
 
 		 327 aa  237  2e-61  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.94 
 
 		 370 aa  236  3e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  36.79 
 
 		 335 aa  236  4e-61  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.59 
 
 		 354 aa  235  6e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  42.07 
 
 		 336 aa  235  7e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.33 
 
 		 348 aa  235  1.0000000000000001e-60  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  41 
 
 		 352 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41 
 
 		 354 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  39.78 
 
 		 308 aa  233  3e-60  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3699  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.74 
 
 		 321 aa  232  5e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.426337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3847  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.17 
 
 		 348 aa  232  7.000000000000001e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  38.27 
 
 		 332 aa  231  1e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  40.95 
 
 		 332 aa  231  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  40.95 
 
 		 332 aa  230  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.6 
 
 		 327 aa  230  2e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  40.8 
 
 		 354 aa  230  2e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  38.59 
 
 		 330 aa  231  2e-59  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  42 
 
 		 347 aa  230  2e-59  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  38.96 
 
 		 357 aa  230  3e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.25 
 
 		 337 aa  229  3e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.25 
 
 		 346 aa  229  5e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.81 
 
 		 355 aa  229  5e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0441  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.39 
 
 		 320 aa  229  5e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  40.8 
 
 		 355 aa  229  5e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  40.8 
 
 		 355 aa  229  5e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  42.04 
 
 		 353 aa  229  6e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  42.23 
 
 		 341 aa  229  6e-59  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3933  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.57 
 
 		 348 aa  229  7e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  37.1 
 
 		 331 aa  228  8e-59  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  42.58 
 
 		 322 aa  228  1e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.07 
 
 		 321 aa  228  1e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.81 
 
 		 355 aa  228  1e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  41 
 
 		 346 aa  228  1e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  39.69 
 
 		 355 aa  228  1e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.87 
 
 		 381 aa  228  1e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.56 
 
 		 353 aa  228  1e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.29 
 
 		 357 aa  227  2e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1003  hypothetical protein  38.82 
 
 		 323 aa  227  2e-58  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.69 
 
 		 355 aa  227  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  40.68 
 
 		 337 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  40.49 
 
 		 355 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  42.22 
 
 		 332 aa  227  2e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>