More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Adeh_3790 on replicon NC_007760
Organism: Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007760  Adeh_3790  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  100 
 
 		 352 aa  702    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3933  TIM-barrel protein, nifR3 family  96.02 
 
 		 348 aa  596  1e-169  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3847  TIM-barrel protein, nifR3 family  95.45 
 
 		 348 aa  593  1e-168  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3909  nifR3 family TIM-barrel protein  81.82 
 
 		 348 aa  531  1e-150  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329543  normal  0.406839 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  43.69 
 
 		 319 aa  279  4e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.33 
 
 		 324 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  41.1 
 
 		 322 aa  274  2.0000000000000002e-72  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  43.37 
 
 		 347 aa  273  4.0000000000000004e-72  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.94 
 
 		 321 aa  270  2e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.51 
 
 		 320 aa  266  5e-70  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.33 
 
 		 321 aa  264  2e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.92 
 
 		 325 aa  259  4e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.57 
 
 		 334 aa  258  1e-67  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  41.56 
 
 		 318 aa  258  1e-67  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  42.07 
 
 		 347 aa  256  3e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.8 
 
 		 322 aa  256  3e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  43.91 
 
 		 325 aa  255  6e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.29 
 
 		 343 aa  252  9.000000000000001e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  40 
 
 		 324 aa  250  2e-65  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.9 
 
 		 328 aa  248  1e-64  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  42.86 
 
 		 326 aa  246  4e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  37.18 
 
 		 326 aa  244  9.999999999999999e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  37.18 
 
 		 326 aa  244  9.999999999999999e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  38.91 
 
 		 333 aa  244  1.9999999999999999e-63  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  41.28 
 
 		 329 aa  243  3e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  38.72 
 
 		 342 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.85 
 
 		 333 aa  238  9e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.83 
 
 		 330 aa  238  1e-61  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41 
 
 		 354 aa  236  3e-61  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  46.13 
 
 		 334 aa  236  3e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  40.49 
 
 		 332 aa  236  3e-61  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.87 
 
 		 352 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.67 
 
 		 348 aa  233  3e-60  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  40.37 
 
 		 346 aa  233  4.0000000000000004e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  39.76 
 
 		 332 aa  232  7.000000000000001e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  39.88 
 
 		 332 aa  231  1e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  39.88 
 
 		 332 aa  231  1e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  39.88 
 
 		 332 aa  231  2e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  36.45 
 
 		 325 aa  231  2e-59  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  37.66 
 
 		 308 aa  231  2e-59  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  39.88 
 
 		 332 aa  231  2e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  37.32 
 
 		 350 aa  230  3e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.51 
 
 		 355 aa  230  3e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  40.51 
 
 		 355 aa  230  3e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.51 
 
 		 355 aa  230  3e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  40.51 
 
 		 355 aa  230  3e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.67 
 
 		 347 aa  229  4e-59  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.88 
 
 		 351 aa  229  4e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  39.63 
 
 		 332 aa  229  4e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  39.88 
 
 		 332 aa  229  6e-59  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  39.88 
 
 		 332 aa  229  7e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  39.57 
 
 		 332 aa  229  7e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  41.75 
 
 		 332 aa  229  7e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.78 
 
 		 337 aa  228  8e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  41.4 
 
 		 337 aa  229  8e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  40.65 
 
 		 356 aa  228  9e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  41.42 
 
 		 332 aa  228  1e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  40.89 
 
 		 324 aa  227  2e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.26 
 
 		 337 aa  227  2e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  40 
 
 		 355 aa  227  2e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  40.89 
 
 		 324 aa  227  2e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.28 
 
 		 327 aa  227  2e-58  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  40.19 
 
 		 355 aa  228  2e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  40.19 
 
 		 355 aa  227  2e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  40 
 
 		 355 aa  227  2e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  39.87 
 
 		 354 aa  227  3e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.47 
 
 		 332 aa  226  4e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  38.6 
 
 		 333 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.34 
 
 		 398 aa  225  7e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  41.08 
 
 		 337 aa  225  9e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  41.08 
 
 		 337 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.71 
 
 		 357 aa  225  1e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  37.72 
 
 		 338 aa  224  2e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.67 
 
 		 346 aa  224  2e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.02 
 
 		 323 aa  224  2e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  42.53 
 
 		 332 aa  223  3e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  39.57 
 
 		 327 aa  223  4e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.18 
 
 		 322 aa  223  4e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.91 
 
 		 331 aa  223  4e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  40.76 
 
 		 337 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.49 
 
 		 381 aa  223  4.9999999999999996e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  37.01 
 
 		 355 aa  222  9e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.43 
 
 		 358 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.61 
 
 		 356 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.91 
 
 		 332 aa  221  1.9999999999999999e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  35.94 
 
 		 320 aa  220  3e-56  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.39 
 
 		 346 aa  220  3e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.41 
 
 		 350 aa  220  3.9999999999999997e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  36.09 
 
 		 334 aa  219  5e-56  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  39.33 
 
 		 347 aa  219  5e-56  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.51 
 
 		 352 aa  218  1e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.39 
 
 		 337 aa  218  1e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  35.8 
 
 		 351 aa  217  2e-55  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0486  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.84 
 
 		 349 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.322673  normal  0.029488 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  37.93 
 
 		 357 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.19 
 
 		 343 aa  217  2.9999999999999998e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  37.86 
 
 		 343 aa  216  5e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.9 
 
 		 326 aa  216  7e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1579  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.53 
 
 		 338 aa  216  7e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.637101  normal  0.403253 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  39.75 
 
 		 322 aa  215  8e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>