More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCAP_0837 on replicon NC_007633
Organism: Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  100 
 
 
308 aa  630  1e-180  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  72.73 
 
 
325 aa  469  1.0000000000000001e-131  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  46.71 
 
 
319 aa  293  2e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  45.45 
 
 
332 aa  286  2.9999999999999996e-76  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  45.45 
 
 
332 aa  286  2.9999999999999996e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  46.28 
 
 
332 aa  286  2.9999999999999996e-76  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  45.78 
 
 
332 aa  286  4e-76  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.28 
 
 
328 aa  285  5.999999999999999e-76  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  45.45 
 
 
332 aa  285  7e-76  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  45.13 
 
 
332 aa  283  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  45.31 
 
 
332 aa  283  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  44.81 
 
 
335 aa  284  2.0000000000000002e-75  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  45.63 
 
 
332 aa  283  3.0000000000000004e-75  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  45.13 
 
 
324 aa  283  3.0000000000000004e-75  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  45.13 
 
 
324 aa  283  3.0000000000000004e-75  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  45.95 
 
 
332 aa  282  5.000000000000001e-75  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.42 
 
 
320 aa  282  6.000000000000001e-75  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  46.91 
 
 
324 aa  280  2e-74  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.18 
 
 
333 aa  280  2e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.92 
 
 
322 aa  279  4e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  43.51 
 
 
322 aa  276  3e-73  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  47.27 
 
 
334 aa  272  4.0000000000000004e-72  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  41.42 
 
 
333 aa  270  2e-71  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  42.76 
 
 
347 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  43.97 
 
 
325 aa  260  2e-68  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  41.88 
 
 
333 aa  259  3e-68  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  42.44 
 
 
326 aa  255  6e-67  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  42.44 
 
 
326 aa  255  6e-67  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  42.02 
 
 
325 aa  252  6e-66  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  41.3 
 
 
318 aa  248  9e-65  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.81 
 
 
324 aa  247  1e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.36 
 
 
321 aa  240  2e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  42.72 
 
 
334 aa  239  4e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.84 
 
 
347 aa  238  5.999999999999999e-62  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.88 
 
 
354 aa  238  6.999999999999999e-62  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.7 
 
 
321 aa  237  2e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.81 
 
 
325 aa  236  5.0000000000000005e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0441  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.5 
 
 
320 aa  235  7e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  40.44 
 
 
347 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  39.78 
 
 
325 aa  233  3e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  36.04 
 
 
342 aa  231  2e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.83 
 
 
334 aa  231  2e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.06 
 
 
323 aa  230  2e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  37.79 
 
 
336 aa  229  6e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  38.19 
 
 
330 aa  228  1e-58  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.46 
 
 
343 aa  228  1e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.34 
 
 
348 aa  227  2e-58  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.43 
 
 
343 aa  226  3e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  37.94 
 
 
332 aa  225  6e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  38.03 
 
 
332 aa  225  7e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  41.73 
 
 
343 aa  224  1e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.56 
 
 
330 aa  224  1e-57  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  42.39 
 
 
347 aa  224  1e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  43.12 
 
 
337 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  39.55 
 
 
337 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.7 
 
 
321 aa  223  3e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.94 
 
 
352 aa  223  4e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  42.12 
 
 
319 aa  223  4.9999999999999996e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  38.51 
 
 
322 aa  222  7e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.38 
 
 
328 aa  222  7e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  42.75 
 
 
337 aa  222  8e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  42.75 
 
 
337 aa  221  8e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0615  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.65 
 
 
336 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150397  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.24 
 
 
327 aa  220  1.9999999999999999e-56  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  42.45 
 
 
332 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.91 
 
 
329 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  43.73 
 
 
332 aa  219  3e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  38.6 
 
 
333 aa  220  3e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  42.45 
 
 
332 aa  220  3e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.88 
 
 
331 aa  219  5e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.79 
 
 
332 aa  219  6e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.97 
 
 
337 aa  218  7e-56  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0454  putative TIM-barrel protein, nifR3 family protein  40.32 
 
 
320 aa  218  7e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000230608  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3909  nifR3 family TIM-barrel protein  38.61 
 
 
348 aa  218  7.999999999999999e-56  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329543  normal  0.406839 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.34 
 
 
326 aa  218  7.999999999999999e-56  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.64 
 
 
358 aa  218  1e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0818  hypothetical protein  37.67 
 
 
327 aa  218  1e-55  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.540115 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  40 
 
 
321 aa  218  1e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0394  hypothetical protein  39.35 
 
 
322 aa  217  2e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0400  nifR3 family TIM-barrel protein  39.68 
 
 
322 aa  217  2e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000147464  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3625  nifR3 family TIM-barrel protein  39.68 
 
 
322 aa  217  2e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000178028  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0399  nifR3 family TIM-barrel protein  39.68 
 
 
322 aa  217  2e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000108898  normal  0.147817 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  36.45 
 
 
329 aa  217  2e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0241  tRNA-dihydrouridine synthase B  40 
 
 
321 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  37.25 
 
 
350 aa  216  5e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3846  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.32 
 
 
321 aa  216  5e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.123531  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3688  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.68 
 
 
321 aa  215  5.9999999999999996e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.51601  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  39.13 
 
 
373 aa  215  8e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.16 
 
 
327 aa  215  8e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4864  TIM-barrel protein, putative, NifR3 family  42.65 
 
 
337 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  41.03 
 
 
327 aa  214  9.999999999999999e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.96 
 
 
337 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  38.06 
 
 
355 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0330  nifR3 family TIM-barrel protein  38.31 
 
 
322 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000590766  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.45 
 
 
332 aa  213  1.9999999999999998e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  40.07 
 
 
338 aa  214  1.9999999999999998e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3887  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.35 
 
 
322 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000216775  hitchhiker  0.0000134738 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3964  nifR3 family TIM-barrel protein  39.35 
 
 
322 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000968701  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3939  nifR3 family TIM-barrel protein  39.35 
 
 
322 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000494088  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4080  NifR3 family TIM-barrel protein  39.35 
 
 
322 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000239113  decreased coverage  0.00475521 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>