More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_2783 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  100 
 
 		 326 aa  673    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  100 
 
 		 326 aa  673    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  53.4 
 
 		 322 aa  358  7e-98  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  53.54 
 
 		 320 aa  351  1e-95  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  56.19 
 
 		 347 aa  347  1e-94  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  48 
 
 		 322 aa  326  4.0000000000000003e-88  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  50.31 
 
 		 324 aa  320  3e-86  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  49.22 
 
 		 319 aa  318  7e-86  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.69 
 
 		 328 aa  316  3e-85  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  50.49 
 
 		 333 aa  316  3e-85  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.84 
 
 		 333 aa  306  3e-82  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  46.88 
 
 		 332 aa  304  2.0000000000000002e-81  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  47.2 
 
 		 332 aa  299  4e-80  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  47.2 
 
 		 332 aa  299  5e-80  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  47.2 
 
 		 332 aa  299  5e-80  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  47.2 
 
 		 332 aa  299  5e-80  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  47.2 
 
 		 332 aa  298  7e-80  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  46.88 
 
 		 332 aa  298  7e-80  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  46.88 
 
 		 332 aa  298  1e-79  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  46.88 
 
 		 332 aa  295  6e-79  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.79 
 
 		 328 aa  295  7e-79  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.08 
 
 		 326 aa  293  4e-78  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  46.67 
 
 		 324 aa  290  3e-77  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  46.67 
 
 		 324 aa  290  3e-77  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.37 
 
 		 327 aa  286  4e-76  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  44.01 
 
 		 318 aa  281  1e-74  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  41.72 
 
 		 325 aa  279  5e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.94 
 
 		 324 aa  278  1e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  39.14 
 
 		 347 aa  276  4e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.8 
 
 		 330 aa  276  4e-73  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  45.85 
 
 		 334 aa  275  6e-73  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  43.25 
 
 		 325 aa  275  7e-73  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  44 
 
 		 321 aa  275  7e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  38.75 
 
 		 342 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.42 
 
 		 321 aa  270  2e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.55 
 
 		 334 aa  269  4e-71  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.42 
 
 		 321 aa  267  2e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.38 
 
 		 346 aa  265  8e-70  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.81 
 
 		 348 aa  262  4.999999999999999e-69  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  46.42 
 
 		 341 aa  262  6.999999999999999e-69  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.62 
 
 		 325 aa  259  3e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  40.87 
 
 		 333 aa  258  1e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.61 
 
 		 352 aa  257  2e-67  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  39.94 
 
 		 333 aa  256  3e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.57 
 
 		 337 aa  256  5e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  42.44 
 
 		 308 aa  255  7e-67  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.07 
 
 		 346 aa  255  8e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.01 
 
 		 347 aa  254  1.0000000000000001e-66  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.61 
 
 		 354 aa  250  2e-65  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.1 
 
 		 343 aa  251  2e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.88 
 
 		 332 aa  249  4e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  37.42 
 
 		 329 aa  249  5e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.31 
 
 		 332 aa  249  6e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.36 
 
 		 351 aa  247  2e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  38.12 
 
 		 335 aa  247  2e-64  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  40.62 
 
 		 347 aa  247  2e-64  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  41.53 
 
 		 333 aa  245  8e-64  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.21 
 
 		 393 aa  245  8e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  38.12 
 
 		 320 aa  245  9e-64  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  40.73 
 
 		 332 aa  245  9.999999999999999e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.5 
 
 		 347 aa  244  9.999999999999999e-64  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  39.21 
 
 		 350 aa  243  1.9999999999999999e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  40.37 
 
 		 355 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  39.18 
 
 		 334 aa  244  1.9999999999999999e-63  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.08 
 
 		 353 aa  243  3e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  35.83 
 
 		 326 aa  243  3e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.39 
 
 		 398 aa  243  5e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.54 
 
 		 381 aa  241  1e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.23 
 
 		 327 aa  240  2e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.88 
 
 		 326 aa  240  2e-62  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  38.99 
 
 		 357 aa  239  4e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3919  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.49 
 
 		 394 aa  239  5.999999999999999e-62  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3909  nifR3 family TIM-barrel protein  38.34 
 
 		 348 aa  238  8e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329543  normal  0.406839 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  36.74 
 
 		 327 aa  238  1e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  40 
 
 		 329 aa  238  1e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.18 
 
 		 356 aa  238  1e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  38.36 
 
 		 354 aa  237  2e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.92 
 
 		 323 aa  237  2e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.2 
 
 		 337 aa  236  3e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.75 
 
 		 355 aa  236  3e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  38.75 
 
 		 356 aa  236  4e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  38.34 
 
 		 355 aa  236  4e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.75 
 
 		 355 aa  236  4e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  38.51 
 
 		 354 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  38.51 
 
 		 354 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.51 
 
 		 354 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.51 
 
 		 354 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.51 
 
 		 354 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.51 
 
 		 354 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  38.34 
 
 		 355 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.49 
 
 		 352 aa  235  8e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  37.04 
 
 		 353 aa  235  9e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.51 
 
 		 355 aa  235  9e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  38.51 
 
 		 355 aa  235  9e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  38.51 
 
 		 355 aa  235  9e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.46 
 
 		 350 aa  234  1.0000000000000001e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.51 
 
 		 355 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  38.76 
 
 		 317 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3396  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.51 
 
 		 354 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  39.6 
 
 		 334 aa  234  2.0000000000000002e-60  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>