More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_2132 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 
347 aa  711    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  80.4 
 
 
354 aa  582  1.0000000000000001e-165  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  81.56 
 
 
347 aa  580  1.0000000000000001e-165  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  78.39 
 
 
352 aa  574  1.0000000000000001e-163  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  74.64 
 
 
348 aa  534  1e-151  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  70.52 
 
 
346 aa  508  1e-143  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  66.28 
 
 
347 aa  469  1.0000000000000001e-131  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  50.15 
 
 
330 aa  330  3e-89  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.63 
 
 
354 aa  323  2e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.24 
 
 
327 aa  322  6e-87  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.68 
 
 
329 aa  321  1.9999999999999998e-86  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.05 
 
 
329 aa  319  5e-86  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.31 
 
 
358 aa  318  9e-86  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0818  hypothetical protein  52.83 
 
 
327 aa  318  1e-85  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.540115 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  49.37 
 
 
329 aa  315  6e-85  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  47.55 
 
 
332 aa  308  9e-83  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.53 
 
 
345 aa  299  5e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0018  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.15 
 
 
335 aa  298  1e-79  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.380372  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  47.48 
 
 
333 aa  292  5e-78  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  42.99 
 
 
333 aa  290  3e-77  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  42.99 
 
 
347 aa  273  4.0000000000000004e-72  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  45.22 
 
 
319 aa  270  2.9999999999999997e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  44.33 
 
 
318 aa  265  8e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.41 
 
 
322 aa  265  8.999999999999999e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  42.95 
 
 
347 aa  263  4.999999999999999e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  43.49 
 
 
324 aa  256  3e-67  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  42.01 
 
 
326 aa  254  1.0000000000000001e-66  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  42.01 
 
 
326 aa  254  1.0000000000000001e-66  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.57 
 
 
328 aa  254  2.0000000000000002e-66  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.58 
 
 
357 aa  250  3e-65  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  40.89 
 
 
333 aa  249  4e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.19 
 
 
320 aa  249  4e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.46 
 
 
332 aa  249  4e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.39 
 
 
321 aa  247  2e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  41.83 
 
 
325 aa  246  3e-64  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  40.56 
 
 
332 aa  246  4e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  40.87 
 
 
332 aa  246  4e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  40.25 
 
 
332 aa  246  6e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  40.25 
 
 
332 aa  245  6.999999999999999e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  40.25 
 
 
332 aa  245  6.999999999999999e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  40.25 
 
 
332 aa  245  8e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  40.25 
 
 
332 aa  245  8e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  40.25 
 
 
332 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.32 
 
 
333 aa  243  3e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  39.94 
 
 
332 aa  243  3e-63  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.28 
 
 
334 aa  243  3.9999999999999997e-63  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.32 
 
 
337 aa  241  1e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  40.71 
 
 
325 aa  240  2.9999999999999997e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  40.13 
 
 
322 aa  240  2.9999999999999997e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  43.84 
 
 
308 aa  238  8e-62  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.13 
 
 
324 aa  237  2e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  40.26 
 
 
324 aa  237  3e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  40.26 
 
 
324 aa  237  3e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.53 
 
 
350 aa  235  7e-61  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  40.86 
 
 
351 aa  234  1.0000000000000001e-60  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  40.26 
 
 
334 aa  234  1.0000000000000001e-60  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.55 
 
 
334 aa  233  5e-60  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.33 
 
 
351 aa  232  8.000000000000001e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  41 
 
 
327 aa  231  1e-59  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  40.2 
 
 
335 aa  231  2e-59  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.12 
 
 
337 aa  229  5e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.37 
 
 
325 aa  228  1e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  40.26 
 
 
325 aa  226  3e-58  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.82 
 
 
332 aa  227  3e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.48 
 
 
326 aa  227  3e-58  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  38 
 
 
321 aa  226  4e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  38.66 
 
 
333 aa  226  5.0000000000000005e-58  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  38.72 
 
 
333 aa  226  5.0000000000000005e-58  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  42.24 
 
 
355 aa  226  6e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  42.24 
 
 
355 aa  226  6e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.17 
 
 
353 aa  225  7e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  42.19 
 
 
332 aa  225  8e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  41.03 
 
 
338 aa  225  1e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.26 
 
 
336 aa  224  1e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.26 
 
 
336 aa  224  1e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  37.34 
 
 
342 aa  224  2e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.91 
 
 
355 aa  223  3e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  41.91 
 
 
355 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.91 
 
 
355 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  39.62 
 
 
325 aa  223  3e-57  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  41.91 
 
 
355 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.42 
 
 
327 aa  223  3e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  39.39 
 
 
320 aa  223  4e-57  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  42.05 
 
 
332 aa  222  7e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  42.36 
 
 
319 aa  222  8e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  42.05 
 
 
332 aa  222  9e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.16 
 
 
326 aa  221  9.999999999999999e-57  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  39.13 
 
 
355 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.67 
 
 
343 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  39.51 
 
 
338 aa  221  1.9999999999999999e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  42.95 
 
 
334 aa  220  3e-56  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  41.78 
 
 
354 aa  220  3e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.58 
 
 
355 aa  219  5e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.58 
 
 
355 aa  219  5e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  41.64 
 
 
350 aa  218  7.999999999999999e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.51 
 
 
317 aa  218  8.999999999999998e-56  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  39.75 
 
 
343 aa  218  1e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.45 
 
 
354 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.45 
 
 
354 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  37.54 
 
 
317 aa  218  1e-55  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>