More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mfl029 on replicon NC_006055
Organism: Mesoplasma florum L1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  100 
 
 		 325 aa  666    Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  72.73 
 
 		 308 aa  469  1.0000000000000001e-131  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  50.15 
 
 		 324 aa  311  7.999999999999999e-84  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.58 
 
 		 328 aa  306  2.0000000000000002e-82  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  45.68 
 
 		 332 aa  301  1e-80  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  45.68 
 
 		 332 aa  300  2e-80  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  45.68 
 
 		 332 aa  300  2e-80  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  46.11 
 
 		 319 aa  300  2e-80  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  45.68 
 
 		 332 aa  300  3e-80  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  45.37 
 
 		 332 aa  299  5e-80  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  45.37 
 
 		 332 aa  299  5e-80  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.83 
 
 		 333 aa  298  7e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  45.68 
 
 		 332 aa  298  7e-80  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  45.37 
 
 		 332 aa  298  1e-79  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  45.37 
 
 		 332 aa  295  5e-79  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.12 
 
 		 320 aa  295  9e-79  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  45.43 
 
 		 324 aa  289  4e-77  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  45.43 
 
 		 324 aa  289  4e-77  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.72 
 
 		 322 aa  288  9e-77  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  44.27 
 
 		 335 aa  286  2.9999999999999996e-76  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  44.62 
 
 		 322 aa  285  8e-76  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  43.26 
 
 		 347 aa  277  2e-73  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  41.36 
 
 		 333 aa  277  2e-73  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  43.25 
 
 		 326 aa  275  7e-73  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  43.25 
 
 		 326 aa  275  7e-73  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  42.81 
 
 		 334 aa  271  1e-71  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  40.25 
 
 		 333 aa  259  4e-68  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  39.44 
 
 		 347 aa  251  1e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  46.02 
 
 		 325 aa  250  3e-65  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  39.44 
 
 		 325 aa  248  8e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.48 
 
 		 324 aa  248  1e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.83 
 
 		 347 aa  246  3e-64  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  37.11 
 
 		 318 aa  245  6e-64  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.12 
 
 		 321 aa  242  7.999999999999999e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  41.85 
 
 		 325 aa  241  1e-62  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0441  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.1 
 
 		 320 aa  241  1e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  40.37 
 
 		 330 aa  241  2e-62  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.89 
 
 		 343 aa  239  6.999999999999999e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.43 
 
 		 343 aa  238  8e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.43 
 
 		 332 aa  238  8e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  40.95 
 
 		 336 aa  238  8e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3688  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.2 
 
 		 321 aa  238  9e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.51601  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.87 
 
 		 334 aa  238  1e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.15 
 
 		 321 aa  238  1e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  41 
 
 		 347 aa  238  1e-61  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  38.27 
 
 		 343 aa  237  2e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.42 
 
 		 353 aa  237  2e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.35 
 
 		 325 aa  237  2e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  42.27 
 
 		 334 aa  235  6e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  41.89 
 
 		 337 aa  235  8e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.94 
 
 		 354 aa  235  8e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  41.89 
 
 		 337 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0615  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.38 
 
 		 336 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0818  hypothetical protein  40.25 
 
 		 327 aa  233  2.0000000000000002e-60  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.540115 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.14 
 
 		 327 aa  234  2.0000000000000002e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  39.94 
 
 		 337 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.72 
 
 		 337 aa  233  3e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.19 
 
 		 331 aa  233  3e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.27 
 
 		 321 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.91 
 
 		 348 aa  233  5e-60  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  38.82 
 
 		 319 aa  233  5e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3846  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.38 
 
 		 321 aa  232  7.000000000000001e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.123531  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.08 
 
 		 337 aa  232  8.000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.69 
 
 		 354 aa  231  9e-60  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  38.92 
 
 		 337 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  38.63 
 
 		 332 aa  231  1e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4423  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.96 
 
 		 321 aa  231  2e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000618743  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0241  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.96 
 
 		 321 aa  230  2e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  36.11 
 
 		 342 aa  231  2e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3699  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.57 
 
 		 321 aa  231  2e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.426337  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.82 
 
 		 358 aa  231  2e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  39.38 
 
 		 373 aa  230  2e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  38.77 
 
 		 350 aa  230  3e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  38.61 
 
 		 322 aa  230  3e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  39.29 
 
 		 354 aa  230  3e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0894  nifR3 family TIM-barrel protein  40 
 
 		 353 aa  229  3e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.28 
 
 		 330 aa  229  6e-59  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  41.12 
 
 		 353 aa  229  7e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11870  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  34.82 
 
 		 419 aa  229  7e-59  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0673914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.58 
 
 		 323 aa  228  8e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  40.06 
 
 		 332 aa  228  8e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  40.48 
 
 		 327 aa  227  2e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0453  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.46 
 
 		 321 aa  227  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000154281  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  38.99 
 
 		 355 aa  227  2e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  41.84 
 
 		 333 aa  227  2e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0386  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.46 
 
 		 321 aa  227  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000879086  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  38.99 
 
 		 355 aa  227  2e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1211  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.46 
 
 		 355 aa  226  3e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000054155  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.96 
 
 		 321 aa  226  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000576344  normal  0.0689485 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3576  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.96 
 
 		 321 aa  226  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000997743  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16990  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  37.12 
 
 		 415 aa  226  3e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.56447  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3575  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.96 
 
 		 321 aa  226  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000520187  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  38.11 
 
 		 332 aa  227  3e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3682  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.96 
 
 		 321 aa  226  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0164412  normal  0.105701 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0953  nifR3 family TIM-barrel protein  40.86 
 
 		 344 aa  227  3e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000354539  hitchhiker  0.0013853 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.49 
 
 		 398 aa  227  3e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.61 
 
 		 327 aa  226  3e-58  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3648  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.96 
 
 		 321 aa  226  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00267806  hitchhiker  0.000397185 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  40.88 
 
 		 332 aa  226  3e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.05 
 
 		 328 aa  226  4e-58  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>