More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_11870 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013169  Ksed_11870  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 		 419 aa  849    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0673914  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1779  TIM-barrel protein, nifR3 family  62.94 
 
 		 397 aa  492  9.999999999999999e-139  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.081766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2165  TIM-barrel protein, nifR3 family  62.34 
 
 		 400 aa  491  9.999999999999999e-139  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0853997  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1530  TIM-barrel protein, nifR3 family  62.5 
 
 		 380 aa  490  1e-137  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.85935  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13830  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  58.17 
 
 		 406 aa  487  1e-136  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  64.36 
 
 		 388 aa  482  1e-135  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2181  TIM-barrel protein, nifR3 family  62.68 
 
 		 442 aa  475  1e-133  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.14819 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06240  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  61.73 
 
 		 436 aa  474  1e-132  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1372  TIM-barrel protein, nifR3 family  62.15 
 
 		 392 aa  466  9.999999999999999e-131  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000000190113 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16990  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  59.75 
 
 		 415 aa  462  1e-129  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.56447  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1336  nifR3 family TIM-barrel protein  61.13 
 
 		 392 aa  463  1e-129  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  62.67 
 
 		 393 aa  447  1.0000000000000001e-124  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37590  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  62.94 
 
 		 379 aa  440  9.999999999999999e-123  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.298865 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  60.92 
 
 		 398 aa  435  1e-121  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3919  TIM-barrel protein, nifR3 family  60.55 
 
 		 394 aa  431  1e-119  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1670  TIM-barrel protein, nifR3 family  56.24 
 
 		 400 aa  423  1e-117  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1667  nifR3 family TIM-barrel protein  60.82 
 
 		 455 aa  424  1e-117  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7030  TIM-barrel protein, nifR3 family  57.73 
 
 		 379 aa  421  1e-116  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.417643 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3537  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.72 
 
 		 396 aa  417  9.999999999999999e-116  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10838  transcriptional regulator  60.76 
 
 		 389 aa  412  1e-114  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000011847  hitchhiker  0.0000346308 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5086  nifR3 family TIM-barrel protein  61.37 
 
 		 377 aa  410  1e-113  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  57.81 
 
 		 373 aa  405  1.0000000000000001e-112  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4895  nifR3 family TIM-barrel protein  62.08 
 
 		 370 aa  403  1e-111  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.495548 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2060  TIM-barrel protein, nifR3 family  58.29 
 
 		 394 aa  404  1e-111  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.453672 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4512  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  62.08 
 
 		 370 aa  403  1e-111  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3809  nifR3 family TIM-barrel protein  57.93 
 
 		 391 aa  402  1e-111  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0210631 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4599  nifR3 family TIM-barrel protein  62.08 
 
 		 370 aa  403  1e-111  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0135  tRNA-dihydrouridine synthase  51.31 
 
 		 414 aa  397  1e-109  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000169706  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1942  nifR3 family TIM-barrel protein  57.25 
 
 		 386 aa  393  1e-108  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.439583  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0455  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.54 
 
 		 384 aa  379  1e-104  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3432  nifR3 family TIM-barrel protein  58.18 
 
 		 368 aa  372  1e-102  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.113177 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  38.39 
 
 		 322 aa  232  7.000000000000001e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  37.9 
 
 		 332 aa  231  2e-59  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  34.82 
 
 		 325 aa  228  1e-58  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  37.43 
 
 		 332 aa  226  6e-58  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.43 
 
 		 332 aa  226  6e-58  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.73 
 
 		 332 aa  226  7e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  37.72 
 
 		 319 aa  226  8e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  36.73 
 
 		 332 aa  224  2e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  37.16 
 
 		 332 aa  224  3e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  37.61 
 
 		 332 aa  223  4e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.99 
 
 		 322 aa  223  4e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.07 
 
 		 328 aa  223  4.9999999999999996e-57  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.13 
 
 		 332 aa  223  7e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.73 
 
 		 332 aa  222  9e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.35 
 
 		 332 aa  220  3e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  35.19 
 
 		 326 aa  220  3.9999999999999997e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  35.19 
 
 		 326 aa  220  3.9999999999999997e-56  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  37.14 
 
 		 347 aa  219  1e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  37.5 
 
 		 324 aa  218  2e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  37.5 
 
 		 324 aa  218  2e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.16 
 
 		 333 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.69 
 
 		 343 aa  214  2.9999999999999995e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  36.76 
 
 		 324 aa  213  3.9999999999999995e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  36.69 
 
 		 343 aa  213  4.9999999999999996e-54  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  37.54 
 
 		 318 aa  213  4.9999999999999996e-54  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  36.12 
 
 		 333 aa  211  1e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.28 
 
 		 325 aa  210  4e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.05 
 
 		 324 aa  209  7e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.31 
 
 		 350 aa  209  9e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  37.22 
 
 		 333 aa  207  4e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  35.22 
 
 		 334 aa  206  4e-52  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  39.39 
 
 		 342 aa  206  6e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.05 
 
 		 327 aa  206  6e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.15 
 
 		 321 aa  206  6e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.12 
 
 		 337 aa  206  6e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  36.95 
 
 		 334 aa  206  9e-52  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  36.69 
 
 		 320 aa  204  2e-51  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  36.56 
 
 		 370 aa  204  2e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.14 
 
 		 320 aa  204  2e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  37.74 
 
 		 327 aa  204  3e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.51 
 
 		 321 aa  203  4e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  37.13 
 
 		 347 aa  202  7e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  38.08 
 
 		 351 aa  201  1.9999999999999998e-50  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.29 
 
 		 357 aa  200  3e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  36.2 
 
 		 332 aa  199  7.999999999999999e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.29 
 
 		 334 aa  198  2.0000000000000003e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.26 
 
 		 351 aa  197  4.0000000000000005e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  33.12 
 
 		 308 aa  196  6e-49  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  37.98 
 
 		 325 aa  194  2e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  36.58 
 
 		 329 aa  194  3e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.4 
 
 		 327 aa  192  7e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.45 
 
 		 354 aa  192  8e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0953  nifR3 family TIM-barrel protein  37.2 
 
 		 344 aa  192  1e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000354539  hitchhiker  0.0013853 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.22 
 
 		 346 aa  191  2e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  34.83 
 
 		 319 aa  190  2.9999999999999997e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.14 
 
 		 332 aa  190  4e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.17 
 
 		 321 aa  188  1e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.09 
 
 		 352 aa  189  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  36.36 
 
 		 326 aa  188  1e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.63 
 
 		 328 aa  189  1e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  32.14 
 
 		 333 aa  188  2e-46  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  36.47 
 
 		 332 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.45 
 
 		 352 aa  187  3e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  33.92 
 
 		 335 aa  187  3e-46  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  36.47 
 
 		 332 aa  187  4e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  36.16 
 
 		 331 aa  186  4e-46  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.17 
 
 		 370 aa  187  4e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.73 
 
 		 322 aa  186  6e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.12 
 
 		 330 aa  186  8e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>