More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmc1_3670 on replicon NC_008576
Organism: Magnetococcus sp. MC-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  100 
 
 
336 aa  694    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.47 
 
 
353 aa  349  3e-95  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  51.47 
 
 
337 aa  334  2e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  50.81 
 
 
333 aa  331  1e-89  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  52.87 
 
 
322 aa  327  2.0000000000000001e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  50.65 
 
 
343 aa  326  3e-88  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  51.47 
 
 
351 aa  325  5e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  54.55 
 
 
332 aa  325  6e-88  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.53 
 
 
317 aa  325  9e-88  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  54.55 
 
 
331 aa  324  1e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  50.95 
 
 
332 aa  324  1e-87  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  47.23 
 
 
317 aa  318  6e-86  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  50.81 
 
 
350 aa  317  1e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.81 
 
 
346 aa  316  4e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  48.86 
 
 
320 aa  314  1.9999999999999998e-84  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  50 
 
 
337 aa  313  1.9999999999999998e-84  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  51.43 
 
 
332 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  51.43 
 
 
332 aa  312  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  50 
 
 
356 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  49.35 
 
 
381 aa  309  5e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  53.18 
 
 
332 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  52.35 
 
 
327 aa  307  2.0000000000000002e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  49.84 
 
 
354 aa  306  3e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  54.14 
 
 
337 aa  306  3e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  50.47 
 
 
353 aa  306  3e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  50.16 
 
 
355 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  54.48 
 
 
337 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  48.88 
 
 
332 aa  306  4.0000000000000004e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  49.84 
 
 
355 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  49.84 
 
 
355 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  49.84 
 
 
355 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  49.84 
 
 
355 aa  305  6e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  49.84 
 
 
355 aa  305  6e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  53.79 
 
 
337 aa  305  7e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  49.84 
 
 
355 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  54.83 
 
 
337 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  50.16 
 
 
354 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  50.16 
 
 
354 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  50.16 
 
 
354 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  50.16 
 
 
354 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  46.41 
 
 
331 aa  303  3.0000000000000004e-81  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  50.16 
 
 
354 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  50.16 
 
 
354 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0615  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  52.29 
 
 
336 aa  301  7.000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150397  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  47.47 
 
 
332 aa  301  8.000000000000001e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  52.29 
 
 
337 aa  300  2e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.7 
 
 
355 aa  299  4e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  47.54 
 
 
343 aa  299  4e-80  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  48.05 
 
 
356 aa  299  5e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.33 
 
 
355 aa  298  6e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  47.91 
 
 
357 aa  297  2e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  49.52 
 
 
352 aa  297  2e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.89 
 
 
343 aa  297  2e-79  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  48.87 
 
 
338 aa  292  5e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.55 
 
 
354 aa  292  6e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4864  TIM-barrel protein, putative, NifR3 family  51.63 
 
 
337 aa  291  1e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3396  tRNA-dihydrouridine synthase B  49.84 
 
 
354 aa  291  1e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1579  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.87 
 
 
338 aa  290  3e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.637101  normal  0.403253 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  49.35 
 
 
323 aa  289  4e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0400  nifR3 family TIM-barrel protein  51.63 
 
 
322 aa  288  1e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000147464  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3625  nifR3 family TIM-barrel protein  51.63 
 
 
322 aa  288  1e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000178028  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0399  nifR3 family TIM-barrel protein  51.63 
 
 
322 aa  288  1e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000108898  normal  0.147817 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.76 
 
 
352 aa  287  2e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0394  hypothetical protein  51.31 
 
 
322 aa  287  2e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  50.69 
 
 
333 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  48.52 
 
 
319 aa  284  1.0000000000000001e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  46.95 
 
 
346 aa  284  2.0000000000000002e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0445  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  50.33 
 
 
322 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000152787  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0486  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.47 
 
 
349 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.322673  normal  0.029488 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.66 
 
 
327 aa  283  4.0000000000000003e-75  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3964  nifR3 family TIM-barrel protein  51.3 
 
 
322 aa  282  6.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000968701  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4080  NifR3 family TIM-barrel protein  51.3 
 
 
322 aa  282  6.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000239113  decreased coverage  0.00475521 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3939  nifR3 family TIM-barrel protein  51.3 
 
 
322 aa  282  6.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000494088  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3887  TIM-barrel protein, nifR3 family  51.3 
 
 
322 aa  282  6.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000216775  hitchhiker  0.0000134738 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.73 
 
 
322 aa  281  9e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.59 
 
 
322 aa  281  1e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  44.76 
 
 
332 aa  281  1e-74  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  44.94 
 
 
332 aa  281  1e-74  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.63 
 
 
353 aa  281  2e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0894  nifR3 family TIM-barrel protein  49.15 
 
 
353 aa  279  4e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0953  nifR3 family TIM-barrel protein  47.54 
 
 
344 aa  279  5e-74  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000354539  hitchhiker  0.0013853 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  48.46 
 
 
356 aa  279  5e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0454  putative TIM-barrel protein, nifR3 family protein  50.33 
 
 
320 aa  278  8e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000230608  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  44.3 
 
 
332 aa  278  1e-73  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  43.99 
 
 
332 aa  277  1e-73  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  44.3 
 
 
324 aa  278  1e-73  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  47.32 
 
 
353 aa  278  1e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  44.3 
 
 
324 aa  278  1e-73  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3846  tRNA-dihydrouridine synthase B  48.81 
 
 
321 aa  278  1e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.123531  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2985  nifR3 family TIM-barrel protein  47.56 
 
 
322 aa  278  1e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.867208  normal  0.593327 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  44.3 
 
 
332 aa  278  1e-73  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  44.3 
 
 
332 aa  277  2e-73  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3443  nifR3 family TIM-barrel protein  50.97 
 
 
322 aa  277  2e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000354075  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.63 
 
 
362 aa  276  3e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0390  nifR3 family TIM-barrel protein  50.33 
 
 
322 aa  276  3e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000241249  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  44.3 
 
 
332 aa  276  4e-73  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.12 
 
 
328 aa  276  4e-73  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3555  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.73 
 
 
321 aa  276  5e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446962  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3643  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.73 
 
 
321 aa  276  5e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000124193  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0446  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.73 
 
 
321 aa  276  5e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000179057  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>