More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpha266_2288 on replicon NC_008639
Organism: Chlorobium phaeobacteroides DSM 266



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  100 
 
 
347 aa  711    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  81.56 
 
 
347 aa  580  1.0000000000000001e-165  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  80.12 
 
 
354 aa  580  1.0000000000000001e-165  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  73.78 
 
 
352 aa  535  1e-151  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  71.97 
 
 
346 aa  518  1e-146  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  72.01 
 
 
348 aa  514  1.0000000000000001e-145  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  66.28 
 
 
347 aa  466  9.999999999999999e-131  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  49.54 
 
 
330 aa  323  3e-87  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0818  hypothetical protein  51.58 
 
 
327 aa  318  1e-85  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.540115 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  49.84 
 
 
329 aa  317  2e-85  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.29 
 
 
327 aa  316  4e-85  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  50 
 
 
354 aa  314  9.999999999999999e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.06 
 
 
358 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.51 
 
 
329 aa  310  2e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.37 
 
 
329 aa  309  4e-83  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  47.55 
 
 
332 aa  306  3e-82  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0018  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.47 
 
 
335 aa  298  1e-79  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.380372  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.9 
 
 
345 aa  295  1e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  47.35 
 
 
333 aa  290  2e-77  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  42.37 
 
 
333 aa  279  4e-74  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  43.95 
 
 
319 aa  268  1e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  42.36 
 
 
347 aa  268  1e-70  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  45.18 
 
 
318 aa  262  8e-69  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.8 
 
 
328 aa  255  7e-67  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.49 
 
 
322 aa  251  2e-65  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  40.84 
 
 
333 aa  249  5e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  40.62 
 
 
326 aa  247  3e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  40.62 
 
 
326 aa  247  3e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  40.68 
 
 
332 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.52 
 
 
333 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  40.63 
 
 
324 aa  244  1.9999999999999999e-63  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  42.76 
 
 
347 aa  243  1.9999999999999999e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  41.42 
 
 
332 aa  242  6e-63  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  41.42 
 
 
332 aa  242  6e-63  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.67 
 
 
324 aa  242  6e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  40.06 
 
 
332 aa  241  1e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  41.42 
 
 
332 aa  241  1e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  41.42 
 
 
332 aa  241  1e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.61 
 
 
320 aa  241  1e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  40.56 
 
 
332 aa  241  1e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  41.42 
 
 
332 aa  241  1e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  40.13 
 
 
322 aa  241  2e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  41.42 
 
 
332 aa  240  2e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  41 
 
 
325 aa  238  1e-61  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.73 
 
 
321 aa  237  2e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.96 
 
 
357 aa  237  2e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.72 
 
 
334 aa  235  8e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  41.39 
 
 
324 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  41.39 
 
 
324 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.87 
 
 
332 aa  235  1.0000000000000001e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.32 
 
 
326 aa  233  3e-60  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.81 
 
 
353 aa  233  3e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  39.62 
 
 
333 aa  233  4.0000000000000004e-60  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.9 
 
 
337 aa  232  6e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  40.58 
 
 
350 aa  232  7.000000000000001e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.08 
 
 
350 aa  232  7.000000000000001e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.4 
 
 
337 aa  231  1e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.69 
 
 
351 aa  231  1e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.38 
 
 
332 aa  231  2e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  42 
 
 
325 aa  230  3e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  44.6 
 
 
332 aa  230  3e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.1 
 
 
343 aa  229  4e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.84 
 
 
327 aa  227  2e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.83 
 
 
328 aa  227  2e-58  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  40.41 
 
 
351 aa  227  3e-58  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.55 
 
 
332 aa  226  5.0000000000000005e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.31 
 
 
327 aa  226  5.0000000000000005e-58  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  41.42 
 
 
353 aa  226  6e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  42.95 
 
 
332 aa  225  7e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.69 
 
 
317 aa  225  8e-58  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  39.03 
 
 
338 aa  225  8e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  42.95 
 
 
332 aa  224  1e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.3 
 
 
353 aa  224  1e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.8 
 
 
334 aa  225  1e-57  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  42.39 
 
 
308 aa  224  1e-57  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.33 
 
 
325 aa  224  1e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  39 
 
 
321 aa  224  2e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.86 
 
 
355 aa  224  2e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  37.08 
 
 
335 aa  224  2e-57  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.86 
 
 
355 aa  223  3e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1579  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.31 
 
 
338 aa  223  3e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.637101  normal  0.403253 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  43.19 
 
 
355 aa  223  4e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.19 
 
 
355 aa  223  4e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  43.19 
 
 
355 aa  223  4e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.19 
 
 
355 aa  222  6e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  40.99 
 
 
353 aa  222  8e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  41.97 
 
 
327 aa  222  9e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  42.33 
 
 
356 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.6 
 
 
336 aa  221  9.999999999999999e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.6 
 
 
336 aa  221  9.999999999999999e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  36.83 
 
 
334 aa  221  9.999999999999999e-57  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  41.69 
 
 
337 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.72 
 
 
356 aa  220  3e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  40.13 
 
 
333 aa  219  3.9999999999999997e-56  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  42.86 
 
 
355 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.05 
 
 
381 aa  220  3.9999999999999997e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  42.86 
 
 
355 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.98 
 
 
331 aa  219  3.9999999999999997e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.28 
 
 
337 aa  219  5e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  37.29 
 
 
334 aa  219  5e-56  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>